재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율만을 적용하여 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」개정.시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 종합부동산세 과세기준일(2018.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건OOO에 대하여 2018.11.22. 청구법인에게 2018년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정.고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.11. 이의신청을 거쳐 2019.6.5.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분은 다음과 같은 잘못이 있으므로 부당한 처분이다. 「종합부동산세법」상 종합부동산세액에서 공제하는 재산세 상당액은 해당 과세대상 주택.토지의 주택.토지분 재산세로 부과된 세액으로 규정하고 있다. 이는 납세자가 재산세로 납부하게 된 최종 세액 전액을 공제한다는 뜻을 법문에 분명하게 표시한 것이다. 따라서 동일한 과세물건에 대하여 보유세인 재산세와 종합부동산세를 중첩적으로 부과할 경우 이중과세에 해당하게 되므로 종합부동산세 부과대상인 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액 공제되어야 한다. 이에 처분청의 계산방식대로 ‘공제할 재산세액’을 계산할 경우, 기납부한 재산세액 중 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만을 공제받게 됨으로써 기납부한 재산세액이 전액 공제되지 아니하여 이중과세 문제가 발생하므로 이 건 처분은 부당하다(대법원 2015.7.9. 선고 2012두23563 판결 참조).

나. 처분청 의견

청구법인은 2009.9.23. 개정된 「종합부동산세법 시행규칙」 별지3호 서식에 의해 종합부동산세를 계산한 것은 동일한 과세대상에 재산세와 종합부동산세를 중복하여 부과한 것으로 이중과세에 해당한다고 판시한 대법원 2015.7.9. 선고 2012두23563 판결을 근거로 이 사건 부과처분이 위법하다는 주장이나, 이후 2015.11.30. 「종합부동산세 시행령」 제4조의2 및 제5조의3이 개정되어 이중과세 논란 및 과세근거가 명확해졌다. 따라서, 위 개정된 「종합부동산세 시행령」에 따라 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율만을 적용하여 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 종합부동산세액 계산시 ‘기납부한 재산세액’의 과다 공제 방지를 위해 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 및 제5조의3의 계산식을 아래와 같이 개정하였다.

종 전

개 정

□ 종합부동산세 계산시

기납부한 재산세 공제액 산식

재산세로 부과된 세액의 합계액

×

종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액

전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화

재산세로 부과된 세액의 합계액

×

{(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율

전체 재산세 표준세액

(나) 처분청은 과세기준일(2018.6.1.) 현재 청구법인이 보유하고 있는 과세물건에 대하여 2018년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정.고지하면서, 개정된 산식에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 계산한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」개정.시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2019서1042, 2019.7.1. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.