학교법인이 74.12.31 이전에 취득한 부동산을 88.7.31 양도한데 대한 특별부가세 과세표준의 계산에 있어서 취득가액을 물가상승감안 가액으로, 양도가액을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산한 처분의 당부 (경정)

양도가액은 기준시가에 의하고 취득가액은 물가상승감안가액에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 자진(수정)신고납부한 세액이 착오등으로 과다납부되었다는 이유로 하는 환급청구는 행정심판의 대상이 될 수 없으므로 수정신고서상의 양도차익계산방법에 따라 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의거 과세표준과 세액을 재경정하는 것이 적법함

1.

사실청구법인은 학교법인으로써 88.7.31 전남 여수시 OO동 OOOOO에 있는 구학교부지 및 교사건물(별첨 양도자산 명세, 이하 쟁점부동산이라 한다)을 여수시교육청에 1,191,000,000원에 양도하고 같은 시 OO동 O OOOOO에 신축한 학교교사로 이전하였으며 쟁점부동산의 양도에 대한 특별부가세는법인세법 제59조의 3제2항 제3호(학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득)에 의거 면제되므로 89.5.29 양도가액과 취득가액을 각각 실지거래가액에 의거 양도차익을 계산하여 특별부가세분 방위세 59,445,420원을 신고납부한 후 89.10.24 에는 양도가액과 취득가액을 각각 양도·취득당시의 기준시가(지방세법상의 시가표준액)에 의거 양도차익을 계산하여 방위세를 13,380,145원으로 수정 신고한 바, 처분청은 쟁점부동산의 양도가액은 실지거래가액인 1,191,000,000원으로, 취득가액은 장부가액인 323,250,500원으로 계산하여 동 방위세를 69,996,480원으로 결정함에 따라 과소납부액 10,551,060원을 89.11.16 고지처분하였고 이에 대하여 청구법인은 쟁점부동산중 74.12.31 이전에 취득한 것에 대하여는 법인세법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조의 규정에 의거 취득가액을 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없으므로 75.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 가액으로 하여야 하나 청구법인의 경우에는 74.12.31 이전의 장부가액에 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액(이하 “도매물가상승감안가액”이라 한다)이 75.1.1 현재의 기준시가보다 크므로 그 가액을 취득가액으로 하고 양도당시의 기준시가를 양도가액으로 하여 양도차익을

계산하여야 하므로 처분청이 당초 결정한 처분을 경정하고 환급해 줄 것을 구하면서 89.12.4 심사청구를 제기하였고 심사청구결정에 따라 취득가액은 도매물가상승감안가액으로, 양도가액은 실지거래가액으로 경정되었으나 이에 다시 불복하여 90.3.31 심판청구를 제기하기에 이르렀다.

2. 청구주장청구법인은 학교법인으로서 75.1.1 이전에 취득한 교육용 기본재산인 교지 및 교사를 여수시교육청에 88.7.31 양도하고 소정기한내 법인세 과세표준신고를 함에 있어 위 토지등의 양도가액은 양도당시 실지거래가액인 1,191,000,000원으로, 그 취득가액은 장부가액인 323,250,500원으로 하여 양도차익을 계산한 후 관련 방위세를 신고하였다가 89.10.24 과세표준 수정신고시 위 토지등의 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가에 의하여 양도차익을 재계산한 바 있는데 위 당초 신고 및 수정신고는 일부 오류이므로 양도가액은 양도당시 기준시가로, 취득가액은 법인세법 시행령 부칙 제7조 단서규정에 의하여 계산한 도매물가상승감안가액으로 하여 양도차익을 경정하여 줄것을 구하고 있다.

3. 국세청장 의견법인세법 제59조의 2제3항에서 토지등의 양도차익은 양도가액에서 취득가액, 양도비용, 취득가액에 도매물가상승율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액으로 하고, 다만 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도가액과 취득가액을 기준시가에 의하여 계산하는 것으로 규정하고 있으므로 위 법조 규정의 의미는 특별부가세 과세표준은 원칙적으로 실지거래가액에 의하여 결정하여야 한다는 뜻으로 해석된다.이 건의 경우 74.12.31 이전 취득자산이긴 하나, 양도당시 실지거래 가액 및 취득당시 실지거래가액이 장부에 의하여 확인되고 있으므로 위 토지등의 양도차익은 실지거래가액에 의하여 계산함이 타당하다 할 것이므로 양도가액은 확인되는 실지거래가액으로, 그 취득가액은 전시 법인세법 시행령 부칙 제7조 단서 규정에 의하여 계산한 도매물가상승감안가액으로 함이 타당하다는 의견이다.

4. 쟁점이 건은 학교법인이 74.12.31 이전에 취득한 부동산을 88.7.31 양도한데 대한 특별부가세 과세표준의 계산에 있어서 취득가액을 물가상승감안 가액으로, 양도가액을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산한 처분의 당부를 가리는 데 다툼이 있다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건의 수정신고경위와 청구주장을 살펴보면, 청구법인은 61.11.30 이후 취득한 토지 및 건물을 별첨과 같이 88.7.3에 일괄양도하고 법인세 특별부가세분 방위세를 신고납부한 다음 양도차익계산방법을 변경하여 수정(감액)신고하였으나 처분청은 취득가액은 장부가액에 의하고, 양도가액은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 결정하여 고지처분하였고, 청구법인은 쟁점부동산중 74.12.31 이전에 취득한 것은 법인세법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호 개정) 제7조 단서의 규정에 의하여 계산한 도매물가상승감안가액을 취득가액으로 할 것이며, 이 경우의 도매물가상승감안가액은법인세법 제59조의 2제3항 단서 규정의 불분명한 가액에 해당하므로 이 건 양도가액도 기준시가에 의한 금액으로 하여 특별부가세분 방위세를 경정하여야 한다고 주장하고 있다.

