장부가액을 쟁점건물지분의 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구인은 공동으로 쟁점건물을 취득한 후 양도할 때까지 사업용자산으로 사용하면서 복식부기의무자로서 장부에 기장하고 감가상각비를 계상하여 종합소득세를 신고해온 점, 쟁점건물의 공사비용으로 ooo억원을 지급하였다고 주장하며 금융거래내역 등을 제출하였으나, 입금한 자가 확인되지 아니하여 객관적인 증빙 없이 쟁점건물의 공사비용이라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 장부에 계상된 가액을 쟁점건물지분의 취득가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 망 OOO과 공동으로 2004.8.27. OOO 외 5필지 2,703㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 청구인 지분 1/2을 “쟁점토지지분”이라 한다)를 취득하여 2005.3.22. 근린생활시설 1,999.49㎡(1층～5층, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 청구인 지분 1/2을 이하 “쟁점건물지분”이라 한다)를 신축한 후 2017.7.3. 쟁점토지와 쟁점건물을 양도하고, 2017.10.10. 쟁점토지지분과 쟁점건물지분의 양도소득세 신고시 양도가액(실지거래가액)을 OOO원으로, 취득가액(실지거래가액)을 OOO으로 신고하였다.

나. 처분청은 2018년 8월 청구인에 대한 양도소득세를 조사한 결과, 쟁점토지지분의 취득가액을 OOO원으로 하고, 쟁점건물지분의 취득가액을 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표상 장부가액OOO과 자본적 지출액 OOO원을 합한 OOO원으로 하여 2018.9.12. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 쟁점건물 신축을 의뢰한 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 금융거래내역, 공사인부들의 확인서 등에 의하면, 청구인과 망 OOO이 쟁점건물 신축시 OOO에 지급한 실지공사비용은 OOO원(공급가액, 2004.9.2.부터 2005.4.20.까지 OOO 계좌에 입금한 OOO원과 쟁점건물을 담보로 대출받아 공사비용으로 OOO에 지급한 OOO원을 합한 금액)이므로 여기서 청구인 지분(1/2)에 해당하는 OOO원과 자본적지출액 OOO원을 합한 후 감가상각누계액 OOO원을 차감한 OOO원을 쟁점건물지분의 취득가액으로 보아 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

실지취득가액이 매매계약서 등 취득관련서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 여러 정황에 비추어 장부가액이 실지거래가액을 계산한 것으로 보이는 경우 장부가액을 실지 취득가액으로 보는 것이 합리적이라고 볼 수 있는바(조심 2012중3462, 2012.12.28., 조심 2018중1176, 2018.6.12. 외 다수, 같은 뜻임), 청구인은 쟁점건물을 신축한 후 쟁점건물에서 목욕탕업을 영위하면서 복식부기의무자로서 쟁점건물에 대한 감가상각비를 필요경비로 회계처리하고, 대차대조표 등을 첨부하여 종합소득세를 신고하였으므로 납세의무자가 스스로 성실하게 작성한 장부를 근거 없이 부인할 수 없다. 청구인이 2006년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 재무제표를 보면, 쟁점건물의 장부가액은 OOO으로 나타나고, 이는 청구인이 부가가치세 신고시 제출한 매입세금계산서상 공급가액 OOO원과 지방세 OOO원을 합한 금액과 일치하며, 취득세 과세표준금액인 OOO원과도 큰 차이가 없고, 청구인이 당초 신고하여 환급받은 매입세금계산서 외에 추가로 교부받은 매입세금계산서가 있었다면, 매입세액공제를 받지 않을 이유가 없어 보이므로 장부가액이 쟁점건물의 실지공사비용으로 판단된다.

쟁점건물의 시공사인 OOO은 청구인이 2003.1.20.부터 2015.10.31.까지 대표자로 되어 있음에도 청구인은 공사계약의 내용, 도급금액 등을 확인할 수 있는 계약서 등을 제출한 사실이 없고, 쟁점건물의 공사비가 입금된 것이라고 주장하며 제출한 OOO의 금융거래내역을 보면, 동 입출금액이 쟁점건물의 신축비용과 관련된 금원인지 불분명하며, 달리 쟁점건물 신축비용을 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있을 뿐 아니라, 청구인이 심판청구시 주장한 쟁점건물지분의 취득가액OOO은 청구인이 신고한 취득가액인 OOO원과도 일치하지 아니하므로 장부가액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

장부가액을 쟁점건물지분의 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 제1항 제1호 가목 본문을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ①법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액( 「법인세법」 제16조 제1항제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점건물의 등기사항증명서, 일반건축물대장 등을 보면, 쟁점건물의 명칭은 ‘OOO’이고, 대지면적은 1,002㎡, 연면적은 1,999.49㎡이며, 철근콘크리트구조 5층 건물(1층부터 3층은 일반목욕장, 4층은 체력단련장, 5층은 제2종 근린생활시설)로 구성되어 있고, 청구인과 망 OOO이 2005.3.22. 각 1/2의 지분을 소유하는 것으로 소유권보존등기가 되어 있으며, 2005.4.19. 청구인을 채무자로 하여 쟁점부동산을 담보로 제공하고 채권최고액 OOO원을 OOO로부터 대출받은 것으로 근저당권이 설정되어 있고, 망 OOO의 지분은 2016.8.12. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 2017.2.28. OOO에게 이전되었다가 청구인의 지분과 합하여 2017.7.3. OOO에게 양도된 것으로 나타난다.

