토지에 대한 매매계약을 변경하여 추가 수수한 매매대금(쟁점금액)을 부당행위계산부인하여 매도인(청구인)의 기타소득으로 보아 종합소득세를 과세한 처분의 당부등(취소)

변경된 매매가액은 2개 감정평가법인이 감정한 가액으로서 시가로 보이므로 쟁점금액의 수수는 이익을 분여하기 위한 것이라 하기보다는 사정변경으로 당사자간 계약자유의 원칙에 의하여 계약을 변경함에 따른 것으로 보여지므로 부당행위계산부인하여 기타소득으로 본 처분은 부당

1. 사실청구인은 1985.1.1부터 1990.11.20 사이에 취득한「별지」명세의 강원도 OO시 OO동 OOOOO 등 25필지 대지 125,607㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1997.12.22 OOOOOO주식회사(현재는 OOOO 주식회사로 명의변경하였고, 이하 “청구외법인”이라 한다)에 매매를 원인으로 소유권이전등기를 하고, 1998.2.24 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고 자진납부할 세액을 2,865,740,587원으로 하여 자산양도차익예정신고를 하였다.OO지방국세청장(현 OO지방국세청장)은 1998.9.30 청구외법인에 대한 조사를 하면서 1997.4.8 청구외법인이 청구인으로부터 쟁점토지의 매매가액을 9,351,816,000원으로하여 매매계약을 하였으나 1997.11.10 매매가액을 11,988,873,000원으로 한 변경계약을 체결하여 2,637,057,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 추가 지급한 것은 법인세법상 특수관계자인 청구인에게 고가매입에 의한 이익을 분여한 것이라 하여 이를 법인세법 제 20조에 의한 부당행위계산 부인하여 손금부인하고 청구인에 대한 기타소득으로 처분하였고,처분청은 이에 따라 1999.10.12 청구인에게 쟁점금액에 대한 1997년 귀속 종합소득세 1,353,277,640원을 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 1999.12.1 심사청구를 거쳐 2000.4.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지에 대한 매매계약일(1997.4.8) 이후 1997.6.4 동 토지중 일부(OO동 OOOOO 대지 85,540㎡)의 개별공시지가가 경정됨으로 인하여 청구인은 매매가액을 초과한 양도소득세를 부담하게 되었고 그 밖의 사정변경이 발생하여 계약자유의 원칙에 의거 동 계약을 변경한 것이고, 이 변경(1997.11.10)된 매매가액은 2개 감정가액의 평균액을 기초로하여 산정되어 정당한 시가에 해당되므로 이 건 부당행위계산부인 대상으로 볼 수 없다.

(2) 법인세법 기본통칙(7-4-1-59의5)에 토지등의 양도계약을 체결하고법인세법시행령 제124조의 2제13항의 규정에 의한 양도시기가 경과한 후 그 계약이 변경된 경우에는 그 변경된 내용에 따라 양도차익을 계산한다고 규정되어 있는 바, 이 건의 경우 1997.4.8 매매계약이 체결된 것으로 본다 하더라도 동 계약을 1997.11.10 변경하여 쟁점금액을 매매대금으로 지급한 것이므로 쟁점금액을 기타소득으로 본 것은 위 기본통칙에 위배되어 부당하다.

(3) 쟁점토지의 정상가액 9,351,816,000원과 쟁점토지에 대한 양도차익 계산시 양도가액(기준시가) 10,139,868,000원과의 차액 788,052,000원은 위 정상가액을 초과하여 기타소득으로 과세된 쟁점금액과 중복되므로 788,052,000원에 해당되는 금액은 1개의 경제행위(자산의 양도)에 대하여 양도소득세와 종합소득세가 이중과세된 것이다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인은 1997.4.8자 매매계약서 제8조「본 건 계약시 정하지 아니한 경미한 사항은 “갑”,“을”이 서로 협의하여 계약내용을 추가 또는 변경할 수 있다」는 규정에 의거 동 계약을 변경하였다고 하나, 양도가액의 변경은 경미한 사항이 아니므로 계약을 변경할 수 있는 근거규정이 없는 반면, 1997.4.8자 매매계약은 매매가액이 감정평가금액에 의하여 산정되어 적법하게 체결 된 후 당해 매매잔금까지 수수된 상태에서 공시지가가 상승되었다고 재차 감정에 의한 증액 매매가액으로 계약을 변경한 것은 청구인이 청구외법인의 특수관계자이기 때문에 가능한 거래로 보이며 또한 이 변경계약에 의하여 추가 수수한 쟁점금액은 청구인에게 청구외법인의 이익을 분여한 것이므로 이 건 부당행위계산부인에 의한 기타소득으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다.

