신축 중에 양수한 건물을 사업의 포괄적 양수도로 보아 환급거부한 처분의 당부(경정)

부동산 매매계약서 등에 임대사업과 관련한 물적.인적 권리.의무를 양도.양수한다는 내용이 없는 점등에 비추어 포괄양도양수계약이 아닌 재화의 공급으로 봄이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.3.8. OOOOO OOO OOO 403-225 대지 224.8㎡ 및 그 지상에 신축중인 6층 건물 785.38㎡(이하 “쟁점건물” 이라 한다)에 대하여 강OO 및 유OO(이하 “양도사업자”라 한다)으로 부터 24억원에 취득하는 것으로 매매계약을 체결하고 2004.6.11. 양도사업자로부터 쟁점건물분에 대하여 공급가액 1,609,090,909원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2004년 제1기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서 상의 매입세액에 대하여 환급신청을 하였다.

나. 처분청은 쟁점건물의 매매거래를 사업의 포괄양 수도로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액 환급을 거부하고 신고불성실가산세를 부과하여 2004.11.1. 청구인에게 2004년 제1기분 부가가치세 16,090,900원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2005.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 세법상 사업의 포괄적양수도라 함은 종전사업자의 권리의무를 포괄적으로 승계하는 것을 말하는데 쟁점건물은 매매계약당시 신축중이었고, 포괄적 양수도를 전제로 하지 아니하였기 때문에 포괄양수도계약을 체결한 바도 없으며, 양도사업자의 입장에서 당해 부동산과 관련하여 볼 때 사업의 실질이 건물신축판매업에 해당하며, 청구인은 쟁점건물을 매입후 사업용으로 사용하려 하였을 뿐 그 전체를 임대업 으로 사용할지의 목적이 명확하지 아니한 상태에서 임대업으로 사업자등록한 것이었고, 당시 쟁점건물 소재토지의 등기부등본상 가압류 등의 채권채무가 복잡하게 얽혀 있어 이를 포괄양수할 이유도 없었다. 부가가치세법은 재화의 공급이라면 모두 과세거래(면세 제외)로 규정하면서 사업의 포괄적양수도의 경우에도 원칙적으로 과세거래에 해당되나 특별히 예외적으로 재화의 공급이 아니라고 규정한 것은 과세 실익이 없으면서 공급자는 과도한 조세부담 및 자금압박을 주고 공급받는자 측면에서는 환급만 발생되는 불합리한 부분을 해소하고자 하여 특별히 규정하고 있는 점을 고려한다 하더라도 양도사업자(임대, 건축공사 및 건물신축판매업)와 청구인(부동산임대업)의 쌍방간에는 사업의 동질성도 없을뿐더러 이 건 매매계약시 사업의 포괄양수도가 아니라고 보고 부가가치세를 거래징수까지 한 것인 바, 기 거래징수당한 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제받을 수 없다면 위 규정은 심히 불합리한 것으로 세법의 규정을 적용함에 있어 그 취지를 살려 법적안정성 내지 예측가능성에 비추어 합법적으로 적용하여야 하며, 이 건 매입세액을 불공제하여 환급거부한 처분은 취소하여야 한다.

(2) 또한, 세법규정에서 “제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재 사항중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때” 라 함은 어디까지나 합계표에 대한 불성실가산세 규정일 뿐 신고불성실가산세에 관한 규정과는 별개로 보아야 하며, 청구인으로서는 정상적으로 교부받은 쟁점세금계산서상에 나타난 공급가액 그대로를 합계표상에 기재하였을 뿐이고 사실과 다르게 기재한 사실이 없음에도 신고불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 2004.3.8. 양도사업자와 청구인은 쟁점건물 및 그 소재토지의 매매계약을 24억원에 체결하였는 바, 동 계약서상에 토지와 건물의 가액이 구분되어 있지 아니하며, 부가가치세가 포함되어 있는지의 여 부도 기재되어 있지 아니하 고, OO은행의 근저당권 설정액이 9억 3천만원, 전세보증금 1억 2천만원은 청구인이 인수한 것으로 확인되며, 청구인에게 쟁점세금계산서를 교부한 양도사업자는 이와 관련한 부가가치세를 신고·납부하지 아니하였다. 신축중인 건물을 양수받아 부동산임대업 영위를 위해 사업개시전 사업자등록을 한 사업자가 동 건물완공전에 그 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계시킨 경우에도 사업의 양도에 해당하 고 당해 거래의 실체가 사업양수도인 이상 양수인에게 사업의 포괄양수의사가 있었는지 여부는 사업양수도의 판단기준이 되는 것이 아니므로 쟁점세금계산서 관련 거래를 사업의 양도로 보는 것이 타당하다.

