등록 전 매입세액에 해당되는지 여부(취소)

단순히 사업자등록신청서의 민원실 접수일과 감사시 담당자로부터 받은 문답서만을 토대로 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 부당하다고 판단됨

1. 원처분 개요청구인은 부동산 임대업을 영위하기 위하여 청구외 OO건설 주식회사(이하 “청구외 법인”이라 한다)로부터 부산광역시 해운대구 O동 OOOOOOOO 소재 OO크리닉 센타상가 14개호를 매입하고, 청구외 법인으로부터 1997.3.25 청구인의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 매입세금계산서 14매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다, 공급가액 4,496,216,120원)의 매입세액 449,621,612원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 처분청으로부터 환급 받은 사실이 있다.그후, 처분청은 부산지방국세청의 감사지적에 따라 쟁점세금계산서를 사업자등록을 신청(접수일 1997.3.27)하기 전에 교부받은 것이라 하여 쟁점매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하고 1998.7.14 청구인에게 1997년 제1기분 부가가치세 494,583,770원(가산세 포함)을 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 1998.8.21 이의신청 및 1998.11.20 심사청구를 거쳐 1999.3.5 이건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견가. 청구인 주장청구인은 1997.3.25 부산광역시 해운대구 O동 OOOOOO에 위치한 OO크리닉센타상가를 부동산 임대목적으로 취득한 사실이 있다.청구인은 1997.3.25 경리담당자 OOO 및 청구인이 경영하는 OOOOOO주식회사 직원 OOO과 함께 처분청의 민원실에 이건 사업자등록 신청서를 제출하였는데 민원실 담당 여직원이 사업자등록신청에 따른 첨부서류가 갖추어지지 아니였다는 이유로 접수를 거부하여 같은날 처분청의 부가가치세과 세적담당자에게 직접 사업자등록신청서를 제출하였는바, 세적담당자는 사업자등록신청서를 검토한 후 주민등록 등본 및 이건 매매부동산의 등기부등본을 추가로 제출할 것을 요구하였고, 청구인은 추가서류를 다음날에 보완할 것을 약속하고 사업자등록신청서를 받아 줄 것을 요구하자 담당자가 이를 수용하여 청구인은 사업자등록신청서를 부가가치세과 담당자에게 제출하였다.부가가치세법 제17조제2항 제5호 및같은법 시행령 제60조제7항의 규정에 의하면 매입세액이 불공제되는 등록전 매입세액이라하면 사업자등록신청일을 기준으로 하도록 되어 있고, 이 때 사업자등록신청일이라 하면 민원실에 접수된 날을 의미하는 것이 아니고, 민원실에 정식으로 접수되기 전이라도 주무과에 신청서가 접수된 날을 사업자등록 신청일로 보는 것이므로 (대법원판례 및 국세청장 질의회신문 참조) 쟁점매입세액은 등록전매입세액에 해당하지 아니하므로 매출세액에서 공제되어야 한다.또한 1998.12.28 개정된 관련법령에 의하면 “사업자의 등록하기전의 매입세액으로서 등록신청일로부터 역산하여 20일이내의 것은 공제대상 매입세액으로 보는 것”이므로 이러한 개정취지를 보더라도 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다.

나. 국세청장 의견청구인은 1998.3.25 이건 사업자등록신청서를 처분청의 민원실에 접수하려 하였으나 구비서류의 미비를 이유로 민원실에서 접수를 거부하여 세적관리담당자에게 직접 제출하였다고 주장하나, 청구인은 이해당사자(청구인 및 경리담당자 OOO과 청구인이 경영하는 OOOOOO주식회사 업무부장 OOO)의 자술서 이외에는 그와 같은 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증거자료는 제출하지 아니하고 있다.이건 과세처분은 부산지방국세청장의 감사지적에 의한 것으로 처분청이 제시한 세적관리담당자의 문답서에 의하여 사업자등록신청서는 청구인이 직접 작성한 것을 알 수 있고, 청구인의 요청으로 사업자등록신청서를 보관한 사실을 알 수 있지만 세적관리담당자가 받은 날짜는 확인되지 아니하고 있다.또한 처분청이 제시한 이건 사업자등록신청서에는 작성일자가 1997.3.26로 기재되어 있고 1997.3.27 민원실에 접수된 사실로 볼 때 청구인이 직접 작성한 사업자등록신청서의 작성일자(1997.3.26)보다 앞서 1997.3.25 세적관리담당자에게 직접 접수하였다는 청구주장은 이를 입증하는 객관적인 증빙이 없어 받아 들이기 어렵다 하겠다.

