토지가 양도일 현재 농지로서 장기보유특별공제 대상이 되는 토지인지의 여부(경정)

토지는 양도당시 공부상으로는 물론 사실상 농지라고 할 것이므로 장기보유특별공제를 배제한 처분은 잘못이라고 할 것임

1. 원처분의 개요 청구인은 경기도 부천시 OO구 OO동 OOOOOO등 6필지의 토지( 전 2,863㎡ 이하 “쟁점토지”라 한다)를 73.11.30 취득하여 95.8.7 OO종합건설(주)외 4인에게 국민주택건설 용지로 양도한후 95.10.18 양도소득세 감면신청과 함께 “장기보유특별공제”를 하여 양도소득세를 신고,납부한 바 있다. 처분청은 쟁점토지는 공부상으로는 지목이 농지이나 이는 도시계획구역안의 농지로서 일반주거지역으로 지정된 후 3년이 경과된 농지로 이는 토지초과이득세법 제8조 제1항 제5호 “나”목의 규정에 의하여 유휴토지라 하여 장기보유특별공제를 배제하고 98.1.15 청구인에게 95귀속분 양도소득세 319,653,000원을 결정, 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.2.9 심사청구를 거쳐 98.4.30 이건 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인은 평소 식물학을 전공한 OOOO대학교 교수로 쟁점토지는 청구인이 연구용 식물원을 조성하려는 목적으로 취득하여 식물을 식재하여 연구용으로 재배하다가 쟁점토지 주변에 주택이 들어서게 되어 부득이 식물원내에 있는 나무를 청구인의 제자(OOO)가 교장으로 보직하고 있는 OO고등학교등에 기증하고 양도한 것으로 쟁점토지는 양도일 현재 나대지가 아니므로 장기보유특별공제를 하여 경정함이 타당하다.

나. 국세청장 의견 쟁점토지의 토지대장에 의하면 지목이 전으로 되어 있으나 토지이용계획 확인서에 의하면 용도지역이 일반주거지역으로 되어있고 취득자는 쟁점토지를 국민주택건설용지로 취득한점과 부천세무서장은 쟁점토지에 대하여 94.4.16 토지초과이득세(5,342,630원)를 부과한 사실등을 종합하면 쟁점토지의 사실상 현황은 전이 아닌 나대지로 인정되므로 처분청이 그 양도소득금액의 산출에 있어 장기보유특별공제를 배제한 처분에 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 양도일 현재 농지로서 장기보유특별공제 대상이 되는 토지인지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구 소득세법 (94.12.22 법률 제4803호로 개정되기 이전의것) 제23조제2항 및 같은법 시행령 제46조의3 의 규정에 의하면, 양도소득금액은 양도차익(양도가액 - 필요경비)에서 양도소득특별공제와 장기보유특별공제액 및 양도소득공제액을 순차적으로 공제한금액으로 한다고 규정(보유기간이 2년미만인것과 미등기양도자산 제외)하면서 위에서 언급하고 있는 장기보유특별공제(당해자산의 보유기간이 5년이상 10년미만인 것은 양도차익의 100분의10, 10년이상인 것은 양도차익의 100분의30)는 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것 포함)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해건축물의 바닥면적에 소득세법 시행령 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 면적에 대하여는 제외하되, 다만 양도일현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다고 규정하고 있어 소득세법상 장기보유특별공제를 배제하는 토지는 나대지이거나 대지위에 건축물이 있는 토지라도 기준면적을 초과하는 토지의 면적으로 하되 그 토지도 무주택가구가 소유하는 1필지의 나지이거나 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 토지등 토지초과이득세법상 유휴토지등에 해당하지 아니하면 장기보유특별공제를 함이 타당하다고 할 것이다.(대법원 92누12357, 93.4.23, 국심 94중4010, 94.11.24 국세청예규 재산22601-1777, 91.12.10 같은 뜻임)

다. 사실관계

쟁점토지의 토지대장에 의하면 쟁점토지의 지목은 당초 농지(전)이었다가 청구인이 쟁점토지를 소유권이전(95.8.7)한 후인 96.8.16자로 그 지목이 대지로 변경되었음이 확인되고 있고,

