기부채납 공사 매입세액은 어떻게 공제하나요?

부동산임대업과 금융보험업을 겸영하는 법인이 본점 건물을 신축하며 추가공사 시설물을 지방자치단체에 기부채납한다. 지방자치단체로부터 무상사용권을 부여받지만 경제적 대가관계 없이 시설물을 무상 인도한다.

인허가조건으로 기부채납하는 시설물에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이며, 해당 매입세액은 토지관련 매입세액에 해당하지 아니하는 한 과세사업과 관련된 매입세액은 공제(안분계산 포함)되는 것임

부동산임대업과 금융보험업을 겸영하는 법인사업자가 부동산임대업과 금융보험업에 사용할 본점 건물을 신축함에 있어, 본점 건물에 대한 인허가의 조건(건축법상 용적률의 상향 조정)으로 기존 지점 사업장 및 공원부지 일부에 대한 추가공사를 시행하여 지방자치단체에 이를 기부채납하기로 하고 지방자치단체로부터 무상사용권을 부여받는 등 경제적 대가관계 없이 무상으로 인도하는 해당 시설물에 대하여는 「부가가치세법」 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이며, 해당 기부채납 시설물의 공사에 소요된 비용이 본점 건물에 대한 취득원가를 구성하는 경우로서 본점 건물의 과세사용면적과 면세사용면적이 객관적으로 구분되는 경우, 관련 매입세액은 같은 법 시행령 제81조 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 같은 조 제5항에 따라 공통매입세액안분계산 및 정산하는 것입니다. 다만, 공원부지 일부의 조성 등에 관련된 매입세액이 토지의 자본적 지출에 해당하는 경우에는 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임

또한 기부채납과 관련된 추가공사에 관한 발주 및 대금지급 등의 업무를 수행하는 본점에서 해당 세금계산서를 수취한 경우 해당 본점에서 매입세액공제 및 공통매입세액안분계산 등을 수행하는 것임

질의

부동산임대업과 금융보험업을 겸영하는 법인이 본점 건물 인허가 조건으로 시설물을 기부채납할 때의 과세 여부와 관련 매입세액 공제 방법.

회답

1. 경제적 대가관계 없이 무상으로 인도하는 시설물은 「부가가치세법」 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제된다.

2. 공사비가 본점 건물의 취득원가를 구성하고 과세사용면적과 면세사용면적이 객관적으로 구분되면 관련 매입세액은 같은 법 시행령 제81조 제4항 제3호 및 같은 조 제5항에 따라 안분계산하고 정산한다. 다만, 토지의 자본적 지출에 해당하는 매입세액은 공제되지 않는다.

3. 추가공사의 발주와 대금지급 업무를 수행한 본점이 세금계산서를 수취한 경우 본점에서 매입세액공제와 공통매입세액안분계산 등을 수행한다.

국세청 법령해석 법규부가2014-76 (2014.04.10 회신), "기부채납 공사 매입세액은 어떻게 공제하나요?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000152897/