입주권 공유지분 정리에 양도소득세가 붙는가?

갑과 을은 종전주택을 각 1/2 지분으로 소유하다 정비조합에 제공하고 A·B 입주권을 각각 1/2씩 받았다. 이후 각 입주권의 공유지분을 정리하여 단독소유하였다.

가로주택정비사업에 따라 취득한 2개의 입주권의 공동소유자간 각 공유지분을 서로 단독 소유로 정리한 경우, 시가차액에 관한 정산분은 양도소득세 과세대상에 해당하고, 양도소득세 과세대상에 해당하는 부분의 거주기간은 신축주택의 사용승인서 교부일부터 거주기간 계산

법령해석과-4113

1. ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제2조제1항제3호나목에 따른 가로주택정비사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 같은 법 제29조에 따른 사업시행계획인가로 입주자로 선정된 지위(이하 “입주권”)를 취득한 이후에도 가로주택정비사업의 정비대상 주택(이하 “종전주택”)을 사실상 주거용으로 계속 거주하는 경우에는 이후 준공된 신규주택을 양도할 때, 해당 거주기간을 「소득세법 시행령」제154조제1항의 거주기간에 합산하는 것이나, 사실상 주거용으로 사용하는지 여부는 사실확인하여 판단할 사항입니다.

2. 갑(자녀)과 을(母)이 공동소유하고 있는 종전주택(각 1/2지분) 1채를 가로주택정비사업에 따라 정비조합에 제공하고 2개의 입주권(A·B입주권, 갑과 을이 각 1/2지분 소유)을 분양받은 후, 갑과 을이 매매를 통해 A·B입주권을 단독소유한 경우 양도소득세 과세대상이나, 공동소유 지분을 서로 교환하여 각 단독소유로 지분정리하는 경우 양도소득세 과세대상에 해당하는지 여부에 대하여는 「기획재정부 재산세제과-849, 2021.9.28.」을 참고하시기 바랍니다.

□ 기획재정부 재산세제과-849, 2021.09.28.

[질의] 가로주택정비사업에 따라 2개의 입주권을 각 1/2씩 분양받은 공동소유자가 각 공유지분을 서로 단독소유로 정리한 경우 양도소득세 과세 여부

(제1안) 유상양도인 교환에 해당하므로 양도소득세 과세대상임

(제2안) 공유물 분할에 해당하므로 양도소득세 과세대상이 아님

[회신] 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 다만, 상호지분청산시에 시가차액에 관한 정산을 하는 경우 그 정산된 부분은 양도소득세 과세대상에 해당하는 것입니다. 끝.

3. 또한 2.와 같이 조정대상지역 지정 이후에 취득한 종전주택을 가로주택정비사업에 의하여 A·B주택(이하 “신규주택”)으로 준공된 이후 양도하는 경우,

「소득세법」제89조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제154조제1항의 규정을 적용함에 있어서 거주기간 요건을 충족해야 하며,

원 조합원분에 해당하는 부분(지분변동 없이 지분교환한 부분 포함)의 거주기간은 종전주택과 신규주택의 거주기간을 합산하는 것이나,

유상취득분(지분교환 시 시가차액정산분 포함)에 해당하는 부분의 거주기간은 신축주택의 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날)부터 신규주택의 양도일까지의 거주기간으로 계산하는 것입니다.

질의

1. 입주권 취득 후에도 종전주택에 사실상 계속 거주한 기간을 신규주택 양도 시 거주기간에 합산하는지.

2. 공동소유자가 2개 입주권의 공유지분을 서로 단독소유로 정리한 경우 양도소득세 과세 여부.

3. 신규주택 양도 시 원 조합원분과 유상취득분의 거주기간 계산 방법.

회답

1. 입주권 취득 후 종전주택을 사실상 주거용으로 계속 사용한 경우 그 거주기간을 신규주택의 거주기간에 합산하나, 실제 주거용 사용 여부는 사실확인하여 판단합니다.

2. 공유지분을 서로 교환해 각 단독소유로 정리하는 것은 양도소득세 과세대상이 아닙니다. 다만 상호지분 청산 때 시가차액을 정산하면 그 정산 부분은 과세대상입니다.

3. 원 조합원분과 지분변동 없는 지분교환분은 종전주택과 신규주택의 거주기간을 합산합니다. 유상취득분과 시가차액 정산분은 사용승인서 교부일부터 양도일까지 계산하되, 그 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받았다면 사실상 사용일과 임시사용승인일 중 빠른 날부터 계산합니다.

국세청 법령해석 서면-2019-법령해석재산-2980 (2021.11.25 회신), "입주권 공유지분 정리에 양도소득세가 붙는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000515508/