사업장폐기물(지정폐기물 제외)을 운반하는 용역이 부가가치세가 면세되는지 여부(기각)

지정폐기물이 아닌 사업장폐기물의 운반ㆍ처리업허가를 받은 자가 공급하는 폐기물의 운반처리용역은 부가가치세가 면제되므로 이에 관련된 매입세액을 불공제한 처분은 정당함

1. 처분개요

청구법인은 97년 제1기 부가가치세 예정신고시 환급세액을 5,886,101원으로 하여 신고하고 조기환급받은 바 있다.처분청이 이 건 환급에 대하여 현지 확인조사하여 청구법인이 부가가치세 면세사업자이므로 기환급받은 세액을 추징하고자 97.6.16 청구법인에게 6,474,710원을 부과처분한 바 있다.청구법인은 이에 불복하여 97.8.6 심사청구를 거쳐 97.11.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장부가가치세법시행규칙 제11조의2제4호에서는 폐기물처리 관련용역의 면세대상을 일반폐기물 처리업을 득한 자가 제공한 일반폐기물 처리용역을 규정하고 있는 바,폐기물관리법 제26조에 의하면 폐기물의 수집, 운반, 처리를 통틀어 폐기물처리업 허가를 득하게 하고 있고,동법 제2조제5호에 의하면 처리용역자체의 의미는 소각, 중화, 파쇄, 고형화 등에 의한 중간처리와 매립, 해역배출 등에 의한 최종처리를 뜻한다고 규정하고 있으므로 동 시행규칙과 폐기물관리법의 종합적인 해석에 의하면 단순한 운송업체인 당 회사는 폐기물처리용역을 제공하는 것이 아니라 운반만 대행하고 있어 부가가치세 과세사업자로 판단되므로 이건 과세를 취소하여야 한다.

나. 국세청장 의견부가가치세가 면제되는 일반폐기물 처리용역은 폐기물관리법에 규정하는 폐기물처리법을 허가 받아 사업을 영위하는 사업자가 제공하는 생활폐기물과 사업장폐기물 중 지정폐기물을 제외한 폐기물처리용역을 말하는 것이므로, 지정폐기물이 아닌 사업장폐기물의 운반·처리업 허가를 받은 자가 공급하는 폐기물의 운반처리용역은 부가가치세가 면제되어 이에 관련된 매입세액은 공제받을 수 없는 것인 바,(부가 46015-1175, 96.6.17 같은뜻) 폐기물관리법에 의하여 폐기물처리업의 허가를 득한 청구법인이 지정폐기물이 아닌 사업장폐기물을 운반하여 운반수수료를 받는 용역의 대가는 부가가치세가 면제되어 이와 관련된 매입세액은 공제받을 수 없는 것으로, 처분청이 청구법인의 운반용역을 면세로 보아 청구법인이 97.1기분 환급받은 세액을 추징한 당초처분은 잘못이 없다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점사업장폐기물(지정폐기물 제외)을 운반하는 용역이 부가가치세가 면세되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제12조제1항에서 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”라고 규정하고, 그 제4호에서 “의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로 대통령령이 정하는 것과 혈액”라고 규정하고 있으며,같은법시행령 제29조에서 “법 제12조 제1항 제4호에서 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다”고 규정하고 그 제7호에서 “기타 총리령이 정하는 의료보건위생용역”으로 한다고 규정하고 있으며,부가가치세법시행규칙 제11조의2에서 “영 제29조 제7호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 의료보건위생용역은 다음의 용역으로 한다”라고 규정하고, 그 제4호에서 “폐기물관리법에 의하여 일반폐기물 처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 일반폐기물처리용역”라고 규정하고 있다.부가가치세법 제17조제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하고, 제4호에서 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업과 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련매입세액”이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인이 97.1.20 폐기물처리업을 개업하여 97년 제1기 부가가치세 예정신고시 5,886,101원을 조기환급받은 데 대해 처분청은 현지확인조사를 하여 청구법인을 부가가치세 면세사업자로 보아 청구법인이 환급받은 부가가치세를 추징하기 위하여 부가가치세 6,474,710원을 부과처분하였는 바, 청구법인은 청구법인의 사업이 부가가치세 면세사업이 아니므로 환급세액 추징을 위한 과세를 취소하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.포항시장이 97.2.15 발급한 청구법인에 대한 폐기물처리업 허가증에 의하면 청구법인의 업종은 사업장 배출시설 폐기물운반이며 영업대상폐기물은 지정외 사업장 폐기물로서 폐합성수지, 폐합성고무 등으로 나타나고 있는 바, 부가가치세가 면제되는 일반폐기물처리용역은 폐기물처리업을 영위하는 사업자가 제공하는 생활폐기물과 사업장폐기물중 지정폐기물에 해당하지 아니하는 폐기물처리용역을 말하는 것이므로(국세청 부가46015-1175, 96.6.17 같은뜻임) 청구인이 폐기물을 수집하여 처리장소로 운반하는 폐기물수집·운반업은 일반폐기물 처리용역에 해당되어부가가치세법 제12조제1항 제4호와같은법시행령 제29조제7호 및같은법시행규칙 제11조의2제4호의 규정에 의해 부가가치세가 면제되는 것이고 부가가치세 면세사업자의 매입세액은부가가치세법 제17조제2항 제4호의 규정에 의해 공제받을 수 없는 것이므로 처분청이 청구법인의 용역을 부가가치세가 면제되는 페기물처리업으로 보아 이 건 환급받은 세액을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

라. 결 론이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.