법인이 신고한 양도가액과의 차액을 익금에 산입하고 청구인 토지소유 지분에 해당하는 금액을 기타소득으로 처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부(기각)

법인 및 개인소유 토지를 일괄양도한 양도대금중 법인분의 양도대금을 법인이 과소신고한 금액에 대해 익금산입하고 당해 개인의 신분별로 상여, 배당, 기타 소득처분함은 정당함

1. 사실청구외 법인인 합자회사 OOO농장(이하 “청구외법인” 이라 한다)이 소유하고 있었던 대전광역시 OOO동 O OOOO 외 임야 20,231㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 1996.12.20 청구외 (학)OO학원에 양도하고 1997.3.31 1996사업년도에 대한 법인세과세표준신고시 양도가액을 1,288,000,000원으로 하여 이를 신고하였다. 처분청은 쟁점토지의 실지거래가액을 조사하면서 청구외법인의 소유인 쟁점토지와 청구인과 청구외법인의 대표 및 주주등 5인이 소유하고 있던 대전광역시 서구 OOO동 O OOOO외 14필지 임야 및 답 39,751㎡(이하“쟁점외토지”라 한다)를 일괄하여 7,543,000,000원에 (학)OO학원에 양도한 것으로 보고 쟁점토지의 양도가액을 총 양도금액 7,543,000,000원을 면적단위당 금액으로 환산하여 산출된 3,244,964,489원으로 보아 청구외법인이 신고한 양도가액과의 차액 1,956,964,489원을 익금에 산입하여 1999.6.1 법인세 1,324,195,340원을 고지하고 동 신고누락금액을 대표자에게 상여로 처분하여 갑근세 845,884,370원을 고지하였다가 청구외 법인의 심사청구에 대하여 쟁점토지의 양도가액을 각필지별 기준시가로 안분계산하여 경정한다는 국세청장의 심사결정에 따라처분청은 필지별 기준시가로 안분하여 쟁점토지의 양도가액을 2,215,304,820원으로 하여 1999.12.24 법인세를 667,846,640원으로 감액 경정하였고, 신고누락 금액(987,304,820원)에 대한 처분도 개인소유의 토지의 지분별로 안분하여 대표자는 상여로, 출자자는 배당으로, 청구외법인과 경영 및 출자관계가 없는 청구인에게는 244,071,944원을 기타소득으로 처분하였다.

청구인은 2000.2.29청구인에게 처분된 기타소득 244,071,944원중 229,071,944원을 1997년 귀속 종합소득금액에 합산하여 종합소득세 39,249,540원을 수정신고납부 하였고, 처분청은 수정신고중 과소신고된 기타소득 15,000,000원에 대하여 2000.10.5 종합소득세 5,540,720원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.1.3심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구외법인이 청구외 OO학원과의 체결한 부동산양도계약서는 진실한 계약서인데도 아무런 근거 없이 부인한 것은 부당하고, 설사 처분청의 양도대금 안분계산이 타당하다 하더라도 청구인이 양도대금으로 받은 금액에 대하여는 1996년 귀속 양도소득세로 이미 납부하였으므로 같은 부동산양도대금에 대하여 기타소득으로 종합소득세를 과세함은 이중과세에 해당하므로 소득처분을 기타소득으로 처분할 것이 아니라 기타사외유출로 처분하여 종합소득세를 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 청구외 OO학원과 체결한 부동산양도계약서가 진실한 계약서임에도 아무런 근거 없이 부인한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 이 부분에 대하여는 국세심판원결정(국심 2000전 693호, 국심 2000전 1522호, 2000.11.2)시 이미 기각되었으므로 청구주장은 이유 없으며, 소득처분시 기타소득으로 처분하여 종합소득세를 과세하면 양도소득세와 이중과세가 된다는 주장도 청구인을 포함한 쟁점외토지의 개인소유자들에 대한 양도소득세를 기준시가로 결정하여 이중과세문제가 발생하지 아니하므로 기타사외유출로 처분하여야 한다는 청구주장도 이유 없다.

3. 쟁점 및 판단가. 쟁점쟁점토지와 쟁점외토지를 일괄매매 한 것으로 보아 총 대금을 필지별 기준시가로 안분하여 청구외법인이 신고한 양도가액과의 차액을 익금에 산입하고 청구인 토지소유지분에 해당하는 금액을청구인에게 기타소득으로 처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법(1996.12.30 법률 제5192호로 개정되기 전의 것)제32조【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (1994.12.22 개정)

1. 신고내용에 OO 또는 탈루가 있는 때

⑤ 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다. (1994.12.22 개정)제59조의 2【과세표준】

① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 토지등 이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

⑤ 법인이 토지등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (1994.12.22 신설)

(2) 법인세법시행령(1996.12.31대통령령 제15192호로 개정되기 전의 것)제94조의 2【소득처분】

① 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1994.12.31 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다. (1993.12.31 개정)가. 귀속자가 출자자(임원인 출자자를 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로 한다.(1993.12.31 개정)나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다. (1993.12.31 개정)다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출로 한다. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제56조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도 소득이나 거주자 또는소득세법 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. (1992.12.31 단서개정)마. 귀속자가 가목 내지 다목 이외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득으로 한다. (1992.12.31 개정)제124조의 5【기준시가의 산정】

③ 법 59조의 2 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법”이라 함은 다음 각호의 방법을 말한다.