라. 판단

(1) 이건의 경우에 있어서 처분청은 쟁점토지가 “도시계획구역안의 농지”로서 일반주거지역으로 지정된 후 3년이 경과된 농지로서 토지초과이득세법상 유휴토지에 해당되어 토지초과이득세가 부과된 토지이므로 장기보유특별공제를 배제하는 것으로 하였으나, 토지초과이득세법에 의하여 토지초과이득세가 과세되는 토지는 지목에 관계없이 토지초과이득세법 제8조 제1항의 규정에 해당되는 토지인 반면, 소득세법에 의하여 장기보유특별공제가 배제되는 토지는 “나대지”이거나 나대지위에 건축물이 있다고 하여도 그 기준면적을 초과하는 토지로 한정하고 있어 처분청 의견과 같이 쟁점토지가 도시계획구역안의 농지라면 그 지목이 대지가 아니므로 장기보유특별공제대상 토지라고 할 것(국심 93중1696, 93.10.20 같은 뜻임)이다.

(2) 한편 국세청장은 쟁점토지의 토지이용계획확인서에 의하면 용도지역이 일반주거지역으로 되어있고 쟁점토지의 취득자는 쟁점토지를 국민주택건설용지로 취득한 점 등을 이유로 쟁점토지를 양도당시 나대지로 보아 쟁점토지는 장기보유특별공제가 배제된다는 의견이나 (첫째) 청구인은 식물학을 전공한 사람으로 쟁점토지위에 관상용수등 식물을 재배하다가 쟁점토지 주변이 일반주거지역으로 지정되어 주택이 들어서게 됨에 따라 쟁점토지를 식물원으로서 이용할 수 없게되어 쟁점토지를 양도하였다고 주장하면서 그 거증으로 95.7.27 촬영한 사진(등기부상 소유권이전일은 95.8.7)을 제시하고 있는데, 그 사진에 의하면 쟁점토지위에는 식물이 재배된 것으로 확인되고 있고 (둘째) 95.7.24 체결된 쟁점토지 매매계약서의 특약사항 7에 의하면 본 대지에 식재되어 있는 나무는 이전시까지 매도자가 필요한 나무는 취하고 그 이후에는 매수자가 임의처리한다고 기재되어 있으며 (셋째) 청구외 OO고등학교장 OOO의 사실확인서에 의하면 OO고등학교는 88.3.2 서울특별시 중구 OO동 OOO에서 서울특별시 양천구 OO동 OOOOO로 이전한 후 청구인 소유 식물원에 식재되었던 수목중 1차로 메타쉐쿼이아 나무 300여주를 89.3월초에 기증을 받아 OO고등학교 신교지 울타리에 이식하였고 2차로 95.3월에 주목(10년생) 10주, 주목(8년생) 5주, 메타쉐쿼이아(20년생) 5주, 메타쉐퀘이아(14년생) 2주, 개나리(10년생) 10주, 모란(10년생) 2주, 모간주나무(20년생) 1주, 가이즈가향나무(10년생) 20주, 감나무(20년생) 2주, 단풍나무(20년생) 1주를 기증받아 학교교정에 식수한 바 있다고 사실확인하면서 사진을 제시하고 있고 쟁점토지의 매수자의 하나인 OO종합건설(주) 대표이사 OOO는 쟁점토지 매입당시

쟁점토지에는 두중나무 30그루, 고엽나무 150그루, 침엽수 40그루, 월계수 1그루, 향나무 6그루, 눈향나무 7그루, 추목나무 3그루 등 수목이 있었고 쟁점토지위에 주택신축을 위하여 정지작업하여 처리하였다고 확인하고 있고 (넷째) 쟁점토지의 토지대장에 의하면 쟁점토지의 지목은 당초 농지(전)이었다가 95.8.7 쟁점토지가 소유권이 이전된 후 약 1년 9일이 경과한 96.8.16에 이르러 그 지목이 대지로 변경된 점 (다섯째) 처분청은 청구인의 이건 심판청구에 대한 의견에서 쟁점토지는 도시계획안의 농지로 기술하고 있는 점을 종합하여 볼 때 쟁점토지는 양도당시 공부상으로는 물론 사실상 농지라고 할 것이므로 장기보유특별공제를 배제한 처분은 잘못이라고 할 것이다(국심 94중68, 94.4.12 같은 뜻임).

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.