신의성실의 원칙 위배 여부(취소)

과세 및 면세사업에 공하기 위하여 신축 O이던 건물을 양도한 경우 예규에 의거 신고하였으나 이후 반대예규를 발표하면서 과세하는 것은 신의성실원칙에 위배된다고 본 사례

1. 처분개요

청구법인은 1993년 이전부터 OO사옥의 건물 37,370.90㎡을 신축하면서 1993.1.14 이사회에서 이를 완공하여 면세사업(보험업)에 11,912.87㎡, 과세사업(부동산임대업)에 25,458.03㎡를 사용하기로 결정(면세사용예정면적분 31.87%, 과세사용예정면적분 68.13%, 이하 예정면적비율 이라 한다)하고, 건물신축과 관련하여 발생한 총 매입세액 O O,OOO,OOO,OOO원을 면세사업과 관련된 것으로 보아 불공제하여 부가가치세를 신고하였다이후 정부의 부실금융기관 정리계획에 의하여 위 신축O인 건물을 준공이전인 2000.3.31 (주)OOOO공사에 양도하고 장부가액 OO,OOO,OOO,OOO원(매입세금계산서상의 공급가액 OO,OOO,OOO,OOO원에 면세분이라 하여 불공제한 매입세액 O,OOO,OOO,OOO원을 더한 금액)을 예정면적비율로 안분하여 OO,OOO,OOO,OOO원은 과세분으로, OO,OOO,OOO,OOO원은 면세분으로 하여 2000.1기분 부가가치세를 신고하였다.처분청은 이 건 건물이 양도당시 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용될 재화로써 직전과세기간이 없다 하여부가가치세법시행령 제48조의 2제3항 제3호의 규정에 의거 면세사용예정분을 포함한 건물 전체의 양도가액 을 과세표준으로 하는 한편, 당해 매입세액은부가가치세법시행령 제61조제3항 제3호의 규정에 의거 면세예정분으로 매입세액을 기 불공제하였던 O,OOO,OOO,OOO원을 포함한 금액으로 매입세액을 재계산하여 2002.8.17 청구법인에게 2000.1기분 부가가치세 OOO,OOO,OOO원을 경정고지 하였다.청구법인은 이에 불복하여 2002.11.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 국세청장이 1999.10.22 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용할 건물을 예정면적의 비율로 매입세액을 공제받던 O 준공이전에 당해 건물을 양도하는 경우, 그 과세표준은 전체 공급가액 O 과세예정면적 비율에 상당한 금액으로 한다고 부가46015-4269호로 회신한 바 있음에도, 처분청이 이에 반하여 과세표준을 면세예정분에 대한 양도가액을 포함한 전체 공급가액으로 산정하여 과세한 이 건 처분은 신의성실의 원칙과 소급과세금지원칙에 위배된다.

(2) 처분청은부가가치세법시행령 제48조의 2제3항 제3호를 적용하여 신축O인 건물의 장부가액 전액을 과세표준으로 하여 과세하였으나, 이 건의 경우는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용할 건물을 신축함으로써부가가치세법시행령 제61조제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 예정사용면적비율로 안분하여 공제하였고,같은법시행령 제48조의 2제2항에서 위 제61조 제4항 제3호의 규정을 적용받은 재화를 공급하는 경우에는 당해 재화의 공급가액을 과세사업과 면세사업의 사용예정면적 비율로 안분하여 산정하도록 규정되어 있으므로 이 건 공급가액은 사용 예정면적 비율로 안분계산하여야 타당하다.

