쟁점세금계산서의 공급시기 및 손익의 귀속시기

처분청이 이 건의 경우 용역제공완료일이 속하는 2008년 제1기를 공급시기 및 손익의 귀속시기로 본 것은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인(건설/토목,조경,건축공사)에 대한 2007사업연도 법인세 정기조사를 하여 2007.12.31. OOO관광개발주식회사(이하 “OOO관광”이라 한다)에 교부한 공급가액 OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 공급시기를 2008년 제1기로 보아 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급 결정하고, 2010.11.2. 2008년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

나. 또한, 처분청은 2007사업연도 수입금액 중 쟁점세금계산서의 매출액을 익금불산입하여 2008사업연도 수입금액으로 하고, 이에 대응되는 공사원가 OOO원을 2007사업연도 손금불산입 유보처분하여 2008사업연도 손금산입하였으며, 조경공사 관련 조경수 매입액중 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원, 합계 OOO원을 가공매입으로 보아 손금불산입 상여처분하였고, 청구법인이 현금회수로 처리한 직전 대표이사 전기 가지급금 인정이자 미수수익분 OOO원을 미회수로 보아 상여처분하여 2010.11.2. 법인세 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.15. 이의신청을 거쳐 2011.6.15.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO관광과 공급가액 OOO원의 OOO관광지 골프장내 마스터코스 조경공사 도급계약(공사기간 2007.12.11.～2008.2.28.이고, 이하 “OOO조경공사”라 한다)을 2007.12.10. 체결하여 공사를 진행하였고, 도급계약 조건에 따라 2007.12.29. 공사진척률에 따른 기성금 OOO원(공급가액)을 청구하라는 OOO관광의 요청으로 2007.12.31. 쟁점세금계산서를 발행한 것으로, 쟁점세금계산서는 완성도기준 지급조건에 따라 정상적인 공급시기에 발행된 세금계산서이므로 이를 선발행세금계산서로 보아 2007년 제2기 부가가치세를 환급하고, 2008년 제1기 부가가치세를 경정·고지한 처분은 부당하다.

(2) 민간공사의 경우 사업의 특성상 실측 판단과 구두 합의에 의해 공사가 대부분 진행되며, 조경수가 식재된 현황을 파악하였기에 웅포관광이 기성을 확인해준 것으로 만약 실제 조경수가 식재되지 않았다면 기성을 확인해 줄 아무런 이유가 없으므로 작업진행률에 의한 웅포조경공사관련 2007년 수입금액 OOO원 및 관련비용을 부인하고 2008년 손익으로 경정한 처분은 부당하다.

(3) 실제 조경수를 매출한 사실을 인정한 조경수 매출자들이 수목납품사실증명서, 상품구매계약서, 인감증명서 등의 증빙자료와 공사발주처인 OOO관광 등이 기성금 전액을 지급한 사실, 공사완료된 골프장에 현재 조경수가 식재되어 있는 사실 등의 정황에 비추어 보더라도 청구법인의 조경수 매입사실은 인정된다 할 것이고, 조경수 매입액을 가공매입으로 본다면, OOO조경공사의 경우 조경수 OOO원으로 OOO원의 조경공사를 하고, OOO컨트리클럽 조경공사(도급인 광산관광개발주식회사, 공급가액 OOO원, 공사기간 2007.12.11.～2007.12.30.이고, 이하 “OOO조경공사”라 한다)의 경우 조경수 OOO원으로 OOO원의 조경공사를 한 것이 되어 불합리하므로 조경수 매입액 OOO원을 가공매입으로 보아 손금불산입, 상여처분한 것은 부당하다.

(4) 2007.1.2. OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)의 법인계좌에서 인출된 OOO원 자기앞수표 7매 중 2매를 직전 대표이사 김OOO(현 대표이사 김OOO의 아버지)이 홍OOO을 통해 청구법인의 OOO은행 OOO지점 보통예금 계좌에 입금하여 2007.1.2. 가지급금 인정이자 OOO원과 가지급금 OOO원을 회수처리한 것임에도 이를 출처불명의 금액으로 회수가 불분명한 것으로 보아 가지급금 인정이자 OOO원을 상여로 처분한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 OOO관광은 형식상 공사기성금 청구절차를 하였으나, 공사기성(완성도)을 확인할 증빙서류를 제시하지 못하고 있으며, 쟁점세금계산서는 OOO관광과 임의로 협의·산정한 도급금액의 50%를 기준으로 발행한 것인 바, 공사완성도 기준에 의거 발행한 세금계산서로 인정하기 어렵고, 완성도기준 지급조건을 충족하지 못한 통상적인 공급에 해당되므로 용역제공 완료일을 공급시기로 봄이 타당하다.