1. 기준시가가 있는 자산만을 취득하거나 양도한 경우에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단처분청은 청구인등 5인이 개별적 또는 공유로 소유한 쟁점외토지와 청구외법인 소유토지를 일괄하여 매매하였다 하여 개별공시지가로 안분한 가액을 청구외법인 소유토지의 양도가액으로 하여 신고누락금액을 익금산입하고 귀속자별로 소득처분한데 대하여 청구인은 토지소유자별로 별도로 양도하였고 청구인이 양도한 토지에 대하여 양도소득세를 납부하였으므로 청구외법인의 신고누락분을 청구인의 기타소득으로 처분하여 종합소득세를 부과함은 이중과세이므로 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 이 건 과세 경위에 대하여 보면, 청구외법인이 쟁점토지를 (학)OO학원에 양도하고 1996사업연도 법인세신고시 양도가액을 1,288,000,000원으로 하여 신고하였으나 처분청은 쟁점토지와 쟁점외토지를 일괄하여 7,543,000,000원에 (학)OO학원에 양도한 사실을 확인하고 쟁점토지의 면적에 단위당 매매가액을 곱하여 산출된 3,244,964,489원을 쟁점토지의 실지양도가액으로 보아 청구외법인이 신고한 가액과의 차액 1,956,964,489원을 익금산입하고 대표자 상여로 소득처분 하였다가 국세청장의 심사결정 의하여 총양도금액을 기준시가로 안분계산한 2,215,304,820원을 쟁점토지의 양도가액으로 하여 당초 신고가액과의 차액 987,304,820원을 신고누락금액으로 보아 법인세를 경정하고 쟁점외토지의 소유지분별로 안분 계산하여 청구외법인의 출자자가 아닌 청구인에게는 244,071,944원을 기타소득으로 소득처분 하였고, 청구인은 2000.2.29 처분된 기타소득중 229,071,944원을 1997년 종합소득에 합산하여 수정신고 하였으며, 처분청은 과소신고된 15,000,000원에 대하여 종합소득세 5,540,720원을 고지한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

(2) 처분청이 국세청장의 심사결정에 따라 쟁점토지와 쟁점외토지의 총매매대금을 필지별 기준시가로 안분 계산한 청구외법인 소유의 쟁점토지 양도가액중 신고누락한 987,304,820원을 익금에 산입하고 그 금액을 쟁점외토지 소유지분으로 안분하여 임원은 상여로, 출자자는 배당소득으로, 임원이나 출자자가 아닌 자들에게는 기타소득으로 처분하여 갑근세를 105,506,280원으로 감액경정하고, 2000.3.3 배당소득세 5,609,980원과 기타소득세 5,510,010원을 부과한데 대하여 청구외법인이 불복하여 심판청구를 제기하였는 바, 당 심판원에서는 청구외법인과 쟁점외토지소유자들이 쟁점토지와 쟁점외토지를 (학)OO학원에 일괄양도한 것으로 보아 쟁점토지와 쟁점외토지의 총매매대금을 쟁점토지와 쟁점외토지의기준시가로 안분하여 산출된 가액을 쟁점토지의 양도가액으로 하고 청구외법인이 신고한 쟁점토지의 양도가액과의 차액(987,304,820원)을 신고누락하였다 하여 익금에 산입하고 소득처분시 쟁점외토지 소유지분별로 안분하여 그 귀속자별로 상여·배당 및 기타소득으로 처분한 것은 정당하다고 기각결정(국심2000전 693, 1522, 2000.11.2)된 사실이 있고, 당초 처분청 조사시에도 쟁점토지와 쟁점외토지를 일괄양도한 것으로 조사된 사실이 있어 청구인이 쟁점외토지를 개별적으로 양도하였다는 주장은 신빙성이 없는 것으로 인정된다.

(3) 또한 청구인이 청구인 소유토지에 대하여 양도소득세를 납부하였는데도 청구외법인이 신고누락한 토지대금중 244,071,944원을 청구인의기타소득으로 보아 종합소득세를 부과한 것은 이중과세이므로 부당하다는 주장에 대하여 보면, 위 사실관계에 나타난 바와 같이 청구외법인은 쟁점토지의 양도대금이 2,215,304,820원임에도 법인세신고시 1,228,000,000원을 신고하여 987,304,820원을 신고누락 하였으며, 쟁점토지와 쟁점외토지의 총매매대금중 청구외법인이 신고한 금액을 제외한 금액은 쟁점외토지의 소유자들인 청구인등에게 배분되었으므로 청구인등 쟁점외토지의 소유자들은 소유토지 양도대금외에 청구외법인이 신고누락한 987,304,820원 만큼의 추가소득이 있었다고 할 것이므로 청구외법인이 신고누락한 금액을 청구인등 개인들의 토지소유 지분으로 안분계산한 244,071,944원을 청구인의 기타소득으로 하여 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.