(3) 청구법인은 신축O인 건물의 장부상 건설가계정 OO,OOO,OOO,OOO원(매입세금계산서상 공급가액 OO,OOO,OOO,OOO원과 매입세액 불공제분 O,OOO,OOO,OOO원의 합계액)을 양도가액으로, 부가가치세는 위 건설가계정금액에 과세분 예정면적비율을 곱하여 계산한 금액의 10%인 O,OOO,OOO,OOO원으로 한 합계 OO,OOO,OOO,OOO원을 총공급대가로 수취하였는 바, 이 건 처분내용과 같이 양도가액의 전액인 OO,OOO,OOO,OOO원을 과세표준으로 하면서 신축O에 불공제하였던 면세분 예정면적비율에 해당하는 매입세액 O,OOO,OOO,OOO원(위 OO,OOO,OOO,OOO원에 합산되어 있음)을부가가치세법시행령 제61조의 2제2호의 규정에 따라 정산하여 매입세액으로 추가 공제한다면 장부가액(건설가계정)도 OO,OOO,OOO,OOO원에서 매입세액 추가공제액 O,OOO,OOO,OOO원을 차감한 OO,OOO,OOO,OOO원이 되어야 하므로 위 OO,OOO,OOO,OOO원을 이 건 과세표준으로 하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 예정면적의 비율로 매입세액을 공제받다가 준공이전에 당해 건물을 양도하는 경우 부가가치세 과세표준에 대하여 국세청장은 1999.10.22 예정면적비율에 의한 안분금액으로 한다는 부가46015-4269의 회신이 있기 전 뿐만 아니라 그 이후에도부가가치세법시행령 제48조의 2제3항 제3호의 규정에 의하여 공급가액 전액을 과세표준으로 한다고 질의회신한 바 있고 청구법인이 1999.10.22자 회신(부가46015-4269)에 대한 직접적인 당사자도 아니므로 위 1999.10.22자 회신만으로 과세표준 안분계산에 관한 관행이 성립되었거나, 그러한 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여져 왔다고 볼 수 없으므로 이 건 처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되었다고 볼 수 없다.

(2) 예정사용면적으로 매입세액을 안분해오던 재화(건물)의 공급이라 하더라도,부가가치세법시행령 제48조의2제2항의 규정을 적용하여 과세표준을 안분계산할 수 있는 재화는 공급당시에 실지로 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화에 해당되어야 하나, 이 건 신축O인 건물은 준공되기 전에 공급됨으로써 양도일 현재 실지로 공통사용된 사실이 없으므로 위 규정을 적용할 수 없다.

(3) 청구법인은 이 건 건물을 양도하면서 장부가액 OO,OOO,OOO,OOO원을 양도가액으로 하여 그 O 청구법인 임의로 과세분과 면세분으로 구분하였으므로 위 면세분의 금액에 부가가치세가 포함된 것으로 볼 수 없다.

따라서 청구법인이 양도가액 O 일부가 면세분에 해당된다 하여 계산서 교부분에 대하여 부가가치세 거래징수를 하지 아니한 것이므로 당해 금액 전체를 공급가액으로 보아 과세표준을 재계산하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 이 건 거래당시의 국세청 질의회신(부가 46015-4269, 1999.10.22) 내용에 따라 과세표준을 계산하여 신고납부한 부가가치세에 대하여 위 회신 전·후의 회신(부가 46015-180, 1998.1.30)내용을 적용하여 추가 고지한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

(2) 위

(1) 의 과세처분이 타당하다면, 예정면적 비율로 매입세액을 공제 받아온 신축O인 건물을 준공 전에 양도하는 경우 과세표준을 건물의 공급가액 전액으로 하되 그 동안 공제받지 못한 면세예정분의 매입세액을 공제할 것인지, 아니면 과세예정면적분의 공급가액을 과세표준으로 할 것인지 여부

(3) 위

(2) 의 과세처분이 타당하다면, 처분청이 신축O에 공제받지 못한 매입세액 O,OOO,OOO,OOO원이 포함된 장부가액을 과세표준으로 경정결정하면서 당해 불공제분 매입세액을 매입세액으로 공제할 경우 위 불공제분 매입세액을 과세표준에서 차감하여야 하는지 여부

나. 관련법령

부가가치세법 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 공급가액 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가부가가치세법시행령 제48조의 2【과세표준의 안분계산】

