부동산매매업에 대한 재고납부세액의 징수가 입법취지에 반하여 부당한지 여부(기각)

청구인이 재고납부세액에 대한 과세가 부당하다고 주장하는 것은 부가가치세의 기본원리에 대한 법리를 오해한데서 비롯되는 것으로서 그 주장을 받아들일 수 없다고 판단됨.

1. 원처분 개요청구인은 93.3.18 일반사업자로 사업자등록을 하고 충청남도 천안시 OO동 OOOOOO 소재 지하1층 지상4층, 연면적 1,079.02㎡의 근린생활시설 및 주택용 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 신축에 따른 매입세액을 공제받았고, 동 건물을 1993년 10월에 준공하여 부동산임대업에 공하고 있으며, 동 건물의 임대수입금액에 대하여 1993년 제2기 1,360,000원, 1994년 제1기 5,820,000원을 과세표준으로 하여 부가가치세 신고를 하였다.처분청은 1993년 제2기 중 공급대가를 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달한다 하여 94.7.1부터 과세특례자로 과세유형전환하고 이에 따른 재고납부세액 등에 대하여 95.4.16 청구인에게 1994년 제2기분 부가가치세 9,992,510원을 결정고지 하였다.청구인은 이에 불복하여 95.5.30 심사청구를 거쳐 95.9.4 심판청구를 하였다.2.청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구인이 1993년 10월 쟁점건물을 준공하고 임대사업을 영위함에 있어서 사업초기의 임대부진으로 인하여 1993년 제2기 공급가액을 1역년으로 환산하는 경우 공급대가가 36,000,000원에 미달하는데 따라 처분청은 청구인을 과세특례자로 과세유형전환을 하고 재고납부세액에 대하여 이 건 부과처분을 하였으나,

(1) 청구인은 일반사업자로 계속 부동산임대업을 수행하겠다는 의지를 가지고 1993년 제1기 예정신고부터 1995년 제1기 확정신고시까지 사업자등록증의 검열을 받아 왔으며, 1994년 제2기부터는 과세특례범위를 넘어서는 과세표준에 대하여 부가가치세 신고를 하였음에도 불구하고 처분청이 사전안내나 통지를 하여 특례포기신고의 기회도 주지 아니하고 과세특례자로 과세유형전환하여 과세함은 부당하며,

(2) 부동산임대업의 경우 임대용 건물 준공후에는 취득과 관련된 매입세액은 발생하지 아니하는 반면 임대료수입에 대한 매출세액은 계속적으로 발생하게 되고 건물준공시 발생하는 매입세액은 향후 발생하여 납부해야 하는 매출세액에 대응되는 성격을 띠고 있어 건물취득가액분 매입세액의 공제가 이루어져야만 실질과세의 원칙에도 부합되므로 재고납부세액을 징수함은 부가가치세의 입법취지에 반하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견일반사업자로 등록한 사업자로서 최초과세기간의 공급대가 합계액을 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달하는 경우에는 과세유형전환통지에 관계없이 최초과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 과세특례자로 과세유형전환되는 것이고, 청구인의 경우 사업개시후 그 과세기간의 공급대가를 12월로 환산한 가액이 36,000,000원에 미달하므로 과세특례자로 과세유형전환하고 재고납부세액에 대하여 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구는 처분청이 청구인을 과세특례자로 과세유형전환하고 재고납부세액에 대하여 과세한 것이 사전안내나 통지가 없어 부당한 처분인지 여부(쟁점1)와 부동산매매업에 대한 재고납부세액의 징수가 입법취지에 반하여 부당한지 여부(쟁점2)에 대하여 다툼이 있다.

나. 쟁점1에 대하여 살펴본다.

