사업자등록신청일을 언제로 볼 것인지에 따라 세금계산서(취소)

사업자등록증이 교부된 적법한 신청일은 91.4.16이므로, 이 건 세금계산서는 사업자등록전의 매입세액에 해당하므로 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

청구인은 서울특별시 강동구 OO동 OOOOO 대지 7,366㎡에 민영주택 224세대등을 신축하기 위하여 결성된 OO개발주택조합의 대표자로서 89.8.23 청구외 OOOO주식회사(대표이사 OOO)와 아파트 224세대 및 상가건물 1동(299.9평, 이하 “이 건 상가건물”이라 한다)을 5,223,398,000원에 건축하기로 계약체결하였다가 90.3.11 공사금액을 5,655,986,121원으로 증액하면서 이 건 상가건물의 공사대금을 278,521,000원으로 체결하였다.청구인은 91.1.23에 이 건 상가건물의 1차 기성고금액 128,536,716원을 지급하고, 잔금은 91.3.30에 149,984,284원을 지급하면서 청구인을 공급 받는자로 하여 세금계산서(부가가치세액: 14,998,428원, 이하 “이 건 세금계산서”라 한다)를 수취하였다.처분청은 이 건 세금계산서의 매입세액이 사업자등록을 하기전의 매입세액이라고 하여부가가치세법 제17조제2항 제5호에 의거 매입세액을 공제하지 않고 91.9.16 부가가치세 16,498,270원을 부과하자, 청구인은 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 92.2.19 심판청구에 이르렀다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견청구인은 91.3.20 OO개발주택조합 명의로 강동세무서에 사업자등록신청서를 제출하였으나 처분청은 위 주택조합설립인가필증상의 사무소 소재지가 서울특별시 종로구 OO동 OOOOO라는 이유로 광화문세무서에 사업자등록신청을 하도록 종용하여 91.3.23 취하하고 광화문세무서에 같은 서류를 접수하려 하였으나 이번에는 법인이 아니므로 당초 신청한 강동세무서에 신청하여야 한다고 하여 91.4.1 재차 강동세무서에 신청하였으나 민원서류처리기한이 경과하였다고 취하 종용하여 91.4.8 취하하였고, 91.4.16에 3차로 신청하여 처분청으로부터 91.4.22 사업자등록증을 교부받았으므로 사업자등록신청일은 최초로 신청한 91.3.20로 보아야 할 것이므로, 이 건 세금계산서의 매입세액은 사업자등록전의 매입세액이 아니라는 주장이다.국세청장은 91.3.20 사업자등록신청하였다가 본인이 취하한 것이므로 적법한 신청에 의한 수리로 볼 수 없고 사업자등록증이 교부된 적법한 신청일은 91.4.16이므로, 이 건 세금계산서는 사업자등록전의 매입세액에 해당하므로 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 세금계산서의 매입세액을 사업자등록후의 적법한 매입세액으로 인정할 수 있는지의 여부에 다툼이 있다.

나. 관련법규부가가치세법 제5조제1항에서 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일내에 정부에 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다”고 규정하고, 같은 법 제17조 제2항 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제60조 제6항에서는 “법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다”고 규정하고 있다.

다. 이 건 세금계산서를 사업자등록신청후에 교부받은 것으로 인정할 수 있는지 여부를 본다. 첫째, 청구인의 사업자등록신청에 대한 사실관계를 보면, 91.3.20 청구인은 청구인을 대표자로 하는 OO개발주택조합의 사업자등록신청서를 처분청에 제출하였고, 91.3.23 취하하였으며 91.4.1에 2차로 신청하였다가 91.4.8 취하하였으며, 91.4.16에 3차로 신청하여 91.4.22 사업자등록증을 교부받았음이 처분청의 민원서류처리부등에 의하여 확인되는 극히 예외적인 경우로 밝혀지고 있다. 둘째, 청구인이 3차에 걸쳐 사업자등록을 신청하고 2차에 걸쳐 이를 취하한 사유가 객관적으로 확인되고 있지는 아니하나 관련서류 및 처분청으로부터의 확인조사내용이나 특히, 주택조합이 세무상 법인인지 또는 개인인지가 명백하게 드러나는 사항이 아니라는 점등에 비추어 보면 처분청 공무원의 종용에 따라 사업자등록신청을 취하하였다는 청구주장은 설득력이 있어 보인다. 셋째, 청구인이 3차에 걸쳐 사업자등록을 신청한 후 처분청에서 동 신청내용과 관련하여 미비서류등의 보정을 촉구한 사실이 전혀 없었던 것으로 밝혀지고 있고 청구인이 91.3.20자로 최초로 사업자등록을 신청한 행정기관인 처분청에서 결국 91.4.22자로 사업자등록증을 교부한 사실에 비추어 보면 청구인의 91.3.20자 사업자등록신청 내용은 일응 그 적법성이 추정된다 할 것이다. 넷째, 만일 처분청이 청구인의 91.3.20자 사업자등록신청서를 관할행정기관으로 추정되는 법인소재지 관할 광화문세무서로 이송하였더라면 결국 주택조합이 법인이 아니라는 이유로 처분청으로 반송되어 왔을 것이고 이 경우에는 처분청이 청구인의 91.3.20자 사업자등록신청을 근거로 사업자등록증을 교부하였을 것으로 보인다.

위와 같은 사실등을 종합하여 볼 때, 비록 청구인이 1, 2차에 걸친 사업자등록신청을 스스로 취하하는 형식을 취하였지만 그 취하가 청구인의 진정한 의사에 따라 이루어졌다고 보기 어려운 측면이 있으므로 이 건과 같이 특별한 정황이 인정되는 경우는 취하의 법적효과만을 고려하여 당초부터 소급하여 신청이 없었던 것으로 보는 것보다는 청구인이 최초로 신청한 91.3.20자 사업자등록신청을 적법하게 이루어진 것으로 보는 것이 과세의 형평과 합목 적성에 부합하는 것으로 판단된다.

따라서, 용역의 공급사실에 다툼이 없는 91.3.30자의 이 건 세금계산서는 사업자등록이후 교부받은 적법한 세금계산서로서 그 매입세액이 공제되어야 할 것이므로 이 건 심판청구는국세기본법 제81조및 같은 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.