① 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 과세사업 이라 한다)과 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 면세사업 이라 한다)에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 그 과세표준은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 휴업등으로 인하여 직전 과세기간의 공급가액이 없는 경우에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 공급가액에 의하여 계산한다.재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의(당해재화의 직전과세기간의 과세되는 공급가액× ───────────────── ＝과세표준공급가액) 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총공급 가액

② 제61조 제4항 제3호 또는 제61조의 2 제2호의 규정을 적용받은 재화 또는 제63조의 규정에 의하여 납부세액이나 환급세액을 사용면적비율에 따라 재계산한 재화로서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 그 과세표준은 제1항의 규정에 불구하고 다음 산식에 의하여 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전과세기간의 사용면적비율이 없는 경우에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 사용면적비율에 의하여 계산한다. (1997. 12. 31 신설)재화를 공급한 날이 속하는 과세기간(당해재화의 의 직전과세기간의 과세사용면적× ───────────────── ＝과세표준공급가액) 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전과세기간의 총사용면적

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 공급가액을 과세표준으로 한다.

3. 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간에 신규로 사업을 개시하여 직전과세기간이 없는 경우부가가치세법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.면세사업에 관 면세공급가액련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 O 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 O의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 O 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율부가가치세법시행령 제61조의 2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총 공통매입세액 ×과세사업과 면세사업의 공급가액이확정되는 과세기간의 면세공급가액[1－ ─────────────────] － 기공제세액}과세사업과 면세사업의 공급가액이확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총공통매입세액 ×과세사업과 면세사업의 사용면적이확정되는 과세기간의 면세사용면적[1－ ─────────────────] － 기공제세액}과세사업과 면세사업의 사용면적이확정되는 과세기간의 총사용면적부가가치세법시행령 제63조【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 법 제17조 제1항, 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 계산한 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1－10/100×경과된 과세기간의 수)×증가된 면세공급가액의 비율 또는 증가된 면세사용면적의 비율

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구법인이 2000.2.18 OOOO공사, OO산업(주)외 3개사, OOOO위원회, 주식회사 OOOO공사와 체결한 재산양도·양수계약서 제3조 제2항에 의하면 양도·양수되는 각 재산의 양도·양수금액은「OO생명 인수에 관한 계약서」에서 정한 가격으로 한다고 명시되어 있고, OO생명 인수에 관한 계약서에는 이 건 신축O인 건물의 평가액으로 장부가액 OO,OOO,OOO,OOO원이 기재되어 있으며, 청구법인은 위 건물의 장부가액(OO,OOO,OOO,OOO원)과 동 장부가액에 과세분 예정면적비율을 곱하여 계산한 금액의 10%인 O,OOO,OOO,OOO원을 부가가치세로 하여 합계 OO,OOO,OOO,OOO원을 당해 건물의 총거래금액으로 수취한 사실이 관련 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 이 건 건물신축과 관련하여 발생한 총 매입세액 O O,OOO,OOO,OOO원을 예정면적비율에 의한 면세사업과 관련된 것으로 보아 불공제하여 부가가치세를 신고하다가, 동 건물을 준공전에 양도하면서 장부가액 OO,OOO,OOO,OOO원(위 불공제분 매입세액을 장부가액에 포함) O 과세분 예정면적비율을 곱하여 OO,OOO,OOO,OOO원을 과세분으로 하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 이에 대하여 겸용예정 건물을 준공전에 양도하는 경우 직전과세기간이 없다 하여부가가치세법시행령 제48조의 2제3항 제3호의 규정에 의거 면세사용예정분을 포함한 장부가액 전액을 과세표준으로 하고, 당해 매입세액은부가가치세법시행령 제61조제3항 제3호의 규정에 의거 면세예정분으로 기 불공제하였던 매입세액을 포함한 금액으로 매입세액을 재계산하여 이 건 과세하였다.

