쟁점부동산의 양도소득이 조특법 제77조 의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부

쟁점부동산 양도과정에서 토지보상법 제15조 에 따른 보상계획 공고나 보상계획의 통지가 없었던 점, 쟁점부동산의 등기부등본상 등기원인이 ‘공공용지의 협의취득’이 아닌 ‘매매’로 기재되어 있는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 매매계약은 토지보상법에서 규정하고 있는 협의의 절차 등에 따라 체결된 것으로 보이지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.4.16. 취득한 OOO 토지 및 지상건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2014.2.28. OOO에 OOO에 양도한 후, 2014.4.28. 2014년 귀속 양도소득세 OOO을 신고.납부하였다.

나. 청구인은 2017.11.6. 쟁점부동산의 양도소득이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제77조 규정에 의한 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다며 2014년 귀속 양도소득세 OOO(양도소득세의 100분의 15에 상당하는 세액)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.1.10. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) OOO은 정부의 국공립어린이집 확충 정책에 따라 2012년부터 국공립어린이집 설치를 위한 토지매수를 추진하였고, 2013년 초 청구인 소유의 쟁점부동산에 국공립어린이집을 설치하기 위해 매매의사를 타진해 왔으며, 이에 청구인은 OOO과 협의하에 2013.9.16. 부동산매매계약을 체결하였다. 한편, OOO은 청구인으로부터 취득한 쟁점부동산에 ‘OOO’을 신축하여 현재 운영중이다.

(2) 국공립어린이집에 관한 사업은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “토지보상법”이라 한다) 제4조 제3호의 “그 밖의 공공용 시설에 관한 사업”에 해당하고, 청구인과 OOO간의 ‘부동산 매매계약서’상 협의(합의)에 의한 매매임이 명시되어 있으며, 쟁점부동산의 건축물대장 등에 OOO이 소유한 노유자시설(어린이집)로 등재되어 있는 등 공익사업에 필요한 토지 등을 양도하였다는 것이 객관적으로 입증되므로 쟁점부동산의 양도소득은 조특법 제77조 의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구인은 OOO이 쟁점부동산에 국공립어린이집을 신축하여 현재 국공립어린이집을 운영하고 있으므로 이는 토지보상법 제4조 제3호 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업에 적용되는 공익사업이라고 주장하나, 사업시행자인 OOO은 쟁점부동산의 취득은 토지보상법에 의한 협의매수나 수용절차에 의하여 이루어진 거래가 아님을 확인하고 있으므로 쟁점부동산의 양도소득은 조특법 제77조 의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 양도소득이 「조세특례제한법」 제77조 의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 등기사항전부명세서에 의하면, 청구인이 쟁점부동산을 2007.4.16. 매매로 소유권을 취득하여 2014.2.28. 매매를 원인으로 OOO에 소유권을 이전한 사실이 확인된다.

(2) 청구인과 OOO간에 작성된 “부동산 매매계약서”의 내용은 다음과 같고, OOO이 청구인에게 중도금을 지불하기 전까지 매도인은 계약금의 배액을 배상하고, OOO은 계약금을 포기하고 계약을 해제할 수 있는 것으로 기재되어 있으며, 본 계약에 명시되지 않은 사항은 부동산 거래 관행에 따르는 것으로 기재되어 있다.

(3) 처분청은 청구인이 이 건 경정청구를 하자 OOO에 “쟁점부동산 거래가 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지에 해당하는지”에 대해 문의하였고, OOO은 이에 대해 “우리 구의 민간 어린이집 매입은 법률에 의한 협의매수나 수용절차에 의하여 이루어진 것이 아니므로 양도소득세 면제 대상이 되는 거래에 해당하지 않음”이라고 회신하였다(성동세무서 재산세1과-2436, 2018.1.4.).

(4) 이 건 심리과정에서 우리 원이 OOO 담당자에게 문의한 결과, 쟁점부동산 거래가 토지보상법에 따른 취득에 해당하지 아니하여 동 법률에 따른 보상계획 공고나 보상계획의 통지는 없었고, 매수가격 협의과정에서 협의가 성립하지 않으면 매매가 이루어지지 않을 뿐, 수용 등의 절차를 거치는 것이 아닌 자유로운 당사자간의 매매계약에 해당한다고 구두답변하였다.