(2) 부당행위계산부인 규정은 당해 매매계약 자체를 부인하는 것이 아니라 세무상 과세소득을 계산하는 것이고 법인세법 기본통칙(7-4-1-59의5)은 특수관계자 간의 거래가 아닌 일반적인 상거래에 적용되는 규정이므로 위 통칙의 규정을 들어 이 건 부당행위계산부인한 처분이 부당하다는 청구인의 주장은 이유없다.

(3) 쟁점토지의 정상가액은 9,351,816,000원이고 양도소득세는 기준시가에 의하거나 실지거래가액에 의하여 신고납부할 수 있으므로 이 건 1개의 경제행위(자산의 양도)에 대하여 양도소득세와 종합소득세가 이중과세되었다고 볼 수 없다.

3. 쟁점 및 판단가. 쟁점

① 쟁점토지에 대한 매매계약을 변경하여 추가 수수한 매매대금(쟁점금액)을 부당행위계산부인하여 매도인(청구인)의 기타소득으로 보아 종합소득세를 과세한 처분의 당부

② 양도시기가 경과한 후 그 계약변경으로 추가 수수한 금액이 매매대금일 경우 이를 그 양도인의 기타소득으로 볼 수 있는지 여부

③ 설사, 위 추가 수수된 쟁점금액이 기타소득에 해당된다 하더라도 그 중 양도소득세가 부과된 금액은 종합소득세와 양도소득세가 이중과세되어 부당한 처분으로 볼 수 있는지 여부나. 쟁점①에 대하여 본다.

(1) 관련법령소득세법 제21조【기타소득】제1항 제20호는「제1호 내지 제19호 외의 소득으로서 대통령령이 정하는 것」이라고 규정하고 있고,같은법시행령 제42조【문예창작소득등】제1항 제2호는「법인세법에 의하여 처분된 기타소득」이라고 규정하고 있으며,법인세법시행령 제94조의 2【소득처분】제1항은「법 제32조제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다.(이하 생략)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타 사외유출로 한다. (단서 생략)가. 귀속자가 출자자(생략)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로 한다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다.

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출로 한다. (단서 생략)마. 귀속자가 가목 내지 다목 이외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득으로 한다」고 규정하고 있다.또한,법인세법 제20조【부당행위계산의 부인】는「정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.」고 규정하고 있고,같은법시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】제2항은「법 제20조에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. ～

3. (생략)

4. 출자자등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때

5. (이하 생략)」라고 규정하고 있으며같은법시행규칙 제16조의 2【시가】는「영 제12조제1항제10호·영 제37조의 3제9항·영 제40조제1항·영 제41조제1항·영제46조 및 영 제116조제2항·제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시및토지등의시가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는상속세및증여세법 제61조내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. (단서 생략)」고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단(가) 청구인과 청구외법인 간에 체결한 쟁점토지 매매계약 경위를 본다.

