부동산등기부상 거래가액 등을 양도가액으로 하여 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분의 당부

청구법인은 장부나 금융거래내역 등 쟁점토지의 실지 거래가액에 대한 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있고, 부동산등기사항증명서상 근저당권설정 내역은 쟁점토지가 채권의 담보로 제공되었음을 확인할 수 있을 뿐, 실지 거래가액을 입증하는 근거가 되기는 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다

1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.10.6. 전라남도 신안군 OOO 토지 합계 10,810㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하였으나, 2021사업연도 법인세를 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보고, 양도가액을 부동산등기사항전부증명서상 매매가액 OOO원으로 하여, 2025.2.3. 청구법인에 2021사업연도 법인세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.4. 심판청구를 제기하였다.

1. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인이 쟁점토지를 OOO원에 양도한 것으로 보아 이 사건 처분을 하였으나, 이는 청구법인의 쟁점토지 취득 및 양도 과정에 대한 사실관계를 오인하였기 때문이다.청구법인은 사업을 위해 2012∼2013년 기간 동안 쟁점토지를 취득하는 한편, 사업자금 확보를 위하여 2020.1.20.경 a로부터 OOO원을 차용하면서 쟁점토지에 채권최고액을 OOO원으로 하는 근저당권을 설정해 주었다. 그러나 청구법인이 변제기에 위 차용금을 변제하지 못하자, a는 2020.9.1. 법원에 임의경매를 신청하였고, 청구법인은 위 임의경매를 취소시키기 위하여 b로부터 다시 OOO원을 차용하여 a의 채무를 변제하였으며(b가 OOO원을 a에게 직접 송금하게 하였다), b에 대한 채무를 담보하기 위하여 2021.7.8. 쟁점토지에 대하여 b를 가등기권자로 하여 매매예약에 기한 가등기를 설정해 주었다. 그런데 청구법인이 b에 대한 채무도 변제하지 못하게 되자, b는 2021.10.6. 가등기에 기한 본등기를 실행하게 된 것이다.즉, 청구법인이 쟁점토지를 b에게 매도한 실제 거래가액은 OOO원이 아니라 OOO원이었다. 다만, b는 무슨 이유인지 알 수 없지만, 쟁점토지의 매매대금이라고 할 수 있는 a에게 송금한 내역을 청구법인에게 교부해 주지 않고 있을 뿐이다. 따라서 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 양도소득세액 산정의 기초가 되는 실지거래가액이라 함은 거래 당시 양도자가 당해 자산을 양도 함에 있어서 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다(대법원 1997.2.11. 선고 96누860 판결, 같은 뜻임).

(2) 청구법인과 b는 쟁점토지에 대하여 매매가액을 OOO원으로 하여 2021.9.28. 매매계약서를 작성하고, 2021.10.6. 광주지방법원 목포지원 등기과에 접수하여 b 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.청구법인은 쟁점토지의 매매가액을 OOO원이라고 주장하지만, 매매예약 가등기금액 외 이를 뒷받침할 수 있는 그 어떠한 자료나 증거를 제시하지 못하고 있다.

따라서, 처분청이 부동산등기사항전부증명서상 확인된 양도가액을 실지거래가액으로 한 이 사건 처분은 정당하다.

1. 심리 및 판단

가. 쟁점

부동산등기부상 거래가액 등을 양도가액으로 하여 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분의 당부가. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 부동산등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 매매를 원인으로 쟁점토지 중 OOO 토지에 대하여는 2012.6.13., OOO 토지에 대하여는 2013.1.17. 소유권이전등기를 경료하였다.(나) 청구법인의 쟁점토지 양도와 관련한 부동산등기사항전부증명서의 주요내용은 아래 ＜표＞와 같다.＜표＞ 쟁점토지 양도와 관련한 부동산등기사항전부증명서의 주요내용(다) b가 2021.7.9. 매매예약을 원인으로 하는 소유권이전청구권가등기를 신청하면서 전라남도 신안군수에게 납부한 등록면허세 영수필확인서에 따르면, 과세표준액은 OOO원으로 나타난다.(라) 처분청은 청구법인과 b가 2021.9.28. 체결한 쟁점토지에 대한 매매계약서 및 전라남도 신안군수에게 제출된 부동산거래계약 신고필증을 제출하였는바, 이에 따르면 매매대금은 OOO원으로 나타난다.

(1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 실지거래가액이 100,000,000원이라고 주장하나, 「법인세법」 제66조 제3항에서 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인과 양수인은 쟁점토지의 매매가액을 OOO원으로 하여 매매계약을 체결하고 전라남도 신안군수에게 부동산 거래신고를 한 것으로 나타나고, 부동산등기사항전부증명서상 쟁점토지의 거래가액 및 등록면허세 과세표준액(등록당시의 가액)이 OOO원으로 기재되어 있어 관련 증명서류에 의하여 쟁점토지의 양도가액이 OOO원으로 확인되는 반면, 청구법인은 장부나 금융거래내역 등 쟁점토지의 실지 거래가액에 대한 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있고, 부동산등기사항증명서상 근저당권설정 내역은 쟁점토지가 채권의 담보로 제공되었음을 확인할 수 있을 뿐, 실지 거래가액을 입증하는 근거가 되기는 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

1. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법률

(1) 법인세법제66조(결정 및 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.3.비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

(1) 부동산 거래신고 등에 관한 법률제3조(부동산 거래의 신고)

① 거래당사자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약을 체결한 경우 그 실제 거래가격 등 대통령령으로 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터 30일 이내에 그 권리의 대상인 부동산등(권리에 관한 계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산을 말한다)의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되지 아니한 시의 시장 및 특별자치시장과 특별자치도 행정시의 시장을 말한다)ㆍ군수 또는 구청장(이하 “신고관청”이라 한다)에게 공동으로 신고하여야 한다. 다만, 거래당사자 중 일방이 국가, 지방자치단체, 대통령령으로 정하는 자의 경우(이하 “국가등”이라 한다)에는 국가등이 신고를 하여야 한다.

1. 부동산의 매매계약

(3) 지방세법제27조(과세표준)

① 부동산, 선박, 항공기, 자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 “등록면허세”라 한다)의 과세표준은 등록 당시의 가액으로 한다.