(2) 또한, 사업의 포괄적 양수도에 해당하는 경우 양도자가 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고납부한 경우에 매입세액 공제가 가능하므로 청구인이 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고하였으므로 신고불성실가산세의 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 주위적 청구 : 신축중에 양수한 쟁점건물을 사업의 포괄적 양 수도로 보아 매입세액을 불공제하여 환급거부한 처분의 당부

② 예비적 청구 : 신고불성실가산세 부과의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제5조 【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. 제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정 하는 경우를 제외한다. 제22조【가산세】

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우 에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

(2) 부가가치세법시행령 제17조【담보제공 사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 사업장별로 그 사 업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 법인세법 제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무에는 다음 각호의 것은 포함되지 아니한다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지 건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것

③ 법 제6조 제6항 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 경우” 라 함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다. 제48조의 2【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 건물 등 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가 (이하 이 조에서 기준시가 라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

(3) 부가가치세법시행규칙 제3조 【개업일의 기준】부가가치세법(이하 법 이라 한다) 제5조 제1항에 규정하는 사업개시일은 다음 각호의 규정에 의한다.

3. 기타의 사업에 있어서는 재화 또는 용역의 공급을 개시하는 날

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점

① 신축중인 쟁점건물의 양도·양수를 사업의 포괄적 양도 ·양수로 볼 수 있는지 여부에 대하여 본다. 청구인은 쟁점건물이 매매계약당시 신축중인 자산이었고, 포괄적 양수도를 전제로 하지 아니하였기 때문에 포괄양수도계약을 체결하지 아니하였으며, 양도사업자는 건물신축판매업자로서 청구인 에게 쟁점 건물을 양도하고 쟁점세금계산서를 교부한 것이므로 동 세금계산서상의 매입세액을 불공제하여 환급거부처분한 것은 부당하다고 주장하면서 쟁점건물 및 그 부수토지의 매매계약서·등기부등본 및 건축물관리대장 및 그 소재 토지의 등기부등본, 청구인 및 양도사업자의 사업자 등록증, OO공인중개사 차OO의 확인서 등을 증빙자료로 제출하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인과 양도사업자가 2004.3.8. 체결한 부동산매매계약서 등을 보면, 매매대금은 24억원이고, 계약금은 1억 3천만원, 중도금은 2004.3.10. 및 2004.3.17.에 각각 4억원 및 2억 8514만원, 은행융자금 9억 3천만원을 포함한 잔금 15억 8485만원은 건물준공후 지급하는 것으로 되어 있고, 특약사항으로 “매도인은 잔금시까지 공사를 마무리하여 준공검사까지 책임지고, OO은행 근저당권설정액( 11억 9천 6백만원), 전세권설정액(1억 2천만원) 및 지하보증금 5천만원은 잔금시 매 수인이 승계하고, 1차 중도금시 토지소유권 및 건축주 명의를 청구인에게 이전하고, 보존등기비용은 매도인이, 취득세는 매수인이 부담하며, 2차 중도금으로 차OO 등의 가압류금 2억 8514만원을 공탁하고, 계약 이후 병원임대계약은 매수 인이 하며, 소유권이전등기시까지 발생하는 가압류, 가처분, 경매 등은 매도인이 책임진다” 는 등으로 되어 있다.