① 1995.1.11자 약정서는 제1조에서「OO시 OO동 OOOOO 등 26필지 176,879㎡를 매매약정의 목적물로 한다」고 하면서 제2조제2항 및 제4조제3항에서「동 토지는 토지거래허가구역 내의 토지이므로 1996.12.31까지, 부득이한 경우 1년을 연장하여 토지거래허가 및 공원사업시행허가를 득하여야 하는 것」으로, 제3조에서「매매약정금은 9,000,000,000원으로 하되 3,000,000,000원은 1995.1.11까지, 2,000,000,000원은 1995.5.10까지, 나머지 4,000,000,000원은 상호 합의한 날까지 수수하기로 한다」고, 제5조에서「동 허가를 득하였을 때에 본 약정내용을 기본으로 하여 토지매매계약을 체결한다」고, 제7조제1항에서 「토지매매가액의 결정은 제5조에서 정하는 토지매매계약체결전에 2개 이상의 공인감정평가법인이 평가한 평균가액을 기준으로 한다」고 명시하고 있다.한편, 청구인은 위 약정에 의하여 1995.1.18부터 1996.4.26까지 9,350,000,000원을 다음과 같이 수수하였고 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

< 다 음 >

(단위 : 원)

일 자

금 액

일 자

금 액

일 자

금 액

95. 1.18

1,800,000,000

95. 6.10

400,000,000

96. 4.26

1,150,000,000

95. 1.26

1,200,000,000

96. 4. 3

1,350,000,000

-

-

95. 5.19

1,500,000,000

96. 4.12

1,950,000,000

합 계

9,350,000,000

② 1997.3.10자 변경약정서는 제1조에서「약정목적물을 OO시 OO동 OOOOO 등 25필지 125,946㎡」로, 제2조에서「토지매매대금은 1996.4.15을 가격시점으로 한 OOO감정평가법인과 OO감정평가법인의 감정가액 평균액을 기초로 하여 9,351,816,000원으로 하고 이미 지급한 토지매매대금외 잔금은 1997.4.30까지 지급키로 한다」고 하면서 제3조는「나머지 조항은 1995.1.11자 약정서에 따른다」고 하고 있고, 1997.4.8 이와 동일하게 부동산매매계약서를 작성하였다.

③ 청구인은 1997.4.8자 매매계약서상 잔금약정일(1997.4.30) 전인 1997.4.21에 공시지가가 전년대비 5배이상 급등할 우려가 있어 양도소득세 등의 세부담이 가중될 것 등에 대비하여 일부토지를 재감정하여 매매가액을 조정하자고 청구외법인에게 내용증명우편으로 요구 등을 하였고, 이에 청구외법인은 1997.7.25 이사회를 개최하여「1997년 초에 OO시가 개별공시지가를 일시에 소급해서 ㎡당 금 70,000원에서 금 365,000원으로 경정결정하여 양도자의 내용증명서신과 같이 양도소득세가 양도가액보다도 많게되는 것이 분명하므로 이에 당사와 원만한 매매성사가 매우 어렵게 되어 당사는 부득이 이를 2개 공인감정평가법인(OO, OO)에 재감정평가한 바 평균금액이 ㎡당 금 109,500원으로 변경된 점과 매매약정의 기본취지와 계약원인의 형평을 감안하여 당사가 반드시 보유하여야 하는 위 지번의 토지를 ㎡당 금 109,500원 기준으로 쟁점금액을 증액하여 인접토지 24필지와 함께 매매계약의 변경을 승인한다」고 결의하였으며, 1997.11.10 매매가액을 11,988,873,000원으로 한 변경계약을 체결후 1997.12.3 1,000,000,000원, 1997.12.10 1,638,873,000원 계 2,638,873,000원(1997.4.8 매매가액 9,351,816,000원중 1,816,000원이 포함됨)을 추가 수수하였음이 청구외법인의 이사회의사록 및 변경매매계약서, 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(나) 처분청은 1995.1.11자 약정서에 의하여 매매조건이 성취된 OO시장의 토지거래허가일(1996.8.19) 이후에는 언제라도 정식으로 매매계약 체결이 가능하다 하여 1997.4.8자 매매계약은 적법하게 성립된 것으로 인정하고, 1997.11.10 매매계약을 변경하여 쟁점금액을 추가 수수한 것은 청구외법인의 이익을 특수관계자인 청구인에게 분여하기 위한 것으로 보아 부당행위계산부인하였으며, 청구인은 이에 대해 사정변경으로 불가피하게 1997.11.10 매매계약을 변경한 것이므로 이 건 부당행위계산부인대상으로 볼 수 없다고 주장하고 있어 이를 살펴본다