(2) 청구법인은 계상한 OOO원의 대응원가(OOO원) 에 대한 세부투입내역(조경수 품종, 수령 등) 등 공사기성을 확인할 증 빙을 제시하지 못하고 있고, 손익의 귀속시기는 1년미만 단기건설의 경우 특례로 작업진행률을 적용한 경우 진행기준에 의거 계상할 수 있으나, 청구법인은 임의로 50%를 계상하고 있어 작업진행률에 의해 계산한 근거가 없으므로 원칙적으로 용역제공완료 일이 속하는 2008사업연도의 손익으로 본 처분은 정당하다.

(3) OOO조경공사 및 OOO조경공사 관련 조경수를 팔았다고 하는 개인(비사업자)들은 청구법인의 일용직 또는 조경업체 일용직, 개별 화물업자 등으로 일부 개인의 경우 거래사실을 부인하고 있는 등 조경수 구입을 구체적으로 입증할 증빙이 없고, 조경수 매입관련 대금지급을 확인할 수 있는 증거자료가 없어 조경수 매입액 OOO원을 가공매입으로 보아 손금불산입, 상여처분한 것은 정당하다.

(4) 2007.1.2. 청구법인 계좌에 입금된 OOO원은 입금자가 김OOO이 아니라 유한회사 OOO 직원인 홍OOO으로 나타나므로 대표자에 대한 가지급금 인정이자를 회수한 것으로 볼 수 없어 가지급금 인정이자 OOO원을 상여로 처분한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점세금계산서의 공급시기 및 손익의 귀속시기

② 조경수 매입액이 가공매입에 해당하는지 여부

③ 직전 대표이사 가지급금 인정이자를 사실상 회수하였는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급 하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

(2) 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제54조【세금계산서의 발급특례】

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

1. 거래 당사자간의 계약서 약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것

2. 대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것

3. 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것

(3) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업년도】

① 내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업년도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

(4) 법인세법 시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. 제106조【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의 하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

(5) 법인세법 시행규칙 제34조【작업진행률의 계산등】

④ 영 제69조제2항 단서에서 "기획재정부령이 정하는 경우"라 함은 법인이 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 법인세 조사 종결보고서(2010.8.23.)에 따르면, 처분청은 청구법인에 대하여 2010.7.7.부터 2010.8.3.까지 법인세 조사를 한 것으로 나타나고, 그 주요내용은 다음 <표>와 같다. (나) 2007.12.10. 체결된 청구법인과 웅포관광간의 도급계약서중 쟁점세금계산서와 관련된 주요내용은 다음 <표>와 같다. (다) 2007.12.29. 웅포관광은 청구법인에게 공사기성금을 청구하도록 문서를 발송하였고, 그 내용은 다음 <표>와 같다. (라) 청구법인은 위 문서에 따라 공급가액 OOO원, 공급일자 2007.12.31.로 기재한 쟁점세금계산서를 발행하여 OOO관광에 교부한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 OOO조경공사 관련 2007사업연도 법인세 신고시 작업진행률에 의거 공사수입금액을 계산하여 법인세를 신고한 것으로 나타나나, 수입금액을 산정한 총예정원가 중 당기발생원가에 대한 구체적인 명세 등은 제출하지 않았다. (바) 처분청은 위 수입금액 OOO원은 익금불산입 유보처분하고, 공사원가중 노무비 OOO원, 외주비 OOO원, 경비 OOO원, 재료비 OOO원과 원재료 조경수 가공매입 OOO원, 합계 OOO원은 용역제공완료 일이 속하는 2008사업연도의 손금으로 보아 손금불산입 유보처분하였다.