(다) 청구법인은 이 건 양도일(2000.3.31)현재 시행 O인 국세청 예규(부가46015-4269, 1999.10.22)에 따라 과세표준을 계산하여 신고납부하였으므로 이에 반하여 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장한 데대해, 처분청은 청구법인이 당해 예규의 직접적인 당사자도 아니고 위 회신이있기 전(부가46015-180, 1998.1.30)과 후(부가46015-4048, 2000.12.16)의 회신 내용은 그와 다르므로 위 1999.10.22자 회신만으로 과세표준 안분계산에 관한 관행이 성립되었다거나 그러한 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여져 왔다고 볼 수 없어 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다고 하여 이를 살펴본다.

첫째, 국세청장은 ①1998.1.30자 부가 46015-180호 예규로써 보험업을 영위하는 법인이 면세사업과 과세사업(부동산 임대)에 사용하기 위한 건물을 신축함에 있어서 매입세액을 예정사용면적비율에 따라 공제받던 O 당해 건물을 준공이전에 양도한 경우의 부가가치세 과세표준은부가가치세법시행령 제48조의 2제2항 제3호의 규정에 의하여 공급가액 전액을 과세표준으로 하는 한편, 당해 매입세액은동법시행령 제61조제3항 제3호의 규정에 의하여 신축건물에 관련된 매입세액 전액을 공제한다고 견해를 표명하였다가, ②1999.10.22자 부가 46015-4269호 예규로써 양도대가로 받은 금액에부가가치세법시행령 제61조제4항 제3호의 규정에 의한 비율(예정면적비율)을 적용한 금액으로 한다는 견해를 표명하였고, 다시 ③2000.12.16자 부가46015-4086호로 위 ①의 예규내용대로 견해를 표명하면서 ②의 예규에 대하여는 질의자 및 각 지방국세청에 정정회신을 하는 것으로 처리하였는 바, 위 ②예규는 위 ①의 예규 내용과 상이한 새로운 해석을 표명하고 있고 동 예규는 국세청장이 정정회신을 하기 전까지 시행되었음을 알 수 있다.

둘째, 이 건 건물은 연속적·반복적이 아닌 단 1회 거래로써 정부의 부실금융기관 정리계획에 따라 OOOO공사가 100% 출자하여 설립된 주식회사 OOOO공사에 공급된 것이고, 청구법인이 위 ①의 예규에 의하여 과세표준을 산정할 경우에는 면세예정분을 포함한 공급대가 전체에 대하여 매출세액을 거래징수하게 되나, 면세예정분에 해당하는 매입세액을 추가로 공제받게 되어, 위 ②의 예규에 의하여 면세예정분에 대한 매출세액을 거래징수하지 아니한 경우와 이론적으로 납부할 세액에 있어서는 차이가 없는 점 등을 감안하여 볼 때, 청구법인이 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰한데 대하여 청구법인에게 어떠한 귀책사유가 있거나 그와 같은 해석을 신뢰한 데에 무리가 있다고는 보이지 아니한다. 셋째, 건물 양도가액 전액에 대하여 부가가치세를 거래징수하여야 한다면, 청구법인으로서는 위 ②의 예규에 따라 거래징수하지 아니한 면세예정분에 해당하는 부가가치세를 양수자로부터 거래징수하지 못하고 이에 대하여 부가가치세 신고불성실가산세를 부담하게 되는 등의 문제점이 발생하게 된다고 볼 수 있다.

따라서, 청구법인이 위②의 예규가 변경되기 전에 건물을 양도하고 이 건 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 변경전의 국세청 예규(부가46015-4269)를 공적인 견해표명으로 신뢰한 데에 대하여 청구법인에게 어떠한 귀책사유가 있다고 보기는 어려운 것이므로, 처분청이 2000.12.16자 변경후의 예규내용을 이유로 과세한 처분은국세기본법 제15조소정의 신의성실의 원칙에 위배된다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)와 쟁점(3)은 쟁점(1)에서 청구주장이 인용됨에 따라 심리실익이 없으므로 그 심리는 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.