이 경우 양도차익계산에 대한 관계법령규정을 보면,법인세법 제59조의 2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서동법 시행령 제124조의 2제6항에서는 “법 제59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 74.12.31 이전에 취득한 것은 75.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 동법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정함으로써 74.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있다.

그렇다면 이 건 청구법인의 양도차익을 계산함에 있어서 그 소유토지 및 건물을 74.12.31 이전에 취득하여 88년도에 양도한 것에 대하여는 전시한 법인세법 시행령 부칙 제7조의 규정에 의거 75.1.1 현재의 기준시가(또는 물가 상승감안가액)을 적용함에는 다툼이 없고, 이때 75.1.1 현재의 기준시가(또는 도매물가상승감안가액)을 적용하는 것은 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 경우 즉, 취득가액이 불분명한 경우를 의미하는 것이라고 볼 수 있으며, 전시한법인세법 제59조의 2제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우도 포함된다고 보는 것이 대법원판례나 최근의 심판결정례의 견해이며(동지 대법원 86누 201, ,88.11.22 및 심판결정 국심 89서2263, 90.2.28), 한편소득세법 시행령 제170조제1항 단서에서는 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 동령 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가(환산가액)에 의하여 결정하도록 규정하고 있으나 이 건 양도당시(88년)의 법인세법과 그 시행령에는 어느 조항에도소득세법 시행령 제170조제4항 제1, 2호의 거래(국가·지방자치단체와의 거래, 부동산투기거래) 유형에 따른 양도차익계산방법을 규정한동법 시행령 제170조제1항 단서와 같은(환산가액 적용) 조항이나 또는 같은 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 법인세 특별부가세의 양도차익계산방법을 규정한 전시 법인세법 및 그 시행령의 해석적용에 있어서는 비록 그 거래유형이 위소득세법 시행령 제170조제4항 제1, 2호의 그것과

유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 위소득세법 시행령 제170조제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다(동지 대법원 88누6269, 88.12.13 및 심판결정 국심 88서1359, 89.2.3). 그러므로 이 건의 경우 양도가액만 밝혀졌을뿐 그 취득가액(75.1.1 현재의 시가)이 불분명한 경우에 해당하므로 양도가액은 전시한법인세법 시행령 제124조의 2제6항과소득세법 시행령 제115조제1항 제1호의 규정에 의하여 산정한 기준시가에 의하고 취득가액은 물가상승감안가액에 의하여야 한다는 것이 전시한 관계법령 및 판례등의 취지에 비추어 볼 때 타당하다 할것이나(동지 대법원 86누671, 87.10.26 및 국심 90서349, 90.5.9 등) 양도가액은 기준시가에 의하고 취득가액은 물가상승감안가액에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 이건 심판청구의 대상이 된 고지세액을 초과하여 청구법인의 수정신고에 의한 자진납부세액까지를 환급하게 되는 바, 자진(수정)신고납부한 세액이 착오등으로 과다납부되었다는 이유로 하는 환급청구는 행정심판의 대상이 될 수 없으므로(동지 대법원 전원합의부판결 88누6436, 89.6.15 및 국심 89서2215, 90.1.25 등) 이 건의 경우 수정신고서상의 양도차익계산방법에 따라 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의거 과세표준과 세액을 재경정하는 것이 적법하다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

별첨 양도자산명세서(양도일자 : 88.7.31)

소 재 지

지목용도

면 적

취 득

실지양도가액

비 고

일자

장부가액

여수시 OOO OOO

대지

5.021 ㎡

65.7.30

24,304,000

454,351,565

〃OOOOO外 O

〃

783

61.11.30

2,133,000

70,853,868

84.12.27지번

OOOOO에흡수

〃 OOO

〃

261

65.7.30

1,264,000

23,671,957

〃

〃 O OOOO

임야

2.211

61.11.30

137,500

87,200,000

〃 OOO 외 O

대지

470

76.6.29

2,216,000

42,530,419

84.12.27지번

OOOOO에흡수

〃 OOOOO

〃

237

81.1.14

5,040,000

21,446,191

(土地小計)

〃 OOO

건물교사1층

(8.983)

1,084.95

67.3.30

(35,094,500)

64,764,000

(700,000,000)

〃 〃

〃2층

1,071.45

68.6.10

62,118,000

448,690,000

〃 〃

〃3～5층

1,521.45

71.8.20

85,774,000

〃 〃

〃지하

298.95

67.3.30

20,287,000

31,530,000

〃 〃

수위실

창 고

38.61

74.10.30

904,000

600,000

〃 〃

도서실

변 소

205.89

72.10.30

4,727,000

6,700,000

〃 〃

매점

창고

72.59

85.4.10

598,000

2,280,000

〃

조립식교실 등

591.86

87.2.10

48,984,000

1,200,000

(建物小計)

(4,885.

75)

(288,156,000)

(491,000,000)

合 計

323,250,500

1,191,000,000