일반과세자에서 과세특례자로의 유형전환시 처분청이 과세유형전환통지를 하지 아니한 경우에도 과세유형전환의 효력이 있는지 여부(기각)

청구인들의 93년 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 과세특례포기를 한 사실이 없으므로 94.7.1부터 과세특례로 유형전환시켜 재고납부세액을 결정고지한 처분은 잘못이 없음

1. 사실 및 처분개요 청구인 OOO, OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 93.8.1 부동산 임대업을 영위하기 위해 사업자등록을 하고 대전광역시 동구 OO동 OOOOO 소재에 건물 2,398.64㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여 93.10.8 준공검사를 완료한 후 93년 2기분 부가가치세 신고시 쟁점건물의 신축에 따른 매입세액 62,641,659원을 신고하여 62,101,660원을 환급받았다. 처분청은 청구인들의 93년 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달된다하여 부가가치세법시행령 제74조의2 제3항의 규정에 의하여 94.7.1부터 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 95.12.16 청구인들에게 94년 제2기분 부가가치세 54,210,820원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.1.15 이의신청, 96.3.13 심사청구를 거쳐 96.7.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인들은 처음부터 일반과세자로 사업자등록을 하여 세법상 일반과세자의 제반의무를 이행하여 왔고, 처분청으로부터 과세특례자로의 과세유형전환통지를 받지 못하였으므로 청구인들이 94.7.1 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 재고납부세액을 추징한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견 청구인들의 93년 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 과세특례포기를 한 사실이 없으므로 94.7.1부터 과세특례로 유형전환시켜 재고납부세액을 결정고지한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

일반과세자에서 과세특례자로의 유형전환시 처분청이 과세유형전환통지를 하지 아니한 경우에도 과세유형전환의 효력이 있는지 여부에 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제25조 제1항 및 같은 법 시행령 제74조 제1항 제1호의 규정에 의하면 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가가 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 3,600만원에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 과세특례규정을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제30조 제1항 및 제2항에서 일반과세에 관한 규정을 적용받고자하는 과세특례자는 과세기간 개시 10일전에 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제74조의2 제1항에서 과세특례의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상되는 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다고 규정하고 있고, 그 제2항에서 제1항의 경우에 당해사업자의 소관세무서장은 과세특례의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지함과 동시에 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다고 규정하고 있으며, 그 제3항에서 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인들은 93.8.1 부동산 임대업을 영위하기 위해 사업자등록을 하고 쟁점건물을 신축하여 93.10.8 준공검사를 완료한 후 쟁점건물의 신축에 따른 매입세액 62,101,660원을 환급받은 한편, 93년 2기분 부가가치세 신고금액은 3,947,054원이었음이 부가가치세 과세표준 및 세액신고서 등에 의하여 확인된다. 청구인들은 93.2기 부가가치세 신고시 매출금액 3,947,054원(세액 394,705원), 매입금액 630,363,636원(세액 63,036,364원), 환급세액 62,641,659원으로 신고하였으나, 환급된 금액은 94.2.12 57,591,660원과 94.6.10 4,510,000원 합계 62,101,660원으로서 이는 처분청이 공급가액을 9,347,040원으로 결정한 것이므로 93년 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하지 않는다고 주장하고 있으나, 매입세액 중 거래시기와 세금계산서 발행시기 불일치로 매입세액 불공제액 490,909원 및 신고불성실가산세 49,090원 때문에 신고한 환급세액보다 환급금이 감액된 것이 93.2기분 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인되므로 청구주장은 이유가 없는 것으로 보이고, 93년 1역년의 공급대가가 15,788,215원으로서 36,000,000원에 미달되고 있다. 청구인들의 93년 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달함에도 청구인들은 위 관련 법령에 의한 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였고 처분청 역시 청구인들에게 일반과세자에서 과세특례자로의 과세유형전환통지를 하지 아니한 사실, 청구인들은 개업일 이래 96년 1기분까지 줄곧 일반과세자로 부가가치세를 신고하여 온 사실에 대하여는 부가가치세 과세표준 및 세액신고서 등 관련서류에 의하여 확인되고 다툼이 없다.

위 관련법령을 종합하여 보면 일반과세자의 연 공급대가가 36,000,000원에 미달하여 과세특례자로 유형전환되는 경우 과세특례포기신고가 없는 한 과세특례전환통지와 관계없이 과세특례의 규정을 적용하는 것이고, 과세특례자가 과세특례의 포기신고를 함이 없이 일반과세자로 신고를 한 것만으로는 과세특례자 규정의 적용을 배제할 수 없다 할 것이므로(국심 91서2375, 92.1.6외 다수 ; 대법원 90누4068, 90.9.11 외 다수 같은 뜻) 처분청이 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 청구인들에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 적법하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.