철거한 건축물의 취득시 매입세액을 공제대상 매입세액으로 볼 수 있는지 여부(기각)

건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하였으므로 쟁점 매입세액은 토지관련매입세액이므로 매입세액공제대상이 아님

1. 처분개요

청구법인은 2002.5.22 개업하여 부동산매매업을 영위하는 법인으로서 주상복합아파트를 신축하기 위하여 2002년 8월 OOOO시 OO구 OOO OOOO, OOOOO 소재의 빌딩(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하였다.청구법인은 2002년 2기 부가가치세 예정신고시 쟁점부동산에 대한 건물취득비 OOO원(공급가액, 이하 “쟁점매입액”이라 한다)에 대한 매입세액 OO OOOOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 포함한 총 매입세액 OOO,OOO,OOO원에서 공제받지 못할 매입세액 OOO,OOO,OOO원을 차감한 OO,OOO,OOO원을 환급세액으로 신고하였다.처분청은 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 2003.4.4 청구법인에게 2002년 2기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 환급 통지하였다 .청구법인은 이에 불복하여 2003.6.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2002.10월 2002년 2기 부가가치세 예정신고시 국세청 콜센타에 매입세액 공제여부를 문의하고, 이 건 과세 당시의 예규(부가 46015-707, 98.4.11 및 제도 46015-12101, 2001.7.13)를 적용하여 쟁점매입세액을 공제대상 매입세액으로 보아 신고하였음에도,처분청은 2001.12.31 개정된부가가치세법시행령 제60조제6항 2호의 “기존 건물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우” 토지관련 매입세액으로 본다는 규정에 대하여 건물철거후 토지를 나대지 또는 주차장등으로 사용하는 경우뿐만 아니라 건물을 신축하는 경우에도 토지만을 사용하는 경우에 포함되는 것으로 해석하여 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제하여 환급 통지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 제시하는 예규는 위 법시행령 개정전의 예규로 개정일 이후의 예규(서삼 46015-12153, 2002.12.13)에 의하면, 건물신축판매를 목적으로 기존건축물이 있는 토지매입시 기존 건축물의 매입 및 철거관련 매입세액은 토지의 자본적 지출로서 매입세액 불공제한다고 하고 있어 쟁점매입세액을 불공제하여 환급 통지한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 철거한 건축물의 취득시 매입세액을 공제대상 매입세액으로 볼 수 있는지 여부.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 주상복합 아파트를 신축하기 위하여 쟁점부동산의 건물을 OOO원에 취득하여 지상건물을 철거한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.처분청은 쟁점부동산의 건물 취득가액에 대한 매입세액 OOOOOOO원(쟁점매입세액)을 토지관련매입세액으로 보아 매입세액 불공제대상으로 보아 환급 결정한데 대하여 청구법인은 쟁점매입세액이 공제대상 매입세액이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(2)부가가치세법 제17조제2항 제4호에서 「부가가치세가 면제되는 대통령령이 정하는 토지관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다」고 규정하고 있고,같은법시행령 제60조제6항 제2호에서는 「건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다」고 규정하고 있다.

(3) 한편, 청구법인이 쟁점부동산의 건물을 매입한 것은 동 건물을 활용하기 위해서가 아니라 쟁점부동산의 토지상에 새로운 건물을 신축하기 위하여 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 철거하였는 바,청구법인은 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하였으므로 쟁점부동산의 건물 취득과 관련된 쟁점매입세액은 토지관련 매입세액으로 공제대상이 아니라 할 것이다.(국심2003서 1362, 2003.7.22 같은 뜻)

(4) 따라서, 처분청이 쟁점매입세액을 토지관련매입세액으로 보아 매입세액 불공제대상으로 하여 이 건 환급세액을 결정하여 통지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.