연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 제3자에게 재위탁한 경우, 재위탁금액이 ‘연구 및 인력개발비 세액공제’ 적용대상인지 여부

청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이나, 심리자료에 의하여 재위탁한 연구개발비 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 신용카드업을 영위하는 법인으로 전산시스템 구축을 위하여 2003～2008사업연도에 연구개발전담부서를 보유한 주식회사 OOO만원을 지급하였는바, 2003～2007사업연도 법인세 신고시 이월결손금이 발생하여 「조세특례제한법」제10조 의 연구 및 인력개발비세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용하지 아니하였으며, 2008사업연도 법인세 신고시에는 쟁점세액공제 신청을 누락하였다.

나. 청구법인은 2010.1.4. 위탁연구개발비에 대하여 쟁점세액공제를 적용하여 2008사업연도 법인세OOO만원을 공제감면세액에 가산( 「조세특례제한법」제144조 제1항에 따라 결손금이 발생한 2003～2007사업연도의 쟁점세액공제는 이월공제함)하여 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 청구법인의 위탁연구개발비 중 수탁자인 청구외법인이 제3자에게 재위탁한 금액OOO, 이하 “쟁점금액”이라 한다)은 쟁점세액공제 대상이 아니라고 보아 2008사업연도 법인세OOO원만을 공제감면세액에 가산하여 경정하고 2010.2.19. 이를 청구법인에게 통지하였다.

사업연도

위탁연구개발비

재위탁금액

(쟁점금액)

경정청구에 대한 결정내역

청구세액

인정액

부인액

2003

14,189,913,980

8,369,536,689

3,546,073,427

1,238,674,074

2,307,399,353

2004

16,983,977,440

9,467,555,474

3,517,539,454

1,537,091,839

1,980,447,615

2005

-

-

-

-

-

2006

-

-

-

-

-

2007

13,938,524,688

8,913,055,241

1,818,601,045

427,339,141

1,391,261,904

2008

16,230,170,000

9,843,909,640

2,982,886,186

1,181,307,163

1,801,579,023

계

61,342,586,108

36,594,057,044

11,865,100,112

4,384,412,217

7,480,687,895

OOOOOOOOO OOOOO O OOOO OOOO (OO : O) 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.14. 이의신청을 거쳐 2010.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조세법률주의 원칙상 세법 해석에 있어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 그 문언을 엄격하게 해석하여야 할 것이고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것인바, 쟁점세액공제를 규정한 「조세특례제한법」제10조 등에 수탁자가 제3자에게 재위탁한 금액을 제외하도록 한 명문규정은 없으며, 더욱이 수탁자가 제3자에게 재위탁할지 여부는 위탁자인 청구법인과는 관계없이 수탁자의 의사에 따라 결정되고 위탁자는 관여 할 수 없는 것임에도 수탁자의 재위탁 여부에 따라 쟁점세액공제 적용 여부를 판단하는 것은 사회통념상으로도 타당하지 아니하다. 전산개발용역의 일부를 재위탁하는 것은 IT업계의 일반적인 관행이며, 현실적으로 전산개발용역은 기업이 필요로 하는 시스템에 대한 분석·설계 등 기획에서부터 개발과 구축까지의 종합적인 용역을 제공하는 것으로, 사용자가 요구하는 정보시스템이 더욱 거대하고 복잡해짐에 따라 최적의 시스템을 설계, 소프트웨어 개발, 하드웨어 선정에서 발주 및 조달에 있어 재위탁은 불가피하다. 또한, 청구법인 외 다수의 납세자가 그동안 쟁점세액공제에 대하여 수탁자가 제3자에게 재위탁한 금액을 구분하여 제외하지 아니하는 것으로 신뢰하여 장기간 동 세액공제를 적용하여 왔음에도, 처분청이 새로운 예규( 조세지출예산과-844, 2009.9.25.)에 근거하여 재위탁한 금액을 쟁점세액공제 대상에서 제외하는 것은 소급과세금지라는 세법해석의 기본원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 쟁점세액공제 대상을 “연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용”으로 규정하고 있고, 별표6에서는 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용”으로 규정하고 있으므로, 이를 수탁자가 재위탁한 경우까지 적용되는 것으로 해석하는 것은 확장해석에 해당하여 타당하지 아니하며, 기획재정부( 조세지출예산과-844, 2009.9.25.)에서도 재위탁한 금액이 세액공제 대상에 해당하지 않음을 명확히 하고 있다. 청구법인은 전산개발용역의 일부를 재위탁하는 것은 IT업계의 일반적인 관행이라고 주장하고 있으나, 그러한 사유만으로 쟁점금액을 쟁점세액공제 대상으로 인정할 수는 없다. 또한, 청구법인은 쟁점세액공제에 대한 기획재정부의 새로운 해석( 조세지출예산과-844, 2009.9.25.) 에 의하여 소급과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 위 예규는 기존의 해석을 변경한 것이 아니라 불분명한 세법해석을 명확히 한 것으로 소급과세에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 제3자에게 재위탁한 경우, 재위탁 금액이 ‘연구 및 인력개발비 세액공제’ 적용 대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비"라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

(2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용” 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용을 말한다.

〔별표6〕연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조 제2항 관련)

구분

비용

1. 기술개발

가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원 으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁 함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용

㉮ 「고등교육법」에 의한 대학 또는 전문대학

㉯ 국·공립연구기관

㉰ 정부출연연구기관

㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

㉳「 산업기술연구조합육성법」에 의한 산업기술연구조합

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)심리자료에 의하면, 청구법인이 2003～2008사업연도에 지출한 위탁연구개발비 OOO만원으로 나타나나, 동 재위탁금액 중 전담부서를 보유한 업체와 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 정확하게 구분되지는 아니한다.

(2) 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 청구외법인이 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 아니하고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 쟁점세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 제외하여야 하는지에 대하여 본다. (가) 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다. (나) 처분청은 위와 같은 조세감면 우대조치는 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 해당 요건을 엄격하게 해석하여야 하고, 이를 문언대로 해석하면 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다는 의견이다(기획재정부 예규 조세특례제도과-844, 2009.9.25. 참조).

(다) 살피건대, 청구외법인이 이 건 용역의 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 어렵다고 보이는 점, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 「조세특례제한법」제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합 한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 쟁점 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다 (조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임). 다만, 심리자료에 의하여 재위탁한 연구개발비 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.