(5) 처분청의 경정청구 검토서(2018년 1월)에 따르면, 조특법 제77조 에 따른 감면 요건의 적정여부 검토를 위하여 사업시행자인 OOO에 확인한 결과, 해당 거래건은 토지보상법에 의한 협의 매수 및 수용 절차에 의해 이루어진 거래가 아닌 것으로 확인되는바, 쟁점부동산의 양도는 조특법 제77조 의 감면대상이 아니므로 경정청구를 거부한다고 기재되어 있다.

(6) 그 외 청구인이 제출한 자료를 통해 확인되는 사항은 다음과 같다. (가) 토지 협의매수확인서 발급 요청서(2017.10.16.)에 따르면, 청구인은 OOO에게 쟁점부동산 매매와 관련하여 조특법 제77조 의 감면을 적용받을 수 있도록 ‘토지 협의매수 확인서’를 발급해 줄 것을 요청한 것으로 나타나고, OOO은 일반 부동산 거래에 해당한다며 발급요청을 거절한 것으로 확인된다. (나) 청구인은 2017.10.17. 국민신문고를 통해 쟁점토지의 양도가 조특법 제77조 제1항 및 토지보상법 제4조 제3호 또는 제4호에 해당하여 양도소득세 감면을 받을 수 있는지를 문의하였고, 2017.11.3. OOO는 “지방자치단체가 「영유아보육법」에 의한 보육시설을 설치하기 위하여 「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법」에 의한 협의 등을 거쳐 취득하는 토지 등에 대해서는 양도소득세 등의 감면이 적용되는 것”으로 해석한 사례(재일 46014-1346, 1996.5.31.)가 있으나, 청구인의 사례가 위 사례와 동일한 법률에 따라 시행되는 것이 아니므로 서면질의하여 답변을 받으라고 회신하였다. 한편, 같은 날 OOO은 ‘지방자치단체에서 개인 토지 등을 협의 매매하여 국공립어린이집을 설치하여 운영하고자 하는 경우 공익사업에 해당하지는 여부’에 대해 “지방자치단체가 국공립어린이집을 설치한다면 토지보상법 제4조 제3호에 따른 공공용 시설에 해당할 것으로 사료된다”고 회신하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」제77조 제1항의 규정에 의하면, 양도소득세 감면대상이 되는 양도는 “토지보상법에 따라 협의매수 또는 동 법률 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우”로 규정하고 있어, 당사자간의 합의에 따라 수의계약을 체결하여 취득한 것은 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다 할 것인바(조심 2011광4824, 2011.12.27. 같은 뜻임), 쟁점부동산은 OOO에서 국공립어린이집 신축 부지로 매입한 것으로 토지보상법 제4조 제3호에서 규정하는 공익사업에 필요한 토지 등을 양도한 것이라고 하더라도, 쟁점부동산 양도과정에서 토지보상법 제15조 에 따른 보상계획 공고나 보상계획의 통지가 없었던 점, 쟁점부동산의 등기부등본상 등기원인에 “공공용지의 협의취득”이 아닌 “매매”로 기재되어 있고, 쟁점부동산 매매계약서에 기타 명시되지 않은 사항은 부동산 거래 관행에 따른다고 기재되어 있는 등 매매계약의 내용이 당사자 간의 합의에 따라 체결하는 일반적인 부동산 매매계약으로 보이는 점, OOO은 쟁점부동산의 취득이 법률에 의한 협의매수나 수용절차에 의하여 이루어진 것이 아니라고 회신하였고, 청구인의 “토지 협의매수 확인서” 발급요청을 거절한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 토지보상법에서 규정하고 있는 협의의 절차 및 방법 등에 의하여 매매계약을 체결한 것으로 보이지 아니하므로 쟁점부동산의 양도소득은 「조세특례제한법」제77조 제1항에서 규정하는 감면대상 소득에 해당되지 않는 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 양도소득세 감면을 적용해 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.1.1. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

⑥ 제1항 제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

⑦ 제1항 제3호에 따른 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2015.1.6. 법률 제12972호로 개정되기 전의 것) 제4조【공익사업】이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

1. 국방ㆍ군사에 관한 사업

2. 관계 법률에 따라 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도ㆍ도로ㆍ공항ㆍ항만ㆍ주차장ㆍ공영차고지ㆍ화물터미널ㆍ궤도(軌道)ㆍ하천ㆍ제방ㆍ댐ㆍ운하ㆍ수도ㆍ하수도ㆍ하수종말처리ㆍ폐수처리ㆍ사방(砂防)ㆍ방풍(防風)ㆍ방화(防火)ㆍ방조(防潮)ㆍ방수(防水)ㆍ저수지ㆍ용수로ㆍ배수로ㆍ석유비축ㆍ송유ㆍ폐기물처리ㆍ전기ㆍ전기통신ㆍ방송ㆍ가스 및 기상 관측에 관한 사업