(사) 살피건대, 건설공사 계약시에 완성도에 따라 기성고 대금을 수차에 걸쳐 지급받기로 했으나 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 공사기성고가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날을 그 공급시기로 보는 것(부가가치세법 기본통칙 9-22-2 참조)이나, 청구법인은 형식상 공사기성금 청구절차만 행하고 공사기성(완성도)을 확인할 증빙서류를 제시하지 못하고 있는 점, OOO조경공사는 공사기간이 3개월에도 미치지 못하는 단기공사(착공일 2007.12.11., 준공예정일 2008.2.28.)인 점, 쟁점세금계산서는 청구법인과 OOO관광이 임의로 산정한 도급금액의 50%를 기준으로 하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 용역제공완료일을 공급시기로 본 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 한편, 「법인세법 시행령」제69조 제2항에 따르면, 작업진행률을 계산할 수 없는 경우 용역의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속시기는 용역제공완료일이므로, 청구법인은 OOO조경공사관련 쟁점세금계산서상 공급가액 OOO원을 2007사업연도 수입금액으로 계상하고, 공사예정원가 중 50%상당액 OOO원을 당기 비용으로 계상하였으나, 공사원가의 지출내역이 확인되지 않고 있어 작업진행률을 계산할 수 없으므로 용역제공완료일을 손익의 귀속시기로 본 처분 또한 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 법인세 조사 종결보고서(2010.8.23.)에 따르면, 조경수 가공매입관련 조사내용은 다음 <표>와 같다. (나) 청구법인이 조경수를 매입하였다는 김OOO 외 12인에 대한 처분청의 거래사실 확인사항은 다음 <표>와 같다. (다) OOO조경공사와 전주조경공사의 2007사업연도 공사손익에 대한 청구법인과 처분청간의 차이는 다음 <표1, 2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OOOO (라) 2010.7.27. 청구법인 이사 한OOO에 대한 처분청의 문답내용 중 관련 내용은 다음 <표>와 같다. (마) 청구법인은 2007.12.7. 최초 조경건설업을 등록하였고, 조경업에 대하여 잘 알고 있는 김OOO(청구법인의 대표이사인 김OOO의 남편 차OOO의 지인으로 OOO조경공사 계약당시 연대보증인임)가 조경수 매입담당자인 이OOO(신원 미확인)를 통하여 김OOO 외 12인으로부터 조경수를 구입하였다고 주장하면서 다음 <표>와 같은 대금지급 관련증빙과 김OOO외 12인으로부터 조경수 매입과 관련한 증빙으로 인감증명서가 첨부된 수목납품사실증명서, 상품구매계약서 13매를 제출하였다.

OOOOOOOOO OOO OOOO OOOO (OO : OO) (바) 청구법인은 처분청의 처분내용으로 본다면, 조경수 없이 조경공사가 진행된 것으로 조경공사가 이루어질 수 없고, 조경수를 구입한 사실이 세금계산서 등 객관적인 증빙에 의하여 명확하게 확인되지는 않더라도 다른 증거자료에 의해 조경수를 구입한 것이 타당성이 있다면 확인된 금액에 대해서는 손금에 산입하여야 할 것이며, 처분청은 조경수 매입 확인대상인원 13명 중 5명만 사실 확인하였고, 5명중 거래사실을 부인한 인원은 3명(우편으로 거래사실 인정한 1명 제외시 2명)에 불과함에도 13명 전체 인원의 거래를 부인하는 것은 부당하다고 주장하며, 조경수 매출자들이 작성한 수목납품사실증명서, 상품구매계약서, 인감증명서, 조경수 식재 사진 등의 자료를 제출하였다.

(사) 살피건대, 처분청이 조경수 매입 확인대상 인원 13명중 5명에 대한 거래사실 확인자료에 따르면, 3명은 거래사실을 인정하고 있고, 3명(우편으로 거래사실 인정한 1명 제외시 2명)만이 거래사실을 부인하고 있으며, 나머지 8명에 대하여는 거래사실을 확인하지 않은 점, 거래사실을 인정한 3명에 대해서도 일용근로자이거나 개별화물사업자라는 이유로 구체적이고 명확한 증빙없이 거래사실을 부인한 점, 청구법인은 조경수 매출자들이 작성한 수목납품사실증명서, 상품구매계약서, 인감증명서, 조경수 식재 사진 등의 증빙자료를 제출하고 있는 점, 조경수 없이 조경공사가 이루어질 수 없고, 조경수 매입액을 가공매입으로 본다면, OOO조경공사의 경우 조경수 OOO원으로 OOO원의 조경공사를 하고, OOO조경공사의 경우 조경수 OOO원으로 OOO원의 조경공사를 한 것이 되어 경험칙에 비추어 불합리한 점, OOO관광 등은 조경공사에 따른 공사금액 전액을 청구법인에게 지급한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 조경수를 매입한 것은 사실인 것으로 보이나, 조경수 매입액이 구체적으로 확인되지 아니하므로 처분청이 청구법인과 조경수 매입 확인대상 인원 13명간의 각 거래사실을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점

