두 주택 특례를 함께 적용한 고가주택은 어떻게 과세되나?

거주자가 요건을 충족한 거주주택과 장기임대주택을 각 1개 보유하다 신규주택을 취득하였다. 신규주택은 조합원입주권으로 전환되었고 조정대상지역 내 거주주택을 양도하였다. 거주주택 취득 1년 후 신규주택을 취득하고 신규주택 취득일부터 3년 안에 거주주택을 양도하는 경우이다.

○쟁점 거주주택은 일시적 2주택(소득령§155①) 및 장기임대주택 특례(소득령§155)를 중첩적용하여 1세대1주택으로 보되, 해당 거주주택은 고가주택으로 양도가액 9억원 초과분에 대한 양도소득은 과세되며, 해당 양도주택은 중과 제외 주택에 해당하지 않아 중과세율 적용되고, 장기보유특별공제도 적용하지 않음

법령해석과-2850(2019.10.30)

위 사전답변 신청의 경우와 같이 거주자가 「소득세법 시행령」제155조제20항 각 호의 요건을 충족하는 거주주택과 장기임대주택을 각각 1개씩 보유하다 신규주택을 취득하고 해당 신규주택이 조합원입주권으로 전환된 상태에서 조정대상지역 내 거주주택을 양도할 경우 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득하고 신규주택 취득일로부터 3년 내 거주주택을 양도하는 경우에는 같은 령 제155조제1항에 따른 1세대1주택 특례가 적용되며, 해당 거주주택이 고가주택에 해당하는 경우에는 같은 령 제160조제1항에 따라 양도차익을 산정하는 것입니다.

또한, 이 때 적용할 세율은 거주주택이 「소득세법 시행령」제167의4제3항 제1호, 제2호 및 제5호에 해당하지 아니한 경우 「소득세법」 제55조제1항에 따른 세율에 100분의20을 더한 세율을 적용하고, 장기보유특별공제는 적용하지 아니하는 것입니다.

질의

장기임대주택 특례와 일시적 2주택 특례를 중첩 적용할 때 고가 거주주택의 양도소득금액, 세율 및 장기보유특별공제 적용 여부.

회답

거주주택 취득일부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득하고 신규주택 취득일부터 3년 내 거주주택을 양도하면 「소득세법 시행령」제155조제1항의 1세대1주택 특례가 적용됩니다. 거주주택이 고가주택이면 같은 령 제160조제1항에 따라 양도차익을 산정합니다.

거주주택이 「소득세법 시행령」제167의4제3항 제1호, 제2호 및 제5호에 해당하지 않으면 「소득세법」 제55조제1항의 세율에 100분의20을 더하고, 장기보유특별공제는 적용하지 않습니다.

국세청 법령해석 사전-2019-법령해석재산-0448 (2019.10.30 회신), "두 주택 특례를 함께 적용한 고가주택은 어떻게 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000414683/