합병 사후관리 위반 시 이월결손금은 어떻게 공제하나?

국세청 공식 회신문서번호 서면-2022-법인-2193회신일 2022.12.30세목 법인세회신 후 개정 보관 문서

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1. 질문합병 사후관리 위반 시 이월결손금은 어떻게 공제하나?2. 공식 회신국세청 · 2022.12.303. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문4개 근거 링크

한 줄 답 · 국세청 회신 2022.12.30

자산양도차익에서 합병 당시 피합병법인의 이월결손금을 공제해 합병법인 소득에 합산한다.

적격합병 사후관리 위반으로 과세되는 자산양도차익과 이월결손금의 공제 방법을 물었다. 자산양도차익에서 합병 당시 피합병법인의 이월결손금을 공제해 합병법인 소득에 합산한다. 공제 후 남은 피합병법인의 이월결손금은 소멸한다.

근거 조문 법인세법 제13조제1호 법인세법 제44조제2항 법인세법 제44의3조제1항 법인세법 제80의4조제4항

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

사실관계

결손금이 있는 법인과 다른 내국법인이 적격합병 요건을 갖추어 합병하고 과세특례를 적용했다. 이후 사후관리 사유가 발생하여 합병법인이 관련 규정을 적용하게 됐다.

질의요지

비적격합병시 피합병법인의 이월결손금은 자산양도차익에서 공제되므로, 과세형평상 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금 중 자산양도차익 상당의 이월결손금을 합병법인의 소득에서 공제하는 것이 타당

회답

법인세과-1958

본문(원문)

합병등기일 현재「법인세법」제13조 제1호에 따른 결손금이 존재하는 법인과 다른 내국법인이 같은 법 제44조 제2항 각 호의 요건을 갖추어 합병함에 따라 같은 법 제44조의3 제1항 및 제2항에 해당하는 과세특례를 적용한 후 제3항 제1호의 사유에 해당하여 합병법인이 같은 법 시행령 제80조의4 제4항, 제5항 제2호 및 제6항을 적용하는 경우에는 합병법인은 당초 비적격합병시 피합병법인의 자산양도차익을 합병 당시 존재하였던 피합병법인의 이월결손금과 공제하여 같은 법 제44조의3 제3항 제1호의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액에 합산하여 법인세를 신고하여야 하고, 공제 후의 피합병법인의 이월결손금은 소멸하는 것입니다.

정제 정리

질의

적격합병 과세특례 적용 후 사후관리 사유가 발생한 경우 피합병법인의 자산양도차익과 이월결손금의 처리 방법.

회답

합병법인은 당초 비적격합병 시 피합병법인의 자산양도차익을 합병 당시 존재한 피합병법인의 이월결손금과 공제하고, 사후관리 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액에 합산하여 법인세를 신고해야 합니다. 공제 후 피합병법인의 이월결손금은 소멸합니다.

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

법인세법 제13조제1호 (과세표준) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
법인세법 제44조제2항 (합병 시 피합병법인에 대한 과세) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
법인세법 제44의3조제1항 (적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
법인세법 제80의4조제4항 법령 페이지 govbrief.kr (회신 당시 조문 번호, 현행 조문 페이지 없음) 이 법령을 인용한 다른 해석
법인세법 제44의3조제3항제1호 (적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면-2022-법인-2193 (2022.12.30 회신), "합병 사후관리 위반 시 이월결손금은 어떻게 공제하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000564754/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000564754)
원 제목: 적격합병 사후관리 요건 위배로 합병법인에게 과세되는 피합병법인의 자산양도차익 상당액의 이월결손금 공제 방법
공개 등급: 보관(중복·본문 짧음) · 검색 색인 제외
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-09