(나) 쟁점건물의 등기부등본 및 일반건축물관리대장 등을 보면, 쟁점건물은 2002.8.2. 건축주를 이OO와 유OO으로 하여 건축허가를 받아 2002.10.16. 신축공사를 착공하였고, 건축주 명의가 2003.8.6. 강OO과 유OO으로, 2004.3.19. 청구인으로 변경되었으며, 2004.11.26. 사용승인을 받고 2004.12.14. 청구인의 명의로 소유권보존등기된 것으로 확인된다. 이 건 토지에 대한 등기부등본을 보면, 2002.8.28. 이OO와 유OO이 공동으로 취득하였고 2003.7.30. 강OO이 이OO의 지분(½)을 취득하였고, 2004.3.10. 청구인에게 소유권이전등기된 것으로 되어 있고, 가압류등기내용을 보면, 2003.10.1. 채권자 차OO이 청구금액을 2천만원 으로 하여 유OO 지분을 가압류하였고, 2003.11.13. 채권자 이OO가 강OO의 지분에 대해 소유권이전등기말소등기 가처분한 것으로 되어 있고, 2003.12.26. 채권자 공OO가 청구금액을 6천 514만원으로 하여 강OO의 지분을 가압류하였으며, 2004.2.25. 채권자 최OO이 청구금액을 2억원으로 하여 강OO의 지분을 가압류한 것으로 되어 있으며 이는 2004.3.9.～2004.4.10. 기간에 모두 등기말소된 것으로 나타난다. 동 등기부등본상 소유권 이외의 권리에 관한 사항(을구)을 보면, 2002.8.28. OO은행에서 채무자를 이OO로 하여 채권최고액 11억 9천 6백만원의 근저당권을 설정등기하였다가 2003.8.27. 강OO에게 계약인수되었고, 2003.5.2. 이OO가 전세권을 1억 2천만원으로 하여 주차 장용 토지일부에 대해 전세권설정하였고, 2003.7.30. 강OO가 채무자를 강OO로 하여 채권최고액 2억원의 근저당권을 설정등기한 것으로 되어 있다.

(다) 양도사업자가 청구인에게 교부한 OO증 및 청구인의 통장사본 등에 의한 매매대금 지급내역을 보면, 청구인은 2004.3.8. 계약금 1억 3천만원, 2004.3.9. 1차 중도금 4억원, 2004.3.26. 2차 중도금 2억 8515만원, 2004.6.11. 1차 잔금 2억 1천만원, 2004.6.12. 2차 잔금 2억원, 총합계 12억 2515만원을 양도사업자에게 지급한 것으로 나타나고, OO 은행 OOO지점의 대위변제증서를 보면, 2004.4.30. 및 2004.6.30. 양도 사업자의 대출금이자 191만원 및 1197만원을 청구인이 대위변제한 것으로 나타나고, 이 건 부동산의 매매계약서 및 등기부등본 등을 보면, 토지분에 설정된 은행융자금 9억 3천만원, 전세권 1억 2천만원과 지하 보증금 5천만원, 합계 11억을 채무인수한 것으로 나타 나며, 청구인은 2004.6.14. 설계비잔금 1500만원을, 2004.6.28. 공사비잔금 5950 만원을 양도사업자를 대신하여 지급한 것임을 주장하는 바, 이는 청구 인의 통장내역상 2004.6.14. 1500만원, 2004.6.28. 6천만원의 현금인출기록이 있는 것으로 보아 신빙성이 있어 보이며, 이를 종합 하여 보면, 청구인의 쟁점건물 및 그 부수토지에 대한 취득가액은 총 24억여원으로 매매계약서상의 총 매매대금과 동일한 것으로 보인다.

