과세특례자로 사업자등록을 하지 아니한 과세기간에 대하여 일반세율을 적용할 수 있는지 여부(기각)

사업자등록을 하지 아니하면서도 사업을 영위한 과세기간분에 대하여 특례세율의 적용을 배제하고 일반세율을 적용한 처분 또한 타당함.

1. 원처분 개요청구인들과 특수관계가 있는 청구외 OOOO주식회사(이하 “청구외 법인”이라 한다)는 청구인들 소유의 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 소재 대지 746㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 지하 5층 지상 14층 상가건물 13,792㎡의 1/2지분을 89.12.28 신축·임대하고 있고, 청구인들은 쟁점토지를 90.1.1부터 과세일 현재까지 청구외법인에게 보증금 120,000,000원에 임대하는 한편 90.7.12 과세특례자로 사업자등록을 한 바 있다.처분청은 청구인들이 쟁점토지를 특수관계가 있는 청구외법인에게 저가 공급하였다고 보아 적정임대료를 산정하여 93.6.16 청구인에게 「별지1」에 기재한 ’89.2기～’92.2기 부가가치세를 경정고지하였다(’89.2기～’90.1기분은 일반세율 ’90.2기～’92.2기분은 특례세율을 적용함).청구인들은 이에 불복하여 93.8.9 이의신청 및 93.11.1 심사청구를 거쳐 94.1.28 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장첫째,부가가치세법 제7조제3항과동법시행령 제18조제3항(88.6.9 개정삭제)에 비추어 보면 특수관계자를 포함한 모든 타인에게 용역을 무상으로 공급하는 경우에는 용역의 공급으로 보지 아니하는데도 단지 특수관계자간의 용역 공급이라 하여 별도로 과세한 처분은 부당하다.둘째, ’89.2기 및 ’90.1기 부가가치세를 경정함에 있어 특례세율을 적용하지 아니한 처분 또한 부당하다.

나. 국세청장 의견첫째, 청구인들이 쟁점토지를 특수관계자인 청구외법인에게 임대보증금 120,000,000원에 임대한 것은 저가공급으로서 조세를 부당히 감소시킬 목적이 있으므로소득세법 제55조의 규정에 따라 행위계산을 부인하고 적정임대료를 산정한 당초처분은 부당하지 아니하고,둘째, 청구인들이 90.7.12 사업자등록을 함으로써 ’89.2기 및 ’90.1기 과세기간은 미등록사업자에 해당하는 바, 이와 같이 사업자등록을 하지 아니하면서도 사업을 영위한 과세기간분에 대하여 특례세율의 적용을 배제하고 일반세율을 적용한 처분 또한 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건은

① 부동산임대용역을 특수관계자에게 낮은 대가로 제공하는 경우 행위계산부인대상이 되는지 여부와

② 과세특례자로 사업자등록을 하지 아니한 과세기간에 대하여 일반세율을 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.

나. 쟁점①을 살펴본다.

(1)부가가치세법 제7조(용역공급)제3항에 의하면 대가를 받지 아니하고 “타인”에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 되어 있고, 종전부가가치세법시행령 제18조제3항에 의하면 법 제7조 제3항에 규정하는 “타인”에는 사업자와 특수관계가 있는자는 포함되지 아니하는 것으로 한다(88.6.9 삭제)”고 되어 있다.한편,부가가치세법 제13조(과세표준)제1항 및 그 제3호에 의하면 “부당하게 낮은 대가”를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가의 합계액을 부가가치세의 과세대상으로 한다고 되어 있고,동법시행령 제52조제1항에 의하면 법 제13조 제1항 제3호에 규정하는 “부당하게 낮은 대가”는 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 현저하게 낮은 대가로 한다고 규정하고 있다.

(2) 사실관계를 보면 청구인이 계상한 쟁점토지의 연간 임대보증금은 120,000,000원으로서 이를 정기예금이자율(10%)로 환산한 연간 임대수입액은 12,000,000원에 불과하지만 이를 임차한 청구외법인의 총임대수입액(토지·건물) 중 당해토지가 차지하는 임대수입액은 다음과 같으며 그 차액상당액이 특수관계자에게 저가공급되었다고 처분청은 밝히고 있고, 청구인도 저가공급된 것에 대하여는 이를 다투지 아니하고 있다.(단위 : 원)

임대수입신고액

임대수입결정액

차 액

’89

’90

’91

’92

-

12,000,000

12,000,000

12,000,000

6,867,764

223,884,117

317,322,083

281,328,728

6,867,764

211,884,117

305,322,083

269,328,728

계

36,000,000

829,402,692

793,402,692

(3) 위 사실에다 관계법령을 비추어 보면 특수관계자간에 저가로 당해토지용역을 공급한 사실에 다툼이 없는 이 건의 경우 청구인은 88.6.9 삭제된 전시 시행령 제18조 제3항의 규정을 들어 당초처분이 부당하다고 주장하고 있으나 위 조항은 전혀 임대료를 받지 아니한 경우에 한하여 적용될 뿐 이 건처럼 저가로 임대한 경우에는 적용되지 아니한다 할 것이므로(참조 : 90서649, 90.6.19) 이 부분 청구주장은 이유없다고 판단된다.

다. 쟁점②를 살펴본다.

(1)부가가치세법 제30조제3항 및동법시행령 제78조제2항에 의하면 신규로 사업을 개시한 개인사업자가 사업을 개시한 날이 속하는 1역년의 공급대가의 합계액이 법 제25조 제1항 및 제2항에 규정하는 금액에 미달된 것이라고 예상되는 때에는 사업개시일로부터 20일내에 사업자등록과 함께 과세특례적용을 신고하여야 하고 이 경우에 그 신고를 이행하지 아니한 때에는 이장(과세특례)의 규정을 적용하지 아니한다고 되어 있다.

(2) 이 건의 경우 청구인은 당해 임대사업을 ’89.2기부터 사실상 개시하였으나 전시 소정의 기한내 사업자등록신청과 과세특례적용신고를 이행하지 아니하다가 90.7.12 에 와서 그 신청과 신고한 사실이 있어 ’89.2기 및 ’90년 1기 사업기간은 미등록사업자에 해당하고 따라서 상기 규정에 따라 특례과세를 배제하고 일반과세를 적용한 처분 또한 타당하므로 이 부분 청구주장 역시 이유없다고 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.