① OO지방국세청장이 우리 심판원에 제출한 심리자료(조일이 46830-129, 2000.8.23) 및 OO시청의 개별공시지가확인원(아래 공시지가 변동 내역 참조) 등에 의하면, 처분청이 적법하게 성립된 것으로 본 매매계약서의 계약일(1997.4.8)현재 쟁점토지중 OO시 OO동 OOOOO 대지 85,540㎡의 1996년 개별공시지가는 70,000원/㎡이었다가 1997.6.13 406,000원/㎡으로 소급경정되었고 1997.7.1 1997년 개별공시지가는 365,000원/㎡으로 고시되었음이 확인되는데, 이와 같이 개별공시지가가 소급 상승됨으로 인하여 청구인이 부담하여야 할 양도소득세 및 주민세는 2,319,310,823원에서 13,075,431,198원(1997년 개별공시지가에 의하여 산출된 것임)으로 증액되어 이 양도소득세 등의 금액이 1997.4.8자 매매계약서상 매매가액 9,351,816,000원을 초과하고 있는 것으로 확인된다.

< 공시지가 변동 내역 >

(단위 : 원/㎡)

연도

구분

일자

90

91

92

93

94

95

96

97

당 초

30,000

57,000

365,000

1차변경

93.9.25

38,000

64,000

80,000

64,000

78,000

70,000

70,000

2차변경

97.6. 4

322,000

300,000

428,000

428,000

406,000

406,000

406,000

―

3차변경

97.8.31

65,800

78,900

105,000

105,000

100,000

100,000

100,000

100,000

② OO지방국세청장의 심판청구에 대한 답변서에 의하면 1997.4.8자 매매계약서상 매매가액 9,351,816,000원 중 9,350,000,000원이 1995.1.18부터 1996.4.26까지 수수되고 이 수수된 금액과 1997.11.10 변경한 매매가액 11,988,873,000원과의 차액 2,638,873,000원은 동 변경계약일 이후인 1997.12.3에 1,000,000,000원, 1997.12.10에 1,638,873,000원이 수수됨으로써 변경한 매매가액이 청산된 것으로 조사되어 있고, 청구외법인의 전표 등 증빙서류도 이와 일치하고 있어 1997.11.10자 변경매매계약 체결시에는 위 매매가액 9,351,816,000원중 1,816,000원의 잔액이 청산되지 않은 상태에 있었음을 알 수 있으며, 위 매매에 의한 쟁점토지의 소유권이전등기는 위 변경된 매매가액의 청산일 이후 1997.12.22 이루어졌음이 등기부등본에 의하여 확인되고 있다.

③ 1997.4.8자 매매계약서의 매매가액 9,351,816,000원은 OOO감정평가법인 및 OO감정평가법인이 쟁점토지를 동 계약체결일로부터 약 11개월 전인 1996.5.6을 가격시점으로 감정한 가액의 평균액(별지 감정가액 명세 참조)이나, 1997.11.10자 변경 매매계약서의 매매가액은 쟁점토지 중 OO동 OOOOO 토지의 1995년 개별공시지가 70,000원/㎡에서 100,000원/㎡으로 상승됨에 따라 이 상승된 공시지가를 기초로 하여 OO감정평가법인 및 OO감정평가법인이 감정한 가액의 평균액(9,366,630,000원)과 위 1996.5.6자 동 필지에 대한 감정가액과의 차액 등 2,637,057,000원(쟁점금액)을 1997.4.8자 나머지 필지에 대한 감정(매매)가액에 추가한 가액으로, 이 변경된 매매가액은 공시지가가 상승분을 2개 감정평가법인이 감안하여 감정한 가액이므로 1997.4.8자 매매가액 보다는 변경된 매매가액을 시가로 보는 것이 합당한 것으로 인정된다.

