비사업용토지인 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

2015.12.15. 개정된 소득세법 제95조 제4항에서 장기보유특별공제를 적용함에 있어 비사업용토지로서 2016.1.1. 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산의 보유기간은 2016.1.1.부터 기산한다고 규정하고 있어, 쟁점토지의 경우 보유기간이 3년 미만에 해당하여 장기보유특별공제의 적용 대상에 해당하지 않는 점, 처분의 근거가 되는 법령이 헌법에 위반되는지 여부는 헌법재판소의 소관사항으로서 개정된 소득세법 규정에 대해 과잉금지의 원칙 등에 위반된다고 결정한 사실이 없는 점 등에 비추어 쟁점토지에 대해 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.3.28. OOO 소재 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 양도하고 2016.5.30. 장기보유특별공제 OOO원 및 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 OOO원을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 2017.4.4.～2017.4.24. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점토지를 직접 자경하지 아니한 것으로 보아 장기보유특별공제 및 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여, 2017.5.14. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.6.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

정부의 세법개정안과 다르게 개정된「소득세법」(2015.12.15. 법률 13558호로 일부 개정된 것) 제95조 제4항 단서의 “제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다”는 규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)을 유예기간도 없이 적용하는 것은 신의성실의 원칙과 법률불소급의 원칙을 위반한 것이고, 당초 개정취지에 반하여 과중한 양도소득세를 부담하게 한 쟁점규정은 과잉금지의 원칙에 어긋나 국민의 재산권을 침해하였으며, 입법목적과 방법이 부적정하고, 침해의 최소성, 법의 균형성에 반하여 위헌법률에 해당하는바, 이를 근거로 한 이 건 양도소득세 부과 처분은 위법하다.

(1) 기획재정부는 2015.8.6. 2015년도 세법개정안을 발표하면서, 비사업용토지에 대하여 물가상승에 따른 세부담 증가를 완화하고, 물가상승에 따른 지가상승분에 대하여도 양도소득세를 과세하는 불합리한 제도를 정상화하기 위하여, 2015.12.31.까지 적용을 유예해오던 세율 10% 중과규정을 다시 적용하되, 종전까지 비사업용토지에 대하여 적용이 배재되었던 장기보유특별공제를 함께 적용하여 주는 것으로 하여 「소득세법」 개정안을 발표하고 이를 국회에 제출하였으나, 2015년 12월 「소득세법」은 당초 정부개정안과 달리 장기보유특별공제 적용시 보유기간 기산일을 2016.1.1.로 규정함으로써, 2016년에 비사업용토지를 양도하는 경우 중과세율만을 적용받고 장기보유특별공제는 적용받지 못하게 되었으며, 정부는 2016년 세법개정시 이러한 문제를 해결하고자 당초 개정취지에 따라 쟁점규정을 삭제하여 장기보유특별공제 적용시 보유기간 기산일을 당초 취득일로 하도록 재차 개정하였다.

(2) 청구인은 2015.3.27. 쟁점토지 매매계약을 체결하여 2016.2.26. 및 2016.3.28. 소유권 이전 등기접수를 경료하였으므로, 세법상 양도시기가 2016년이 되었는데, 청구인은 2015.8.6. 기획재정부의 보도자료를 신뢰하고 사건농지 매매를 계속 진행하였으나, 상기와 같이 잘못된 2016년도 세법개정으로 인하여 과도한 양도소득세를 부담하게 되었고, 부동산 거래는 계약성립까지 수개월이 걸리고 계약이 성립되더라도 계약일로부터 잔금, 소유권이전등기까지 수개월이 걸리는 것을 감안한다면, 2015.12.31. 이전에 매매계약이 체결된 경우까지 개정 법조항을 적용하는 것은 법률불소급의 원칙에 반하는 것이다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점규정에 따라 장기보유특별공제를 배제하는 것이 위법하다고 주장하나, 비사업용토지에 대해서는 2007.1.1.부터 양도소득세 중과제도를 도입하여 60%세율로 중과하고, 장기보유특별공제를 배제하여 왔으므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비사업용토지인 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법률

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 13558호로 일부 개정된 것) 제95조(양도소득금액)

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(괄호 생략)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(괄호 생략)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호 생략)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(단서 생략)(표 생략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다. 부 칙 <제13558호, 2015.12.15.> 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례)

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.