(라) 쟁점건물 및 그 부수토지의 매매중개자인 OO공인중개사 차OO(OOO OOO OOO OOO OOOOOO OOOOOOO 105호, 등 록번호 : OOOOOOOOOO)의 확인서를 보면, 차OO은 쟁점건물은 준공완료후 매수인에게 인계하기로 하였으나, 제3자의 가압류 등의 돌발상황에 대비하여 편의상 건축주 명의를 매수인으로 변경한 것이고, 이에 관계없이 소유권보존등기시까지 매도인이 모든 책임을 지는 것으로 약정한 것이고, 매매대금 24억원은 토지분 630,000천원, 건물분 1,609,090천원이며 건물분가액은 부가가치세 160,909천원이 포함된 가액임을 확인하고 있다. 청구인 및 양도사업자의 사업자등록증 등을 보면, 청구인은 2004.3.10. 부동산임대업으로 사업자등록하였고 양도사업자는 2002.8.6. 부동산임대업으로 사업자등록하고 2004.6.9. 건물신축판매업을 추가한 것으로 되어 있으며, 청구인은 2004.6.11. 양도사업자로부터 건물분 가액에 대한 쟁점세금계산서를 수취하여 2004년 제1기 부가가치세 신고시 환급신고를 하였으나, 양도사업자는 쟁점세금계산서와 관련한 부가가치세 및 이 건 부동산의 양도에 따른 양도소득세를 신고납부하 지 아니하였음이 확인된다. 청구인의 2005년 제1기 부가가치세 예정 및 확정신고서를 보면, 임차인 이OO이 지상 1층 일부면적을 2005.1.10.부터 임대보증금 6천만원에 임차한 것으로 되어 있고, 쟁점건물(지하 1층, 지상 6층 건물연면적 785.38㎡)중 나머지 면적에 대하여는 동 확정신고시까지 공실 상태로 되어 있는 것으로 볼 때, 쟁점건물의 임대사 업과 관련하여 청구인이 양도사업자로부터 임대차계약과 관련한 권리·의무를 포괄적으로 양수한 내용은 없는 것으로 보인다.

쟁점건물의 신축과 관련한 건축공사표준계약서를 보면, 2002.9.30. 당시 건축주인 이OO 및 유OO과 OOO OOO OOO OO 149-4 소재 OO산업개발 주식회사와 도급금액 6억 9300만원에 착공일자를 2002.10.10.로, 준공일자를 2003.8.30.로 하여 쟁점건물 신축공사계약을 체결한 것으로 되어 있고, 소제기증명원 및 OOOO지방법원의 조정 조서를 보면, 청구인이 2004.7.9. 공OO를 피고로 하여 쟁점건물의 1 층 및 2층 부분에 대한 점포명도소송을 제기하였고, 2004.11.18. 동 법원은 청구인이 이를 명도받고 동 부동산에 대한 유치권을 행사한 공OO에게 금 3200만원을 지급하도록 조정한 것으로 되어 있는 바, 쟁점건물의 신축공사계약서상 준공일자, 청구인의 공사비잔금 지급일, 동 소송조정내용 등을 종합 고려해 보면, 청구인이 쟁점세금계산서를 교부받은 2004년 6월경에 쟁점건물의 신축공사가 완료되었던 것으로 보여진다.

(마) 살피건대, 부가가치세법 제6조 제6항, 같은법 시행령 제17조 제2항에 의하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 양도인이 양수인에게 모든 사업시설뿐만 아니라 그 사업에 관한 채권, 채무 등 일체의 인적, 물적 권리와 의무를 양도하여 양도인과 동일시 되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계시키는 것을 가리킨다 할 것(OOO OOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO OO)인 바, 이 건의 경우, 쟁점 건물이 신축중이었고, 청구인과 양도사업자간에 부동산임대사업에 관한 포괄양도양수계약을 체결한 사실이 없으며, 부동산매매계약서 등에 임대사업과 관련한 물적 ·인적 권리·의무를 양도양수한 내용이 없고 양도 사업자가 사업자등록업종에 건물신축판매업을 추가하고서 쟁점세금계산서를 교부한 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점건물의 양도는 재화의 공급으로 봄이 타당하다고 판단된다. 따라서, 처분청이 이 건 거래를 사업의 포괄양도·양수로 보아 매입세액공제를 배제하고 신고불성실가산세를 부과함은 잘못이므로 취소함이 타당하나, 다만, 이 건 부동산매매계약서상 토지 및 건물의 가액이 구분되어 있지 아니하여 건물분의 가액이 불분명하므로 매 매대금 2,400,000,000원을 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 제1호의 규정에 의거 기준시가에 의하여 안분계산한 건물분 가액에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제함이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②는 쟁점①의 심리결과 심리실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.