따라서 청구인은 사업자등록신청일 (1997.3.27)이전인 1997.3.25 청구인의 주민등록번호가 기재된 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 그 매입세액은 등록전매입세액에 해당되어 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세액이 등록전 매입세액에 해당되는지 여부나. 관계법령1998.12.28 개정되기 전부가가치세법 제5조제1항에서는 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장 마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일내에 사업장관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.”고 규정하고 있고,같은법 제17조제2항 제5호에서는 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하고 있으며,같은법 시행령 제60조제7항에서는 “법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.”고 규정하고 있다.한편 1998.12.28 개정된부가가치세법 제17조제2항 제5호 단서 및같은법시행령 제60조제8항의 규정을 모아보면, “사업개시 후에 등록한 사업자의 등록하기전의 매입세액으로서 등록신청일로부터 역산하여 20일이내의 것은 공제대상매입세액으로 한다”고 규정하고 있다.

다. 사실 관계

(1) 이건 사업자등록신청서의 기재내용 및 첨부서류를 보면 다음과 같다.

○ 사업자등록 신청서상 신청일 : 1997.3.26

○ 위 사업자등록신청서 민원실 접수일 : 1997.3.27

○ 첨부서류 및 발급일자·청구인의 주민등록등본 발급일자 : 1997.3.26·취득부동산의 등기부등본 발급일자 : 1997.3.26

(2) 부산지방국세청 감사담당관실의 이건 관련 의견을 보면 “그 당시 세적담당자는 납세자가 당초 사업자등록신청을 하려고 세무서에 내방하여 세적담당자를 찾아온 날을 정확하게 기억을 하지 못하고 있고, 납세자가 직접 작성한 사업자등록신청서의 내용을 검토하여 보면, 신청일자가 1997.3.26로 기재되어 있어 1997.3.25 세적담당자를 찾아 왔다는 주장은 신빙성이 없다”는 것이다.

(3) 한편 처분청의 그 당시 부가가치세과 세적담당자 OOO이 이건 심사청구시에 국세청 심사과에 제출한 사실확인서(작성일자 : 1998.12.18)의 내용을 보면, “이건 사업자등록 신청 당시 청구인의 직원 2명이 1997.3.25 사업자등록신청서만 가지고 와서 문의를 하면서 등기부등본 등 첨부서류의 보정이 필요하여 이를 요구하였고, 본인은 동 사업자등록신청서를 이틀동안 보관하다가 1997.3.27에 제출한 첨부서류와 함께 같은 날짜에 민원실에 정식으로 접수하여 사업자등록업무를 처리하였고, 또한 부동산 매입이 사실이어서 쟁점매입세액을 1997.5월 환급하였다”는 것이다.

(4) 청구인의 경리담당자 OOO이 작성한 확인서의 내용을 보면, “청구외 법인으로부터 분양받은 이건 OO크리닉 센타의 잔금청산 및 소유권이전등기가 97.3.26에 있을 것을 예견하고 부동산 임대 사업자등록신청서를 같은 날짜로 미리 작성하여 놓았으나, 청구외 법인의 자금사정이 어려워 하루 앞당겨 잔금을 청산하고 소유권이전등기를 하게 됨으로써 97.3.25 당초 작성되어 있는 사업자등록신청서를 처분청의민원실에 제출하였으나, 첨부서류가 미비하다는 이유로 접수를 해주지 아니하여 부가가치세과 해운대 O동 담당자를 직접 찾아가 미비된 서류는 다음날 보완하기로 하고 사업자등록신청서는 담당자에게 제출하고 추가서류는 다음날 제출하였다”는 것이다.