(다) 위와 같이 매매계약일(1997.4.8) 이후 1997.6.4 동 토지중 67.9%(85,540㎡/125,946㎡×100)를 차지하는 OO동 OOOOO 대 85,540㎡의 개별공시지가가 경정됨으로 인하여 매매가액을 초과한 양도소득세 등을 부담하게 되는 등 사정변경 사실이 인정되고, 이의 사정변경을 이유로 쟁점토지의 소유권이전등기(1997.12.22) 전에 당사자간 합의에 의하여 매매계약을 변경(1997.11.10)하였으며, 이 변경된 매매가액은 2개 감정평가법인이 감정한 가액으로서 시가로 보이는 점등을 종합하여 볼 때, 쟁점금액의 수수는 청구외법인의 이익을 분여하기 위한 것이라 하기보다는 사정변경으로 당사자간 계약자유의 원칙에 의하여 계약을 변경함에 따른 것으로 보여지므로 이 건 부당행위계산부인하여 청구인의 기타소득으로 본 처분은 부당하다고 판단된다.

다. 쟁점②와 ③은 위에서 청구주장이 인용되어 심리 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.「별지」쟁점토지의 지번별 명세 및 감정가액 내역(단위:천원)

순

위

소재지

지번

지목

면적

(㎡)

OO

평가법인

OOO

평가법인

평가

평균액

재감정

평균액

쟁점금액

감정가액

감정가액

감정가액

감정가액

1

OO시

OO동

OOO

전

714

44,268

46,410

45,339

45,339

2

″

OOO

전

1,293

80,166

81,459

80,812

80,812

3

″

OOO

전

795/ 1,134

70,308

75,978

73,137

51,278

도로수용 △21,859

4

″

OOO

전

2,020

125,240

131,300

128,270

128,270

5

″

OOO

전

982

60,884

61,866

61,375

61,375

6

″

OOO

전

555

39,405

40,515

39,960

39,960

7

″

OOO

전

1,283

91,093

93,659

92,376

92,376

8

″

OOO

전

1,246

77,252

90,958

84,105

84,105

9

″

OOO

전

380/478

26,980

27,740

27,360

27,360

10

″

OOO

전

162

10,044

10,206

10,125

10,125

11

″

OOO

전

271

16,802

17,073

16,938

16,938

12

″

OOO

전

152

9,424

9,576

9,500

9,500

13

″

OOOOO

전

1,104

79,488

81,696

80,592

80,592

14

″

OOOOO

전

661

47,592

48,914

48,253

48,253

소 계

(1)

11,618

778,946

817,350

798,148

776,289

(단위:천원)

순

위

소재지

지번

지목

면적

(㎡)

OO

평가법인

OOO

평가법인

평가

평균액

재감정

평균액

쟁점금액

감정가액

감정가액

감정가액

감정가액

15

OO시

OO동

OOO

잡

2,440

151,280

153,720

152,500

152,500

16

″

OOO

잡

426

26.412

26,838

26,625

26,625

17

″

OOO

잡

2,731

169,322

172,053

170,688

170,688

18

″

OOO

잡

714

44,268

44,982

44,625

44,625

19

″

OOO

잡

992

61,504

62,496

62,000

62,000

20

″

OOO

잡

195

12,090

12,285

12,188

12,188

21

″

OOOOO

대

85,172

6,558,244

6,813,760

6,686,002

9,326,334

2,658,916

21-2

″

지구외

대

368

22,080

21,344

21,712

40,296

22

″

OOOOOO

잡

1,263

90,936

84,621

87,779

87,779

23

″

OOOOO

임

944/ 1,168

58,528

59,472

59,000

59,000

23-1

″

지구외

임

200

8,000

7,600

7,800

7,800

24

″

OOOOO

임

7,470/ 58,430

488,236

473,296

480,770

480,770

25

″

OOO

임

11,074/ 33,223

753,059

730,911

741,985

741,985

소계

(2)

113,989

8,443,959

8,663,378

8,553,674

11,212,590

합계(1+2)

125,607

9,222,905

9,480,728

9,351,816

11,988,873

2,637,057