「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적합한지 여부

신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년 내에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액이 감면대상이므로 종전주택 취득시점부터 쟁점신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아님

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO아파트 8동 204호 전용면적 84.59㎡(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2003.5.10. 취득한 같은 동 1682외 1필지 OOO아파트 113동 1103호 전용면적 84.95㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2007.10.15. 양도한 후 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 쟁점주택의 양도로 얻은 소득 OOO원 전부를 양도소득세 감면대상으로 하여 2007.10.31. 처분청에 2007년 귀속 양도소득세 OOO원의 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득으로서 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 계산한 OOO원만 양도소득세가 감면되는 소득이라고 보고 2013.5.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.22. 이의신청을 거쳐 2013.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조특법 제99조의3 은 극심한 건설경기 침체를 활성화하기 위하여 조세지원을 하는 규정으로 그 규정에서 구주택의 양도소득을 감면대상에서 배제한다고 명시하고 있지 아니하므로 당연히 신축주택을 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우는 구주택의 양도소득도 양도소득세가 감면되는 것이며, 처분청도 이러한 내용의 청구인의 양도소득세 신고내용을 용인하다가 부과제척기간 만료일 직전에 기존입장을 뒤집어 청구인의 부인하고 양도소득세를 과세하면서 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 신의성실의 원칙에 반하여 부당하다.

나. 처분청 의견

조세감면규정은 특별한 사정이 없는 한 문리해석을 하여야 하고, 조특법 제99조의3 에서는 신축주택 취득일로부터 5년 이내 발생한 양도소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다고 명시하고 있으므로 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여 감면을 배제하고 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여만 감면을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없으며, 종전주택의 양도소득에까지 감면규정을 적용한다는 과세관행이 성립하였다거나 과세관청의 공적 견해가 표명되었다고도 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고서, 처분청의 양도소득세 경정결의서등의 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 종전주택을 재건축하여 취득한 쟁점주택을 OOO원에 양도하였고, 그로 얻은 양도소득 전부가 조특법 제99조의3 에 의하여 양도소득세 감면신청을 하였다. (나) 이에 대하여 처분청은 청구인의 쟁점주택 양도로 얻은 소득 중 쟁점주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득만 감면대상이라고 보고, 이를 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 아래 산식과 같이 쟁점주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가OOO에서 쟁점주택 취득당시의 기준시가OOO를 차감한 금액을 분자로, 쟁점주택 양도당시의 기준시가OOO에서 종전주택 또는 나대지 취득당시의 기준시가OOO를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 전체 양도소득금액OOO을 곱하여 OOO원으로 계산한 다음 쟁점주택 양도로 얻은 소득에서 위 감면대상 소득을 차감한 나머지에 대하여 양도소득세를 과세하였다. OOOOOOOO OOOO OOOO OO OOOOOO

(2) 처분청이 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 감면대상 양도소득금액을 위와 같이 계산한 것은 다음과 같은 이유로 타당하다. (가) 조특법 제99조의3 제1항 제2호는「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있으므로 동 규정의 문언상 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 과세특례 대상에 해당하지 아니하고, 쟁점주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득만이 그 대상임이 명백하다. (나) 한편, 위 조특법 제99조의3 의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 쟁점주택 양도소득에서 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득을 제외한 금액이 과세대상 소득이 된다.

<감면대상 소득금액 계산식> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (다) 또한, 청구인의 양도소득세 신고를 과세관청이 단순히 수리하였다는 점만으로는 청구주장과 같은 과세관행이 있었다거나 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 보기는 어려우므로 처분청이 신의성실원칙에 반하여 이 건 과세를 하였다고 할 수도 없다 할 것이다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.