개별공시지가가 없는 토지의 양도가액 산정(경정)

개별공시지가가 없는 토지의 양도가액을 수용 당시 등기부상 지목 및 이용현황에 따라 평가하여 양도소득세를 과세하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO OOO OOO OOO OOOOOO 공장용지 511㎡, 같은 소재지 OOOOOO 전 41㎡ 및 같은 소재지 OOOOOO 도로 18㎡이상 3필지 토지(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상건물인 근린생활시설 조립식판넬조 197.28㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)가 OO국도대체 우회도로 사업으로 인하여 2004.3.18. OOOO국토관리청에 수 용된 건에 대하여, 쟁점건물의 양도가액을 14,204,160원(양도차익 -3,174,586원)으로, 쟁점토지의 양도가액을 117,945,930원(양도차익 99,121,157원)으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점건물에 대하여 수용당시 기준시가를 50,349,600원으로 산정하여 이를 양도가액(양도차익 24,662,038원)으로 하고, 쟁점토지에 대하여 개별공시지가가 없는 토지로서 쟁점토지 소재지 관할세무서장의 평 가액(분할전 모번지의 공시지 가 중 18㎡에만 도로비준율 적용)인 307,760,120 원 을 양도가액(양도차익 298,788,647원)으로 하여 2005.10.12. 청구인에게 2004 년 귀속 양도소득세 63,958,820원을 결정 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2005.12.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 국세청이 인터넷상으로 제공하고 있는 건물기준시가 산정에 따라 계산해 보면, 쟁점건물의 취득가액이 25,308,854원, 양도가액이 21,306,240원인 것으로 나타나므로 쟁점건물의 취득가액을 24,939,381원으로, 양도가액을 50,349,600원으로 산정하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점토지는 등기부상 지목이 18㎡부분만 도로로 되어 있으나 이는 사업이 완료되지 않아 기존 지목을 변경하지 못한 것일 뿐, 실제는 전체가 도로로 편입되어 이용될 것이므로 쟁점토지 전체에 도로비준율을 적용하여 양도가액을 산정하여야 하므로 쟁점토지 중 18㎡부분만 도로로 평가하여 양도가액을 산정하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점건물의 기준시가에 대하여 재계산한 결과, 취득가액이 25,308,854원, 양도가액이 21,306,240원인 것으로 확인되므로 이 부분에 대한 청구인의 주장은 이유있는 것으로 보인다.

(2) 쟁점토지는 수용당시 개별공시지가가 없었으나 소재지 관할세무서장의 평가가 있었고 그 평가액의 적정성 검토를 위해 두 곳의 감정평가법인에 의뢰하였는 바, 소재지 관할세무서장의 평가액은 감정평가법인 산정지가의 78% 수준이어서 청구인에게 유리한 것으로 판단되므로 이 건 과세처분의 양도가액 평가는 적정한 것이고, 쟁점토지 전체를 도로로 평가하여야 한다는 청구인의 주장은 수용당시 지목(18㎡부분만 지목이 도로로 되어 있음)을 기준으로 수용보상금을 지급받았음에도 불구하고 양도소득세 부과시 양도가액을 향후 지목으로 평가를 요구하는 것이어서 형평성에 맞지 않을 뿐만 아니라, 소득세법 제96조 제1항에 의하면, 양도가액은 당해자산의 양도시기를 기준으로 하여 가액을 결정하는 것이지 향후 양도자산의 성질에 비추어 결정되는 것이 아니므로 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점건물 취득가액 및 양도가액 산정의 당부

② 개별공시지가 없는 쟁점토지의 양도가액을 수용당시 등기부상 지목 및 현황에 따라 평가하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 제99조【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물 가. 토 지 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

(2) 소득세법시행령 제164조 【토지·건물의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점건물의 일반건축물 대장, 국세통합전산망(TIS) 자료 등에 의 하면, 쟁점건물의 건물구조는 조립식판넬조(경량철골조), 건축면적은 197.28㎡, 주용도는 근린생활시설, 신축일은 1994.4.19., 취득일은 1994.5.17., 양도 일은 2004.3.18.인 것으로 각 확인되는 바, 이에 따라 쟁점건물의 기준시가를 계산하면, 취득당시 기준시가는 25,308,854원, 양도당시 기준시가는 21,306,240원인 것으로 나타난다. (나) 따라서, 쟁점건물의 취득가액은 25,308,854원, 양도가액은 21,306,240원으로 보아야 함이 타당하므로 쟁점건물의 취득가액 및 양도가액을 각각 24,939,382원, 50,349,600원으로 정한 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점토지의 등기부등본 등에 의하면, 청구인 소유였던 쟁점토지는 쟁점건물과 함께 OO시 OOOOO 국도대체 우회도로에 편입됨에 따라 2004.3.18. 쟁점건물과 함께 OOOO국토관리청에 수용되었고, 이 건 수용당시 쟁점토지의 등기부상 지목은 아래 <표>와 같다. OOOOOOOOO OO OO OOOOO OOOO OO (나) OOOO원 OO지점장이 2005.9.9. 처분청에 회신한 개별공시지가 없는 토지의 토지단가 산정의뢰에 대한 회신(OOOO OOOOOOOOO) 등에 의하면, 이 건 수용당시 쟁점토지의 이용현황은 등기부상 지목과 동일하게 OOOOOO번지 18㎡부분만 도로로 이용되고 나머지는 공업용으로 이용되고 있음을 확인할 수 있다. (다) 소득세법 제96조 제1항 규정에 의하면, 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의하는 것으로 규정되어 있다. (라) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 쟁점토지는 이 건 수용당시 OOOOOO번지 18㎡부분만 도로로 이용되고 있고, 양도소득세의 경우, 양도당시의 양도목적물의 현황에 따라 양도가액을 산정하여야 함이 타당하다 할 것이므로, 이 건 수용당시 이용현황에 따라 쟁점토지 중 OOOOOO번지 18㎡부분만 도로로 평가하여 쟁점토지의 양도가액을 산정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.