부가가치세 환급세액을 등록전 매입세액으로 보아 환급거부한 처분의 당부(기각)

청구법인의 92년 제2기 부가가치세 예정신고분에 대한 수정신고시 환급신청세액을 사업자등록전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 환급거부한 처분에는 잘못이 없음.

1. 원처분 개요 처분청은 93.1.28 청구법인이 92년 제2기 부가가치세 예정신고분 11,082,150원을 환급할 것을 수정신고 한데 대하여 93.6.2 동 환급세액이 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의한 사업자등록을 하기전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 93.6.2 환급거부를 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.7.27 심사청구를 거쳐 93.11.16 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 92.1.20 OO공업관리공단으로 법인세법 제60조 및 동법 시행령 제125조 에 의한 비영리법인 설립신고를 처분청에 하고 92.2.13 부가가치세법 제5조 및 동법시행령 제7조 에 의한 사업자등록 신청을 하여 92.2.20 처분청으로부터 부가가치세법 시행령 제8조 제2항에 규정한 고유번호를 지정받았으므로 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 등록과 동일하기 때문에 처분청이 등록전 매입세액으로 보아 환급 거부함은 부당하다고 주장하고, 국세청장은 청구법인이 처분청으로부터 고유번호를 지정받은 이후에도 법인세법 제61조 에 의한 수익사업의 신고를 이행한 바 없으며 청구법인이 수정신고한 환급세액은 등록전 매입세액에 해당하므로 처분청이 환급거부한 처분에는 잘못이 없다고 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 쟁점은 고유번호만 지정 받은 청구법인에 대하여 92년 제2기 예정신고분 부가가치세 환급세액을 등록전 매입세액으로 보아 환급거부한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관계법령 이 건 시행당시의 관계법령을 보면, 법인세법 제67조 제1항 및 같은법 시행령 제131조 제1항의 규정에 의하면 신규로 사업을 개시하는 법인은 사업장마다 당해 사업의 개시일로부터 20일내에 사업자등록 신청서를 소관세무서장에게 제출하도록 하고 있으며, 같은법 시행령 제131조 제2항의 규정에 의하면 1항의 등록에 관하여는 부가가치세법 시행령 제7조 내지 제13조의 규정을 준용한다고 되고 있고, 부가가치세법 제20조 제3항의 규정에 의하면 세금계산서를 교부받은 세관장과 세금계산서를 교부받은 국가·지방자치단체·지방자치단체조합·기타 대통령령이 정하는 자는 부가가치세의 납부의무가 없는 경우에도 그 교부하였거나 교부받은 세금계산서를 제1항과 제2항의 규정을 준용하여 정부에 제출하여야 한다고 되어있고 부가가치세법 시행령 제8조 제2항의 규정에 의하면 소관세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다고 되어있다.

다. 사실관계

에 대하여 살펴본다. 청구법인은 사업자등록 신청을 하고 지정받은 고유번호는 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 등록과 동일하기 때문에 처분청이 등록전 매입세액으로 보아 수정신고 대상에서 제외시킨 처분은 부당하다고 주장하는바 이를 살펴보면, 첫째, 청구법인의 92.2.13 사업자등록신청에 의하면 “업태: 서비스, 종목: 공단관리, 임대료지급: 무료, 자산명세 및 거래처명세: 없음”으로 기재되어 있음이 확인되고 있고 이에 대하여 처분청은 92.2.20 수익사업에 관한 신고 내용이 없음을 이유로 사업자등록번호 대신 등록번호에 준한 고유번호를 지정하여 통지하였음이 관련 공문에 의하여 확인되고 있으며, 둘째, 청구법인은 수익사업을 개시한 이후 법인세법 제61조 의 규정에 의한 비영리법인의 수익사업의 개시신고를 이행한 사실이 없다.

라. 이상의 사실과 관계법령을 종합하여 보면, 청구법인은 사업자등록신청서에 수익사업에 관련된 그 내용의 신고가 전혀 없었으므로 처분청이 고유번호를 지정한 것은 타당한 것으로 판단되고, 청구법인은 고유번호를 지정받은 이후에도 법인세법 제61조 의 규정에 의한 수익사업의 신고를 이행한 사실이 없으므로 처분청이 청구법인의 92년 제2기 부가가치세 예정신고분에 대한 수정신고시 환급신청세액을 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의한 사업자등록전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 환급거부한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.