건물신축관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부 등

청구법인은 쟁점토지와 기존건물을 취득한 후 이를 철거하고 쟁점토지 지상에 신축건물을 신축한 것으로 기존건물매입대금 중 건물상당 부가가치세액?철거비?측량비?소유권이전등기수수료는 위 규정에 따른 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 쟁점부동산 분양시 면세인 쟁점토지와 과세대상 신축건물을 함께 공급하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 해당하므로 자금조달업무수수료?대리사무보수?광고비?회계영역보수비?법률자문수수료 등은 공통매입세액으로 볼 수 있으므로 위 규정에 따라 안분하여야 하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가.청구법인은 2017.7.1. 개업하여OOO에서 부동산컨설팅업 등을 영위하는 법인(시행사)으로,OOO 대 512.7㎡ 등5필지 531.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 지상건물 2,211.84㎡(이하 “기존건물”이라 한다)를 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터취득한 후 기존건물을 철거하고, 생활숙박시설인 ‘OOO’(이하“신축건물”이라 하고, 쟁점토지를 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축·분양하면서2017년제2기부가가치세 OOO원을 환급·신고하였다.

나. 처분청은 2018.3.19.부터 2018.3.28.까지의 기간동안 청구법인의 쟁점부동산에 대한 부가가치세환급현장확인을 실시하여, 부가가치세 환급신청세액 OOO원 중 건물매입세액 및 철거공사대 등을 토지관련 매입세액으로 보아4건OOO원을 매입세액불공제하고, 금융자문수수료·대리자문수수료 및 건축설계비 등 공통매입세액 중면세사업분 OOO원을 확인하여 초과환급신고가산세 OOO원을포함한합계 OOO원을 환급세액에서 제외하고 2018.4.2. OOO원을환급통보(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.2. 이의신청을 거쳐 2018.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)건물신축관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 환급세액에서 제외하는 것은 부당하다.건물매입, 철거공사대금, 측량비, 등기수수료의 부가가치세 매입세액OOO원은 건물을 신축하기 위한 비용이므로 처분청이 토지관련 매입세액으로 보아 부가가치세 환급세액에서 제외한 것은 부당하다.

(2)과세분 매입세액을 과·면세 공통매입세액으로 보아 안분 계산함은 부당하다.금융자문수수료·대리사무보수료·광고료·용역보수비·법률자문수수료·건축설계비 등(OOO원)은 건물신축과 분양에 관련된 직접 경비로 과·면세 공통매입세액으로 보아 안분 계산한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인은 쟁점부동산을 신축하기 위하여 기존건물을 매입하고 이를 철거한것이므로 기존건물의 취득 및 철거, 측량비, 등기수수료와 관련된 매입세액을토지관련매입세액으로 보아 공제대상 매입세액에서 제외한 이 건 처분은정당하다(국심 2003서3190, 국세청 심사부가 2008-0042·2002-0261 참조).

(2) 청구법인의‘쟁점부동산 분양안내 및 분양광고’에 따르면 청구법인은 신축건물과 쟁점토지를 함께 공급한 것으로 확인되며, 광고홍보비 등의 매입세액은 재정경제부예규(소비세제과 46015-304, 2003.9.4.)와 같이 과·면세 공통매입세액으로서 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점①건물신축관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부②과세분 매입세액을 과·면세 공통매입세액으로 보아 안분계산·과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액②제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은대통령령으로 정한다.제40조【공통매입세액의 안분】사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에대한면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

(2) 부가가치세법 시행령제80조【토지에 관련된 매입세액】법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.1.토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액2.건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액3.토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에관련된 매입세액제81조【공통매입세액 안분 계산】

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

②제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.1.해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액④제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.1.총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

⑥제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.(가)청구법인의 신축건물 분양광고에 따르면, 분양대상은 아래 <표1>과 같이 숙박시설 194개호와근린생활시설(상가) 6개, 총 분양대금 OOO원 중 토지대금은OOO원, 건물대금은 OOO원이며, 부가가치세는 OOO원으로 나타난다.OOO(나) 처분청은 2017년 제2기 부가가치세 과세기간, 매입처 거래내역 중 아래와 같이OOO에서 수취한 세금계산서의 부가가치세OOO원,OOO에서수취한 세금계산서의 부가가치세OOO원, 법무법인 OOO에서 수취한 세금계산서의 부가가치세 OOO원,OOO에서 수취한 세금계산서의 부가가치세 OOO원,합계 OOO원을 토지관련 매입세액으로 보아 청구법인의2017년 제2기부가가치세 환급세액에서 제외하였다.1)청구법인과 OOO 사이의 부동산매매계약서에 따르면청구법인은2017.10.10.쟁점토지와 기존건물을 OOO로부터 OOO원에 매입하는 계약서를 작성하고 2017.11.27. 청구법인으로 소유권을 이전 등기한 것으로 나타난다.OOO2)청구법인은 2017년 제2기 부가가치세 과세기간 중OOO외 2개매입처로부터 수취한 전자세금계산서 주요 기재사항은 아래 <표3>과 같다.OOO(다)처분청은 아래와 같이 2017년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구법인이OOO주식회사(이하 “금융자문사”라 한다),OOO에서 수취한 세금계산서 부가가치세 OOO원을「부가가치세법」제40조의공통매입세액으로 보아총 분양대금(OOO원)에 대한 토지공급대금(OOO원)의 비율(면세비율 47.75%)로 안분하여OOO원을청구법인의2017년 제2기부가가치세 환급세액에서 제외하였는바, 그 내역은아래 <표4>와 같다OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 대하여 쟁점①에 대하여 살피건대,「부가가치세법」제39조제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 제2호에서 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액’은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 규정된 점, 청구법인은 쟁점토지와 기존건물을 취득한 후 이를 철거하고 쟁점토지 지상에 신축건물을 신축한 것으로 기존건물매입대금 중 건물상당 부가가치세액·철거비·측량비·소유권이전등기수수료는 위 규정에 따른 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 볼 수 있는 점등에비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,부가가치세」제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항에서 ‘사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 총 공급가액에대한면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(공통매입세액 안분기준)을 적용하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하여 계산하도록 규정된 점, 청구법인은 쟁점부동산 분양시 면세인 쟁점토지와 과세대상 신축건물을 함께 공급하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 해당하므로 자금조달업무수수료·대리사무보수·광고비·회계영역보수비·법률자문수수료 등은 공통매입세액으로 볼 수 있으므로 위 규정에 따라 안분하여야 하는 점(재정경제부 소비세제과 46015-304, 2003.9.4. 참고) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.