(1)부가가치세법 제25조제1항에서 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(공급대가)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(과세특례자)에 대하여는 과세특례 규정을 적용한다고 규정하고, 제2항에서 「직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일로부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.」고 규정하고 있으며,같은법 시행령 제74조제1항에서 「개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다.」고 하고 제1호에서 「대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 36,000,000원에 미달하는 때」를 규정하고, 제3항에서 「제1항에 규정하는 금액을 계산함에 있어서 직전 1역년중 휴업하거나 직전년 제1기 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자에 대하여는 휴업기간 또는 사업개시전의 기간을 제외한 잔여기간에 대한 재화 또는 용역의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하며 휴업한 개인사업자에 있어서 직전 1역년중 공급대가가 없는 경우에는 신규로 사업을 개시한 것으로 본다. 이 경우에 1월미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제74조의2 제1항에 「과세특례의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다.

다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다」고 규정하고, 제2항에서 「제1항의 경우에 당해 사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시일 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시전일까지 교부하여야 한다.」규정하고, 제3항에 「제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다」고 규정하고 있다. 또한 같은 법 제30조 제1항 및 제2항에서 일반과세에 관한 규정을 적용받고자 하는 자는 과세기간개시 10일전에 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 1993년 제2기중 청구인의 쟁점건물임대에 따른 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달하며, 청구인은 1994년 제2기 과세기간개시 10일전까지 과세특례포기신고서를 제출한 바 없고, 처분청도 1994년 제2기 과세기간개시 20일전까지 청구인에게 과세특례전환대상자임을 통지한 바 없으며, 이 사실에는 다툼이 없다.

(3)부가가치세법 시행령 제74조의2제2항에서 사업자의 과세유형이 전환되는 경우 소관세무서장은 그 과세기간의 개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 한다고 규정하고 있으나, 과세특례자로부터 일반과세자로 전환되는 때 과세유형전환사실이 사업자에게 통지되는 날이 속하는 과세기간까지는 과세특례규정을 적용하도록 규정하고 있는 것과는 달리 일반과세자로부터 과세특례자로 전환되는 경우에는 과세유형전환사실통지와 관계없이 과세특례가 적용되는 것이고, 일반과세자로 등록한 사업자가 공급 가액을 1역년으로 환산한 공급대가가 36,000,000원에 미달함에도 불구하고 과세특례규정을 적용받지 않고 계속하여 일반과세자로 남기 위하여는 과세특례포기신고서를 소관세무서장에게 제출하여야 하고 이를 이행하지 아니한 경우에는 과세특례자로 전환되는 것이므로 처분청이 과세유형전환사실의 통지없이 1993년 제2기 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달하는 청구인을 과세특례자로 전환하고 재고 납부세액을 추징한데는 잘못이 없다고 판단된다.

다. 쟁점2에 대하여 살펴본다.

(1) 청구인은 부동산임대업자의 경우 건물이 완공된 이후에는 매입세액이 거의 발생하지 아니하는 반면 매출세액은 계속 발생하고 건물준공시 발생하는 매입세액은 향후 발생하는 매출세액에 대응하는 성격을 띠고 있으므로 재고납부세액을 부과하지 말아야 한다고 주장하나,

(2) 부가가치세가 전단계세액공제제도를 취하고 있어 매출세액에서 매입세액을 공제하도록 하고 있으나 과세특례자의 경우 매입세액을 공제하지 아니하는 대신 매출세액도 과세표준(공급대가)에 대하여 2%의 세율을 적용하도록 함으로써 일반과세자의 10%세율보다 낮게 규정하고 있으며, 건물신축에 의한 부동산임대업의 경우 일반과세자로서 매출이 발생하기 이전에 건물신축에 따른 매입세액을 이미 공제받았으므로 2%의 세율이 적용되는 과세특례자로 전환되는 경우 일반과세자로서 기 공제받은 매입세액에 상당하는 금액을 재고납부세액으로 징수함으로써 당초부터의 과세특례자와 마찬가지로 과세하고자 하는 것이며, 청구인의 경우 당초부터 과세특례자로 사업자등록을 하는 경우 재고납부세액에 대한 과세는 없었을 것임을 감안하면, 청구인이 재고납부세액에 대한 과세가 부당하다고 주장하는 것은 부가가치세의 기본원리에 대한 법리를 오해한데서 비롯되는 것으로서 그 주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.