3. 국가나 지방자치단체가 설치하는 청사ㆍ공장ㆍ연구소ㆍ시험소ㆍ보건시설ㆍ문화시설ㆍ공원ㆍ수목원ㆍ광장ㆍ운동장ㆍ시장ㆍ묘지ㆍ화장장ㆍ도축장 또는 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

4. 관계 법률에 따라 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교ㆍ도서관ㆍ박물관 및 미술관 건립에 관한 사업 제14조【토지조서 및 물건조서의 작성】

① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조에 따른 사업인정 전에 협의에 의한 토지등의 취득 또는 사용이 필요할 때에는 토지조서와 물건조서를 작성하여 서명 또는 날인을 하고 토지소유자와 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 이 경우 사업시행자는 해당 토지조서와 물건조서에 그 사유를 적어야 한다.

1. 토지소유자 및 관계인이 정당한 사유 없이 서명 또는 날인을 거부하는 경우

2. 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소ㆍ거소를 알 수 없는 등의 사유로 서명 또는 날인을 받을 수 없는 경우

② 토지와 물건의 소재지, 토지소유자 및 관계인 등 토지조서 및 물건조서의 기재사항과 그 작성에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제15조【보상계획의 열람 등】

① 사업시행자는 제14조에 따라 토지조서와 물건조서를 작성하였을 때에는 공익사업의 개요, 토지조서 및 물건조서의 내용과 보상의 시기ㆍ방법 및 절차 등이 포함된 보상계획을 전국을 보급지역으로 하는 일간신문에 공고하고, 토지소유자 및 관계인에게 각각 통지하여야 하며, 제2항 단서에 따라 열람을 의뢰하는 사업시행자를 제외하고는 특별자치도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게도 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자와 관계인이 20인 이하인 경우에는 공고를 생략할 수 있다.

② 사업시행자는 제1항에 따른 공고나 통지를 하였을 때에는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 다만, 사업지역이 둘 이상의 시ㆍ군 또는 구에 걸쳐 있거나 사업시행자가 행정청이 아닌 경우에는 해당 특별자치도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게도 그 사본을 송부하여 열람을 의뢰하여야 한다. 제16조【협의】사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조【계약의 체결】사업시행자는 제16조에 따른 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다. 제19조【토지등의 수용 또는 사용】

① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다.

② 공익사업에 수용되거나 사용되고 있는 토지등은 특별히 필요한 경우가 아니면 다른 공익사업을 위하여 수용하거나 사용할 수 없다. 제20조【사업인정】

① 사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.

(3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행령(2015.6.4. 대통령령 제26302호로 개정되기 전의 것) 제8조【협의의 절차 및 방법 등】

① 사업시행자는 법 제16조에 따른 협의를 하려는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 보상협의요청서에 다음 각 호의 사항을 적어 토지소유자 및 관계인에게 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소ㆍ거소 또는 그 밖에 통지할 장소를 알 수 없을 때에는 제2항에 따른 공고로 통지를 갈음할 수 있다.

1. 협의기간ㆍ협의장소 및 협의방법

2. 보상의 시기ㆍ방법ㆍ절차 및 금액

3. 계약체결에 필요한 구비서류

② 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공고는 사업시행자가 공고할 서류를 토지등의 소재지를 관할하는 시장(행정시의 시장을 포함한다)ㆍ군수 또는 구청장(자치구가 아닌 구의 구청장을 포함한다)에게 송부하여 해당 시(행정시를 포함한다)ㆍ군 또는 구(자치구가 아닌 구를 포함한다)의 게시판에 14일 이상 게시하는 방법으로 한다.

③ 제1항 제1호에 따른 협의기간은 특별한 사유가 없으면 30일 이상으로 하여야 한다.

④ 법 제17조에 따라 체결되는 계약의 내용에는 계약의 해지 또는 변경에 관한 사항과 이에 따르는 보상액의 환수 및 원상복구 등에 관한 사항이 포함되어야 한다.

⑤ 사업시행자는 제1항 제1호에 따른 협의기간에 협의가 성립되지 아니한 경우에는 국토교통부령으로 정하는 협의경위서에 다음 각 호의 사항을 적어 토지소유자 및 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다.