양도자가 매출세액을 납부하지 않았다고 하여 매입세액환급을 거부한 처분의 당부(기각)

사업양도자가 부동산을 양도하면서 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 납부하지 않은 경우 사업양수인의 매입세액을 불공제한 처분은 타당함

1. 처분개요

청구인은 2003.7.25 OOO OOO OOO OOO OOOOOO번지 소재 대지 669.3㎡ 및 위 대지상 지하1층 지상5층의 건물 3,011.46㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 김OO(이하 “쟁점양도자”라 한다)로부터 양수하는 계약을 체결하여 토지분 매매대금 OOO원과 건물분 매매대금 OOO원을 지급하고 건물분 매매대금에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 쟁점세금계산서상의 매입세액 OO원을 부가가치세 조기환급 신고하였다. 처분청은 2003.10.15 쟁점양도자가 쟁점세금계산서상의 매출세액에 대하여 신고납부하지 않았다고 하여 쟁점세금계산서상의 매입세액의 환급을 거부하고 “부가가치세 매입세액 불공제 처분에 대한 통지”를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.10.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 사업의 양도·양수시 매도자가 세금계산서를 교부한 경우에는 매도자가 부가가치세를 신고·납부 하여야만 재화의 공급으로 보게 되므로 매도자가 신고·납부를 하지 않은 이 건은 매입세액을 불공제 처분한다고 하였으나, 청구인은 쟁점부동산의 매매계약을 체결하고 세금계산서 수수를 적법하게 하여 신고하였으며 쟁점양도자에게 부가가치세를 신고납부하도록 할 책임이나 의무는 과세권자인 처분청이 하여야 할 업무이므로 해당 매입세액을 불공제한 처분을 취소하고 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인의 부동산 임대건물 취득과 관련된 거래가 사업용 자산, 임대보증금 및 은행대출금 등을 포괄적으로 양수하여 사업의 동질성을 유지하면서 경영주체만을 교체한 것으로 확인되나, 쟁점양도자가 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않은 이 건은 부가가치세법 제6조 제6항 제2호에서 규정하는 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당되므로 동 법 시행령 제17조 제3항 및 동 법 기본통칙 6-17-1호 3항 규정을 적용하여 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 사업양도자가 쟁점부동산을 양도하면서 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 납부하지 않은 경우, 사업양수인의 매입세액 공제를 부인한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

(2) 부가가치세법시행령 제17조 【담보제공 사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 법인세법 제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지 건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것

③ 법 제6조 제6항 제2호 단서에서 대통령령이 정하는 경우 라 함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003.7.25 쟁점양도자가 부동산임대 사업을 영위하던 쟁점부동산을 OOO원에 양수하면서 건물분 매매대금을 OOO원으로 계상하여 쟁점세금계산서를 수취하였으며, 2003.9.3 쟁점세금계산서상의 매입세액 OO원을 조기환급신고하였음이 부동산매매계약서 및 부가가치세 영세율등 조기환급신고서 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 2003.10.15 청구인에 대한 환급현지확인 조사를 실시한 결과 쟁점부동산의 양도·양수 거래는 사업용 자산, 임차인들의 임대보증금 및 은행대출금 등을 포괄적으로 양도·양수하여 사업의 동질성을 유지하면서 경영주체만을 교체하고 사업양도자가 세금계산서를 발행한 사실을 확인 하였으나, 다만 처분청은 사업양도자가 거래징수한 세액을 신고납부하지 아니하였으므로 부가가치세법 제6조 제6항 제2호에서 규정하는 재화의 공급으로 보지아니하는 포괄적인 사업의 양도라고 보아 청구인의 매입세액을 불공제 처분하였음이 조사복명서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점부동산의 매매계약을 정상적으로 체결하고 세금계산서 수수를 적법하게 하여 신고하였는 바, 쟁점양도자가 부가가치세를 신고납부하도록 할 책임이나 의무는 과세권자에게 있으므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있다.

(4) 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 및 같은법시행령 제17조 제3항은 사업을 양도하는 것으로서 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것은 재화의 공급으로 보지 아니하나, 사업자가 같은법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 사업양도자가 같은법 제15조 의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 같은법 제18조 또는 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우에는 재화의 공급으로 보도록 규정하고 있다.

(5) 따라서, 사업의 양도에 해당하더라도 양도자가 세금계산서를 교부하고 거래징수한 세액을 신고납부한 경우에는 재화의 공급으로 보도록 하고 있으나, 사업양도자가 매출세액을 신고만 하고 거래징수한 세액을 납부하지 아니한 경우에는 재화의 공급에 해당하지 아니하므로 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 공제받을 수 없는 것이다(국심 2002전1332, 2000.11.7, 국심 2002서2420, 2003.1.24, 같은 뜻).

(6) 이러한 사실을 종합하여 볼 때, 처분청이 이 건 거래를 부가가치세법 제6조 제6항 제2호에 의한 사업의 양도·양수로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세 기 본법 제81조 및 제65조 제1항 2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.