O간 환산한 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 과세특례포기 신고를 하지 아니한 사유만으로 일반과세사업자를 과세특례자로 과세유형을 전환하고 재고납부세액에 대하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부(기각)

처분청이 청구인들을 과세특례자로 과세유형을 전환하고 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당함.

1. 처분개요

청구인 OOO, OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 부동산임대업을 하고자 94.1.20 일반과세사업자로 사업자등록을 하고, 제주도 제주시 O동 OOOOOO 대지 354.3㎡ 지상에 건물 1,444.48㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 94.10.17 준공하여 부동산임대업을 개시하여 95년 1기분 부가가치세 과세표준으로 11,055,205원을 신고하였다.처분청은 청구인들이 신고한 95년 1기분 부가가치세 과세표준을 O간 환산한 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였음을 이유로 96.1.1부터 과세특례자로 과세유형을 전환하고 재고납부세액을 재계산하여 96.7.31(공시송달) 청구인들에게 96년 1기분 부가가치세 21,947,740원을 경정고지 하였다.청구인들은 이에 불복하여 96.9.25 심사청구를 거쳐 97.2.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구인들은 쟁점부동산의 임대에 대하여 일반과세사업자로 사업자등록을 한 후 계속 일반과세사업자로 부가가치세 신고를 하고 있는 것은 과세특례포기신고를 대체한 것임에도 O간 환산한 공급대가가 36,000,000원에 미달하면서 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였다는 사유만으로 과세유형을 전환하고 재고납부세액에 대하여 부가가치세를 부과함은 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 처분이다.

나. 국세청장 의견청구인들의 95년 O간 환산한 공급대가가 36,000,000원에 미달하고 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였으므로 처분청이 청구인들을 과세특례자로 과세유형을 전환하고 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 O간 환산한 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 과세특례포기 신고를 하지 아니한 사유만으로 일반과세사업자를 과세특례자로 과세유형을 전환하고 재고납부세액에 대하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령부가가치세법 제25조제1항에 의하면 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 과세특례 규정을 적용한다고 규정하고 있으며,같은법시행령 제74조제1항 제1호에 의하면 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해공급대가의 합계액이 36,000,000원에 미달하는 경우에는 과세특례자로 한다고 규정하고 있고, 그 제5항에는 “신규로 사업을 개시하는 개인사업자가 법 제25조 제3항의 규정에 의한 신고를 한 경우에 당해사업자의 사업장 소재지역·사업의 종류·규모 등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 때에는 과세특례를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있으며,같은법 제30조(과세특례의 포기) 제2항에 의하면 일반과세에 관한 규정을 적용받고자 하는 과세특례자는 그 적용받고자 하는 달의 전 달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 정부에 신고하여야 하는 것으로 규정하고 있고,같은법시행령 제74조의 2(과세특례 및 일반과세의 적용시기) 제1항에는 “법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다.

다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다”고 규정하고, 그 제2항에는 “제1항의 경우에 당해사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다”라고 규정하고 있으며, 그 제3항에는 “제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다”고 규정하고 있다. 한편,같은법 제26조의 2(재고매입세액가산)에는 “일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상가자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

O간 환산한 공급대가가 36,000,000원에 미달한 일반과세사업자가 과세특례포기신고를 하지 아니한 경우 일반사업자가 과세특례자로 과세유형이 전환되는지에 대하여 보면,첫째, 전시부가가치세법시행령 제74조의 2제3항에 일반과세자로부터 과세특례자로 과세유형이 전환되는 사업자에 대하여는 그 통지에 관계없이 과세특례규정을 적용하도록 규정하고 있어, 일반과세자로부터 과세특례자로 과세유형전환시의 통지규정과 사업자등록증의 정정 교부규정은 그 통지여부 및 그 정정 교부 여부가 각각 과세유형전환의 효력에 영향을 미치는 강행규정이라고 판단되지 아니하고(국심 88서4, 88.3.29등도 같은 뜻임),둘째, 일반과세자로 사업자등록을 하였으나 전시부가가치세법 제25조에서 규정한 과세특례의 기준에 해당되는 개인사업자가 된 경우에 일반과세자로 적용받기를 원하는 때에는같은법 제30조제2항 및같은법시행령 제78조제1항의 규정에 의한 과세특례포기신고서를 소관세무서장에게 제출하여야 하며, 설사 청구인들이 일반과세자로 부가가치세 과세표준신고를 하였거나, 사업자등록증을 일반과세자로 검열받은 사실이 있다 하더라도 위 포기신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당O히 과세특례규정을 적용받는 사업자로 과세유형이 전환된다고 보아야 할 것이며(대법원 판례 89누1469, 89.8.8 및 국심 86서1931, 87.1.26, 국심 91서2187, 92.1.23등도 같은 뜻임),셋째, 납세자가 일반과세자로 사업자등록을 한 후 일반과세자로서의 부가가치세법상 제반의무를 이행하기만 하면 1역년의 공급대가가 금 36,000,000원에 미달하더라도 계속하여 일반과세자로 취급하여야 하고, 과세특례자로 간주하지 아니하는 것이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행으로 되었다고 볼 수 없으므로(대법원 판례 90누3782, 90.8.24도 같은

뜻임), 신의성실의 원칙에 위반되는 것도 아니고,넷째, 국세청장 고시에 의하여 과세특례적용 배제기준에 해당하는 업종의 사업자에 대하여는 전시한 시행령 제74조 제5항의 규정에 의거 신규로 사업을 개시하는 사업자에 한하여 과세특례적용을 배제하기 위한 규정이므로 청구인들의 경우와 같이 사업개시후 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하여 과세특례자로 과세유형이 전환되는 것과는 별개의 규정이라 할 것이다(국심 92중 189, 92.4.11 같은 뜻).

따라서 청구인들의 95년의 공급대가를 12월로 환산한 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 전시한부가가치세법 제30조제2항 및같은법시행령 제78조제1항에 규정한 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 사실에는 다툼이 없으므로 처분청이 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 청구인들에게 전시한 부가가치세를 부과한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.