(2) 청구인의 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

(3) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서(2018년 8월)에 의하면, 처분청은 쟁점토지지분의 취득가액은 청구인이 신고한 OOO원을 부인하고 중도처분한 일부지분의 가액을 제외한 OOO원으로 경정하고, 청구인이 시공사인 OOO의 OOO은행 계좌OOO의 거래내역을 제출하였으나, 시공사의 통장에서 인출되었다고 하여 실제 공사비로 사용되었다고 볼 수 없고, 이 외 도급계약서나 세금계산서 등의 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 종합소득세 신고서상 확인되는 2017년 말 쟁점건물 잔액 OOO에서 청구인의 지분(1/2)에 해당하는 OOO원을 쟁점건물지분의 실지취득가액으로 보고, 이 외 2017년 기계장치비용 OOO은 장부와 세금계산서 등에서 확인되므로 자본적지출액으로 인정하였다.

(4) 청구인의 2017년 귀속 종합소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 복식부기의무자로, 청구인이 운영한 OOO의 대차대조표, 손익계산서상 쟁점건물의 잔액은 OOO원, 감가상각비는 OOO원인 것으로 나타난다.

(5) 청구인이 2004년 제2기부터 2005년 제1기까지 부가가치세 신고시 제출한 매입처별세금계산서합계표를 보면, 해당 기간에 OOO로부터 수취한 매입세금계산서상 공급가액 합계액은 OOO원인 것으로 나타난다.

(6) 지방세 과세증명서 등에 의하면, 2005년 3월 쟁점건물의 취득세 과세표준액은 OOO원, 취득세 및 등록세 등을 합한 금액은 OOO원인 것으로 나타난다.

(7) 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점건물의 2005년 취득시 기준시가는 OOO원인 것으로 나타난다.

(8) 처분청이 OOO에 의뢰하여 송달받은 ‘쟁점건물 도급계약서(계약일 2004.9.1.)’에 의하면, 도급인은 청구인과 망 OOO, 수급인은 OOO(대표이사 : 청구인)이며, 착공연월일은 2004.9.30., 준공연월일은 2005.2.28., 공사대금은 OOO 것으로 나타난다.

(9) 청구인은 쟁점건물의 실지공사비용은 OOO원(공급가액)이라고 주장하며 다음과 같은 증빙서류를 제출하였다. (가) OOO의 OOO은행 계좌OOO의 입금내역은 아래 ＜표2＞와 같은바, 이 중 OOO원은 입금한 자가 수기로 기재되어 있다. (나) 청구인은 위 ＜표2＞의 공사비용 외에 쟁점건물을 담보로 대출받아 OOO원을 쟁점건물 신축공사비용으로 사용하였다고 주장하며, 청구인의 OOO은행 계좌OOO, OOO이 2005.4.20.부터 2005.4.21.까지 OOO 등에게 지급한 내역과 무통장입금표 38매(보내는 자는 OOO, 받는 자는 OOO 등으로 기재되어 있음), 노임지불영수증 6매(현장명 : OOO근생 신축공사로 되어 있음), 확인서 4매, 대출이자 납입증명서(대출금 상환기간 : 2005.4.20.～2015.4.17.)를 제출하였다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 실지취득가액이 매매계약서 등 취득관련서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 여러 정황에 비추어 장부가액이 실지거래가액을 계상한 것으로 보이는 경우 장부가액을 실지취득가액으로 보는 것이 합리적이라고 볼 수 있는바(조심 2011중2429, 2011.11.25., 조심 2012구1854, 2012.6.20. 외 다수, 같은 뜻임), 청구인은 공동으로 쟁점건물을 취득한 후 양도할 때까지 사업용자산으로 사용하면서 복식부기의무자로서 장부에 기장하고 감가상각비를 계상하여 종합소득세를 신고해온 점, 청구인이 부가가치세 신고시 제출한 매입처별세금계산서합계표상 OOO로부터 수취한 세금계산서의 공급가액과 취득세.등록세 등을 더한 금액인 OOO원은 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표 등에 계상된 쟁점건물의 기초가액과 동일한 점, 청구인은 자신이 대표자로 있는 OOO에 실제로는 쟁점건물의 공사비용으로 OOO원을 지급하였다고 주장하며 OOO의 금융거래내역 등을 제출하였으나, 입금한 자가 확인되지 아니하는 OOO원 등을 객관적인 증빙 없이 쟁점건물의 공사비용이라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 장부에 계상된 가액을 쟁점건물지분의 취득가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.