(5) 또한 청구인이 이건 취득부동산의 등기부등본 발급과 관련하여 소명하고 있는 내용을 보면, 1997.3.25 사업자등록신청서에 첨부한 등기부등본을 발급받기 위하여 14 : 30분경 부산지방법원 동부지원에 취득부동산 14건 (상가 14개호)에 대한 등기부등본을 신청하였으나, 11건 이상의 신청은 신청후 24시간 이내에 교부한다고 하여 (부산지방법원장이 게시한 안내문 사진에 의하여 확인되고 있음) 신청일의 다음날인 1997.3.26 오후에 발급받아 처분청에 제출하였다고 소명하고 있다.

라. 판단

관계법령과 위의 사실관계를 종합하여 보면, 처분청은 청구인이 사업자등록신청서를 접수한 날짜가 1997.3.27이며, 사업자등록신청서상의 신청일이 1997.3.26로 되어 있고, 처분청의 부가가치세과 담당자가 사업자등록신청서류를 첨부서류 미비로 보완을 요청하면서 보관한 사실은 있으나, 정확한 날짜는 기억하지 못한다는 부산지방국세청 감사관실의 문답서등을 근거로 청구인의 사업자등록신청일을 1997.3.25로 인정할 수 없다하여 쟁점세금계산서상의 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였는 바, 이건 사업자등록신청일을 언제로 볼 것인지에 대하여 살펴본다.

(1) 청구인 및 청구인 사업장의 경리담당자 OOO등이 사실확인을 하고 있는 내용을 보면 1997.3.25 처분청의 민원실에 이건 사업자등록신청서를 접수시키려 하였으나 서류미비로 반려 당하자 같은날 처분청의 부가가치세과 세적담당자(OOO)에게 서류를 제출하고, 이틀후인 1997.3.27 이건 매매부동산의 등기부등본 및 청구인의 주민등록등본을 제출하여 사업자등록신청서가 민원실에 정식으로 접수되었다고 확인하고 있고, 그후 처분청의 담당자였던 청구외 OOO(현재 금정세무서 총무과 근무)이 부산지방국세청의 감사가 끝난 후 국세청 심사청구시에 제출한 사실확인서(작성일자 1998.12.18)를 살펴보아도 위의 내용과 일치하고 있음을 알 수 있다.

(2) 또한 이건 사업자등록신청서의 보완서류로서 제출된 매매부동산의 등기부등본 및 청구인의 주민등록등본의 발급일자가 1997.3.26인 바, 1997.3.25 처분청 담당자로부터 첨부서류의 보완요구를 받고 같은날 오후에 등기부등본을 신청하여 그 다음날인 1997.3.26 위 등기부등본등을 발급 받아 1997.3.27 처분청에 제출하였다는 청구인의 주장은 등기부등본 발급건수가 11건 이상(14건)인 점과 부산지방법원장이 게시한 등기업무처리기준 안내문등에 비추어 보아 신빙성이 있다고 할 것이다.

(3) 청구인이 처음부터 주민등록표등본등 제반서류를 갖추어 사업자등록을 신청하지 아니한 잘못은 인정된다.그러나 처분청의 경우에도 민원인이 제출한 사업자등록신청서에 일부가 미비된 때에는 이를 우선 접수한 후 미비된 부속서류는 추후 사업자등록증을 교부할 때까지 보완하도록 할 수 있었음에도 민원인이 제출한 서류를 받아 이를 정식처리하지 아니하고 담당자가 보관한 잘못이 있다 할 것이고,민원서류가 행정관청의 지배권내에 들어가 사회 통념상 일반적으로 그 사실을 알 수 있는 상태에 있을 때에는 그 때를 문서접수의 효력이 발생한다고 보아야 할 것이므로 (대법원 90누 10353, 1991.10.11), 이 건 사업자등록신청일은 동 신청서가 부가가치세과 담당자에게 제출된 날(1997.3.25) 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 단순히 사업자등록신청서의 민원실 접수일과 부산지방국세청 감사시 담당자로부터 받은 문답서만을 토대로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 부당하다고 판단된다.

마. 결론이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.