(2) 소득세법(2016.12.20. 법률 14389호로 일부 개정된 것) 제95조(양도소득금액)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 부칙 <제14389호, 2016.12.20.> 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례)

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다. 제14조(양도소득금액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 비사업용 토지를 양도한 경우에는 제95조 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(3) 국세기본법 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 2016.5.30. 「조세특례제한법」제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다. (나) 청구인에 대한 양도소득세 조사 결과, 청구인은 쟁점토지 소재지에 거주하였고, 쟁점토지는 양도 당시 농지(답)로 확인되었으나, 청구인은 1985년부터 조사당시까지 옷 소매점(OOO)을 운영하는 자로, 사업수입금액이 연간 OOO원에 달하는 것으로 조사되었고, OOO이 쟁점토지를 대리경작한 것으로 확인하였는바, 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

(2) 청구인이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점토지의 부동산매매계약서에 의하면 계약일은 2015.3.27., 잔금일은 2015.12.31.로 되어 있고, 매도인은 청구인, 매수인은 OOO로 나타난다. (나) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 2016.3.2. 매매를 원인으로 2016.3.28. 청구인으로부터 OOO에게 소유권 이전등기된 것으로 나타난다. (다) 청구인은 양도일을 2016.3.28. 양도가액을 OOO원으로 하는 한편, 쟁점토지가 8년 자경농지에 대한 세액감면 대상에 해당하는 것으로 보아 감면세액 OOO원으로 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서를 작성하여 세액감면 신청서와 함께 처분청에 제출한 것으로 확인된다.

(3) 기획재정부는 2015.8.6. 보도자료(2015년 세법개정안)를 통해 비사업용토지에 대하여 장기보유특별공제를 적용하도록 하는 정부개정안을 발표한 것으로 나타나고, 2015.12.3. 보도자료(2015년 세법개정안 국회 본회의 의결)를 통해 2016.1.1. 이전 취득한 비사업용 토지의 경우 보유기간을 2016.1.1.부터 기산하는 것으로 하여 세법개정안이 국회 본회의에서 의결되었음을 발표한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2016년에 양도한 비사업용 토지인 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하도록 규정한 「소득세법」 개정규정은 위헌규정이고, 신의성실의 원칙에 따라 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 법률 13558호로 일부 개정된 「소득세법」제95조 제4항에서 장기보유특별공제를 적용함에 있어 비사업용 토지로서 2016.1.1. 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산의 보유기간은 2016.1.1.부터 기산한다고 규정하고 있어, 쟁점토지의 경우 보유기간이 3년 미만에 해당하여 장기보유특별공제의 적용 대상에 해당하지 아니하는 점, 취득일부터 보유기간을 기산하도록 2016.12.20. 법률 14389호로 재차 개정된 「소득세법」규정은 동 법 부칙 제1조, 제2조 및 제14조에 의하여 2017.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용되는 점, 처분의 근거가 되는 법령이 헌법에 위반되는지 여부는 헌법재판소의 소관사항으로서, 헌법재판소가 2015.12.15. 또는 2016.12.20. 개정된 「소득세법」제95조 제4항의 규정에 대하여 과잉금지의 원칙 등에 위반된다고 결정한 사실이 없는 점, 국회 상정 이전 정부개정안에 대한 보도자료 발표시 비사업용토지에 대한 장기보유특별공제 적용을 예고하였다고 하더라도, 이후 국회에서 적법한 논의절차를 거쳐 세법개정안이 수정·의결되었고, 수정·의결된 세법개정안에 대하여 쟁점토지 양도일 이전인 2015.12.3. 보도자료를 통해 발표한 것으로 확인되며, 청구인은 쟁점토지에 대하여 비사업용토지가 아닌 ‘농지’에 해당하는 것으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 확인되는바, 비사업용토지에 대한 정부의 세법개정안을 신뢰하고 쟁점토지의 매매를 진행하였다는 청구주장을 인정하기 어려운 점

등에 비추어 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.