③ 에 대하여 살펴본다. (가) 법인세 조사 종결보고서(2010.8.23.)에 따르면, 가지급금 인정이자 OOO원에 대한 조사내용은 다음 <표>와 같다. (나) 처분청은 김OOO이 직접 청구법인에게 현금 입금한 것이 아닌 점, 이 금액은 유한회사 OOO 직원 홍OOO이 2007.1.2. OOO으로부터 자기앞수표 OOO원을 교부받아 청구법인 계좌에 입금한 출처불명의 금액이라는 점 등에서 김OOO에 대한 가지급금 인정이자를 회수한 것으로 인정하지 않고 김OOO에게 상여 처분하였다. (다) 청구법인의 계정별원장상 관련 2007.1.2. 회계처리내용은 다음 <표>와 같다. (라) 청구법인은 다음과 같은 이유로 가지급금 인정이자 회수를 부인하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

1) 2007.1.2. 청구법인 계좌에 입금된 2억원의 입금자가 홍OOO으로 외형상 나타나지만, 홍OOO은 청구법인과 OOO 등 계열회사의 출납을 총괄하는 직원으로 이에 대한 사실 확인이나 구체적 거증 없이 청구법인의 회계처리 내용을 부인한 것은 부당하다.

2) 홍OOO은 2007.1.2. OOO 법인계좌에서 인출된 자기앞수표 OOO원을 교부받아OOO, 본인의 OOO은행 OOO 계좌에 입금한 후 즉시, 청구법인의 계좌 OOO은행 OOO 계좌로 OOO원을 입금한 것으로 연말과 연초 계열사 간 자금의 대여와 회수 과정에서 출납직원인 홍OOO의 명의를 거친 것일 뿐, 사실상 2006.12.29. 대표이사가 청구법인으로부터 차입하여 OOO에 대여한 자금을 2007.1.2. 청구법인이 회수한 것이다.

3) OOO원의 자금을 융통할 만한 소득이나 재산이 없는 홍OOO이 청구법인이 소속된 계열사의 출납사원이란 점을 보더라도 상기 자금은 홍OOO의 명의만 거친 것일 뿐 실질적으로 김OOO이 청구법인에 입금한 것(홍OOO은 위 금액이 본인의 자금이 아니라 OOO이 김OOO에게 가지급한 금액이라는 확인서를 제출함)이다.

4) 현금 입금이 가공이라면 가공 계상된 미수수익의 상대계정이 확인되어야 할 것으로, 이러한 사실 조사 없이 출처 불명의 자금이 입금되었다고 보아 대표이사에 대한 가지급금 인정이자 회수를 부인하고 상여 처분하는 것은 부당하다. (마) 살피건대, 처분청은 출처 불명의 자금이 입금되었다고 보아 대표이사에 대한 가지급금 인정이자 회수를 부인하였지만, 이 금액에 대한 실제 소유주를 확인하지 아니한 점, OOO은 이 금액에 대하여 가지급금으로 회계처리한 점, 청구법인의 계좌에 OOO원을 입금한 홍OOO은 청구법인이 소속된 계열사의 출납사원이고, 위 금액이 본인의 자금이 아니라 OOO이 김OOO에게 가지급한 금액이라는 확인서를 제출한 점, 현금으로 입금한 것으로 기장한 미수수익이 처분청과 같이 가지급금 인정이자 회수를 부인하고 상여 처분하기 위해서는 적어도 처분청은 이 금액에 대한 실제 소유주가 누구인지 또는 출처불명인지 조사를 하여 이를 입증하여야 하나 단지 입금자가 김OOO이 아니라 홍OOO이라는 사유로 구체적인 거증없이 기업의 회계처리내용을 부인한 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 대표자에 대한 가지급금 인정이자를 손금 불산입하여 상여로 처분한 것은 잘못된 것으로 보이나 가지급금 인정이자 회수 및 가지급금 회수 등 계정별원장합계액은 OOO원으로 현금 입금된 OOO원과 OOO원의 차이가 발생되므로 이에 대한 발생원인과 청구법인 계좌에 입금된 OOO원의 입금자가 실질적으로 김OOO인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 소득금액변동통지금액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.