공익사업용 토지를 수용에 의하여 양도하고 그 보상금을 대토로 받기로 하였다가, 청구인의 사정으로 그 일부를 현금보상으로 전환한 경우 현금보상분에 대하여 「조세특례제한법」제77조 제1항의 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

쟁점토지 수용당시에는 실제로 대토보상을 받았다고 볼 수 없고, 현금보상전환당시에 현금보상만 받은 것으로 보아 쟁점금액에 대하여 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하는 것이 합리적임

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.4.27. OOO 외 1필지 토지 268㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에 수용을 원인으로 양도한 후, 그 매매대금 OOO을「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제1항 단서에 따라 OOO가 조성한 토지(이하 “대토”라 한다)로 보상받기로 하고, 처분청에「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제77조의2 제1항의 규정에 따라 산출한 양도소득세 OOO(「조특법」 제77조제1항에 따른 20%의 수용감면을 적용하지 않은 금액이다)에 대하여 과세이연을 신청하였다.

나. 그 후 청구인은 질병치료 등의 이유로 당초 대토로 보상받기로 한 OOO 중 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 2012.9.17. 현금으로 보상받은 후, 쟁점금액에 대하여「조특법」제77조제1항 본문 및 제1호의 감면 규정(20% 감면)을 적용하여 산출한 양도소득세 OOO(농어촌특별세 포함)을 처분청에 신고.납부하였다.

다. 처분청은 쟁점토지와 같이 당초 대토로 보상받기로 하였다가 추후에 현금으로 보상으로 전환한 경우 그 현금보상분에 대하여는「조특법」제77조제1항 본문에 따른 감면이 적용되지 않는다고 보아 2013.6.25. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO을 경정.고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조특법」제77조제1항 본문 및 제1호에서 공익사업의 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있을 뿐 당초 대토로 보상받기로 하였다가 현금 보상으로 전환한 경우에는「조특법」제77조제1항의 감면 적용이 배제된다는 규정을 별도로 규정하지 않고 있음에도 처분청이 국세청 예규(부동산관리과-63, 2012.1.31.)를 들어 당초 대토로 보상받기로 하였다가 현금으로 보상받은 쟁점금액의 양도소득세에 대하여「조특법」제77조제1항의 감면 규정을 적용하지 않는 것은 잘못된 처분이다.

나. 처분청 의견

거주자가 대토로 받기로 한 보상금액을 현금보상으로 전환한 때에는 과세이연금액에 상당하는 세액을 현금보상을 받은 달의 말일부터 2개월 이내에 납부하여야 하며, 이 경우 현금보상은 대토보상의 사후관리 과정에서 발생한 것으로 양도소득세의 납부시기가 현금보상 전환당시로 이연된 것일 뿐, 종전토지의 양도가 취소되고 그 양도시기가 현금보상 전환당시로 변경되는 것은 아니므로 대토보상 선택 후 사정에 의하여 현금보상으로 전환하였다고 하더라도「조특법」제77조제1항의 감면규정을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점공익사업용 토지를 수용에 의하여 양도하고, 그 보상금을 대토로 받기로 하였다가 청구인의 사정으로 그 일부를 현금보상으로 전환한 경우 현금보상분에 대하여「조특법」제77조제1항의 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 국토해양부 고시 제2008-393호(2008.8.5.)로 개발계획이 승인된OOO의 사업부지에 포함된 토지로서 청구인은 1987.12.10. 쟁점토지를 취득하여 소유하다가, 2009.2.13. OOO의 수용에 의하여 양도한 후, 2009.4.27. 그 보상금 전액을 OOO가 쟁점토지 소재지에 조성하는 토지(대토)로 보상받기로 하였으며 그 구체적인 보상액 등은 아래와 같다.

(2) 쟁점토지는 2009.2.13. 수용을 원인으로 OOO의 명의로 소유권 이전등기가 되었고, 청구인은 2009.4.29. 쟁점토지의 보상액 OOO에 대하여 산출한 양도소득세 OOO(「조특법」제77조제1항의 감면규정을 적용하지 않은 금액이다)을「조특법」제77조의2규정에 의하여 처분청에 과세이연을 신청하였다.

(3) 한편,OOO대토보상대상자는 청구인을 비롯하여 총 55인으로서 이들은 대토보상자조합(가칭)을 결성하였으며, 토지를 OOO에 수용할 당시 조합원들이 대토로 취득하는 토지는 가지번(C1블럭3)과 면적(21,044㎡)만 총괄적으로 확정되었을 뿐, 개별조합원들이 취득할 면적과 위치 등은 확정되지 아니하였다.

(4) 이후, 청구인은 질병치료 등의 이유로 쟁점토지의 보상액 중 일부인 쟁점금액을 현금으로 보상할 것을 OOO에 요청하였고, OOO는 2012.9.7.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제6항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제15조의3 제2호의 규정에 따라 쟁점토지의 보상금 OOO 중 쟁점금액인 OOO을 현금으로 보상하였다.OOO에 확인한 바에 따르면, 대토보상자조합은 2013.1.9. OOO와 대토용지공급계약을 체결하였으며, 청구인은 쟁점토지의 보상금 OOO 중 현금으로 보상받은 OOO을 차감한 OOO에 대하여만 대토보상을 받게 된 것으로 나타난다.

(5) 청구인은 쟁점금액에 대한 양도소득세 산출세액OOO에서「조세특례제한법」제77조제1항에서 규정한 감면세액(20%)을 차감하여 산출한 OOO(농어촌특별세 포함)을 2012.11.28. 처분청에 신고.납부하였으나, 처분청은 당초 대토로 보상받기로 한 금액의 일부를 거주자의 요청으로 현금 보상으로 전환한 경우 그 현금보상금액은「조특법」제77조제1항에서 규정한 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 2013.6.10. 청구인에게 양도소득세 OOO을 과세하였다.

(6)「조특법」77조의2 제1항에서 거주자가 공익사업 (「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 사업을 말한다. 이하 같다)의 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 2009년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지 등의 양도대금을 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(대토보상)받는 분에 대하여는 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제77조 제1항은 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.

(7) 이상의 내용을 종합하여 살피건대,「조특법」제77조(공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면) 제1항과 같은 법 제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) 제1항은 동일한 과세대상(공익사업을 위하여 수용된 토지 등)에 대한 각각의 감면규정으로서 이를 동시에 적용하는 것은 중복감면에 해당한다.그러나, 청구인의 경우에는 쟁점토지를 양도하고 그 대가를 OOO가 조성한 대토로 보상받기로 하였을 뿐 쟁점토지 양도당시에는 대토 예정지의 위치나 면적이 구체적으로 획정되지 않았을 뿐 아니라 그에 대한 공급계약도 체결되지 아니하였다. 따라서, 청구인은 쟁점토지 수용당시에는 대토보상을 신청하였을 뿐, 쟁점금액과 관련하여 실제로 대토보상을 받았다고 볼 수 없고, 현금보상 전환당시에 현금보상만 받은 것으로 볼 수 있으므로 청구인이 쟁점토지 수용일로부터 3년이 경과한 시점에 대토보상의 일부를 현금보상으로 전환하였다 하더라도「조특법」제77조에 의한 감면과 제77조의2에 의한 과세특례를 중복적으로 받은 것으로 보기는 어려워 보인다.

따라서, 쟁점금액에 대하여는「조특법」제77조의 양도소득세 감면을 적용하는 것이 합리적이라고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.