청구인들이 쟁점주식의 양도시 대주주에 해당되는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

코스닥시장에 신규상장된 경우 또는 코넥스시장에서 이전상장된 경우에도 예외규정을 두고 있지는 않으므로，청구인들이 쟁점주식을 양도한 날이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일에는 쟁점법인이 코넥스시장 상장법인이라고 하더라도 해당규정을 달리 해석할 수는 없는 것으로 판단되고, 청구인들은 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 쟁점법인 발행주식의 2% 이상을 보유하고 있으므로, 대주주에 해당되는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인 AAA 및 BBB(부부로서 이하 “청구인들”이라 한다)은 코스닥 시장에 등록된 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 총 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 아래 ＜표1＞과 같이 각 양도하고, 쟁점주식의 양도가「소득세법」제94조제1항 제3호에 따른 양도소득세 과세대상에 해당하는 것으로 보아 2020.8.31. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 OOO원을 각 신고.납부하였다.

＜표1＞

쟁점주식 양도 내역OOO나. 청구인들은 쟁점주식의 양도 당시 쟁점법인의 대주주에 해당되지 않는다는 이유로 2020.11.30. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.1.22. 경정청구 거부 통지를 하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.4.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 청구인들은 쟁점법인이 코스닥 시장에 상장(2020.2.10.)된 이후에 쟁점주식 중 OOO주를 양도하였다. 처분청은 직전 사업연도 종료일인 2019.12.31.을 기준으로 청구인들의 지분율이 2% 이상이므로 대주주에 해당한다는 의견이나, 2019.12.31.에는 쟁점법인이 코넥스 시장에 상장된 상태였고, 코넥스 시장 상장법인의 주식을 보유한 자는 지분율이 4% 이상인 경우에 대주주에 해당되므로, 청구인들에게 2019.12.31.을 기준으로 2% 요건을 적용하는 것은 부당하다.

(2) 코스닥 시장 상장일인 2020.2.10.을 기준으로 청구인들의 쟁점법인 발행주식 보유내역은 아래 ＜표2＞와 같이 지분율 2% 미만, 시가총액 OOO원 미만으로 대주주에 해당되지 않는다. 코스닥 시장에 신규 상장할 당시 쟁점법인은 기존 발행주식 OOO주 외에 OOO주를 공모하여 청구인들의 지분율이 감소되었다.

＜표2＞

코스닥 시장 상장일 기준 쟁점법인 발행주식 보유내역OOO

(3) 처분청은 청구인 BBB이 2020.1.22. 쟁점주식 중 OOO주를 양도한 것에 대해서는 직전 사업연도 종료일인 2019.12.31. 현재 시가총액이 OOO원 이상이므로 대주주에 해당한다고 안내하였고, 2020.2.12. 이후 쟁점주식 중 OOO주를 양도한 것에 대해서는 2019.12.31. 현재 지분율이 2% 이상이어서 대주주에 해당된다고 하는데, 이처럼 일관되지 않는 해석은 납세자의 재산권을 침해하여 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점법인은 2018년 4월경 코넥스 시장에 등록된 후, 2020.2.10. 코스닥 시장으로 이전등록 된 법인이고, 2019.12.31. 현재 청구인들의 쟁점법인 발행주식 보유내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞

2019.12.31. 현재 쟁점법인 발행주식 보유내역OOO

(2) 청구인들은 쟁점주식의 양도일이 속하는 직전 사업연도 종료일인 2019.12.31. 현재 지분율이 2.1%로 확인되고,「소득세법 시행령」제157조에서 정하는 코스닥 시장 상장법인의 대주주란 “주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 그 특수관계자가 소유하고 있는 해당 법인 주식의 비율이 2% 이상인 경우”로 명확히 규정되어 있으므로, 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인들이 쟁점주식의 양도시 대주주에 해당되는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것)제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등1) 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

(2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정된 것)제157조(주권상장법인대주주의 범위 등)

⑤ 제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.

1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우 : 소유주식의 비율이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우가. 2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우 : 20억원나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우 : 15억원다. 2020년 4월 1일부터 2021년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우 : 10억원라. 2021년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우 : 3억원

2. 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조 제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우 : 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우가. 2021년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우 : 10억원나. 2021년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우 : 3억원

(3) 국세기본법 시행령제1조의2(특수관계인의 범위)

① 법 제2조 제20호 가목에서 “혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다.

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 BBB이 2020.1.22. 쟁점주식 중 OOO주를 양도할 당시, 쟁점법인은 코넥스 시장에 상장된 법인이고, 2019.12.31. 기준 청구인들이 보유한 쟁점법인 발행주식 시가총액은 위의 ＜표3＞과 같이 OOO원 이상이므로,「소득세법 시행령」제157조제5항 제2호 가목에 따라 청구인 BBB이 대주주에 해당된다는 점에 대해서는 청구인들과 처분청 간에 다툼이 없다.

(2) 청구인들은 2020.2.12. 이후 양도한 쟁점주식 중 OOO주가 양도소득세 과세대상인지 여부를 판단함에 있어서, 쟁점법인이 2020.2.10. 코스닥 시장에 상장되어 직전 사업연도 종료일에는 코넥스 시장 상장 법인이었으므로 직전 사업연도 종료일을 기준으로 코스닥 시장 상장주식에 대한 지분율(2% 기준)을 적용하는 것은 부당하다고 주장하고, 처분청은「소득세법 시행령」제157조제5항 제1호에 따라 청구인들의 지분율이 2% 이상이므로 대주주에 해당된다는 의견이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「소득세법」제94조제1항 제3호 가목은 대통령령이 정하는 대주주가 양도하는 주권상장법인의 주식등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상 양도소득으로 한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제157조 제5항 제1호에서 코스닥 시장 상장법인의 주식등은 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주의 소유주식 비율이 100분의 2 이상인 경우에 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 보도록 규정하고 있는바, 코스닥 시장에 신규상장된 경우 또는 코넥스 시장에서 이전 상장된 경우에도 예외규정을 두고 있지는 않으므로, 청구인들이 쟁점주식을 양도한 날이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일에는 쟁점법인이 코넥스 시장 상장법인이라고 하더라도 해당 규정을 달리 해석할 수는 없는 것으로 판단된다.

따라서, 청구인들은 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 쟁점법인 발행주식의 2% 이상을 보유하고 있으므로, 대주주에 해당되는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.