상장주식양도의납세의무자인 ‘시가총액’ 기준의 대주주 판정시, 양도일이 속하는 사업업도의 직전사업연도종료일 현재 ‘주주1인’의주식보유가 전제되는지 여부

쟁점시점 현재 쟁점주식을 보유하지 않은 청구인은 쟁점근거규정에 따른 대주주의 요건을 충족하지 못하였음에도 처분청이 동 규정에 근거하여 청구인을 대주주로 보아, 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가. 청구인은 2020년에 코스닥상장법인 ㈜AAA의 발행주식(이하 “쟁점법인” 및 “쟁점주식”이라 한다)을 수차례 매매하고 양도소득세를 신고.납부하였는데, 자신은 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재(2019.12.31.) 쟁점주식을 보유한 사실이 없어, 애초부터 양도소득세의 납세의무자가 아니었는데도 잘못 신고.납부한 것이라며 경정청구를 제기하여 환급받았다.

나. 처분청은 청구인의 기타주주까지 고려하면, 청구인은 구 「소득세법 시행령」 제157조 (2022.12.31. 대통령령 제33207호로 개정되기 전의 것으로, 이하 “쟁점조문”이라 한다) 제4항 및 제5항이 정한 대주주에 해당한다는 OOO청장의 처분지시에 따라, 2022.7.5. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2022.9.21. 심판청구를 제기하였다(2021년에 양도한 주권상장법인 ㈜BBB의 발행주식에 대한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 경우, 우선 처분청에 양도소득세로 신고ㆍ납부하고 경정청구를 제기한 후, 2022.7.6. 처분청으로부터 경정청구 거부처분을 받자, 이에 불복하여 함께 심판청구를 제기하였다).

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

상장주식의 양도는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재(이하 “쟁점시점”이라 한다) 주주를 대상으로, 소유주식비율 또는 시가총액 등의 일정요건을 충족한 대주주에 한해 예외적으로 납세의무가 부여되는데, 청구인의 경우 쟁점시점에 쟁점주식을 보유한 사실이 없어, 애초부터 이 사건 상장주식인 쟁점주식 양도에 대한 납세의무자가 될 수 없다.

나. 처분청 의견

쟁점조문의 문언상 납세의무자가 되는 “주주 1인”은 쟁점시점의 주식소유 여부와 관계없이 당해 연도에 주식을 양도한 자로서, 쟁점시점에 그의 기타주주와 합하여 소유주식비율 또는 시가총액 등의 일정요건을 충족한 자를 말한다. 청구인의 경우, 쟁점주식의 양도자로서 쟁점시점에 그의 기타주주가 보유한 쟁점주식의 시가총액 요건을 충족하므로, 상장주식 양도소득세의 납세의무자인 대주주에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

상장주식 양도의 납세의무자가 되는 대주주를 판단할 때, 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(쟁점시점) 현재 주식보유가 전제되는지 여부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 2020년 및 2021년 쟁점주식 등 매매현황은 다음과 같다.

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(2) 청구인 및 그의 기타주주(직계비속들)의 쟁점시점 당시 쟁점주식 등 보유현황은 다음과 같다. ＜2020년 양도분 - 코스닥상장법인 ㈜AAA＞

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ㅇ ＜2021년 양도분 - 주권상장법인 ㈜BBB＞

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(3) 처분청은 청구인이 쟁점시점에 쟁점주식 등을 보유하고 있지 않았던 사실과 쟁점조문 제4항 제1호의 요건은 충족하지 않는다는 사실 등은 인정하면서도, 쟁점조문 제4항 제2호 및 쟁점조문 제5항이 충족되었음을 전제로 이 건 처분을 하였다.

(4) 쟁점조문에 대한 처분청 의견을 정리하면 다음과 같다.

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(5) 청구인의 항변 및 제시자료를 정리하면 다음과 같다.

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(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점조문 제4항 제2호 및 제5항(이하 “쟁점근거규정”이라 한다) 기준으로 대주주를 판단함에 있어, 청구인은 쟁점시점 당시에는 주주가 아니었지만, 그의 기타주주가 보유한 주식을 포함하면 시가총액 요건이 충족되므로, 대주주로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점근거규정은 대주주에 해당하는 주주 1인 및 기타주주의 개념에 대하여 주식등의 양도일이 속한 당해 사업연도가 아니라 쟁점시점(양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일) 현재를 기준으로 규정하고 있는 점, 쟁점조문 제4항 제1호는 쟁점근거규정과 달리 후단규정을 두고 있고, 그 취지는 쟁점시점 현재 주식등을 소유하지 않은 경우에도 예외적으로 대주주에 포함시키기 위한 것으로 보이는데, 쟁점근거규정은 그와 같은 별도의 규정(후단 또는 단서)을 두고 있지 않은 점 등에 비추어, 쟁점시점 현재 쟁점주식을 보유하지 않은 청구인은 쟁점근거규정에 따른 대주주의 요건을 충족하지 못하였음에도 처분청이 동 규정에 근거하여 청구인을 대주주로 보아, 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2018서816, 2018.5.23., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정된 것) 제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1) 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등 (2)소득세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 개정된 것) 제157조(주권상장법인대주주의 범위 등)

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 “주권상장법인대주주”라 한다)를 말한다.

1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(주식등의 양도일이 속하는 사업연도에 새로 설립된 법인의 경우에는 해당 법인의 설립등기일로 한다. 이하 이 조 및 제167조의8에서 같다) 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 “소유주식의 비율”이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 소유주식의 비율이 100분의 1 이상이 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

가. 주주 1인 및 그와 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 “주주 1인등”이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자

2) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 직계존비속

2) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 제3호에 해당하는 자

3) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 15억원 다. 2020년 4월 1일부터 2021년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 10억원 라. 2021년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 3억원

⑤ 제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.

1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우 나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 15억원 다. 2020년 4월 1일부터 2021년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 10억원