대체도로 기부채납의 세금계산서와 매입세액은 어떻게 처리하나?

한수원은 사업 부지에 편입된 구 도로를 대체할 새 도로를 건설해 국가에 무상 귀속시키기로 했다. 업무 위수탁협약에 따라 국토청이 시공사를 선정하고 공사를 수행하며, 토지매입비용·용역비·공사비 등은 한수원이 부담한다.

사업자가 새로운 도로를 구축하여 국가에 기부채납하고 구 도로를 사업부지로 사용하기로 하였으나 새로운 도로건설은 국토청이 수행하고 사업비는 사업자가 부담하기로 한 경우 국토청은 시공사로부터 세금계산서를 발급받을 수 있는 것이며 이 경우 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위 내에서 사업자에 세금계산서를 발급할 수 있는 것임

법령해석과-0956

1. 한국수력원자력(주)(이하 “한수원”)가 전원개발사업 부지내 구 도로가 편입됨에 따라 해당 도로를 대체할 새로운 도로를 건설하여 국가에 무상 귀속시키기로 한 경우 「부가가치세법」제4조 및 같은 법 시행령 제18조제1항제3호에 따라 부가가치세가 과세되는 것이며, 한수원과 부산지방국토관리청(이하 “국토청”) 간에 새로운 도로건설과 관련하여 체결한 업무 위수탁협약에 따라 국토청의 책임하에 시공사를 선정하여 공사업무를 수행하고 사업비(토지매입비용, 용역비, 공사비 등)는 한수원이 부담하는 경우로서 국토청이 새로운 도로건설과 관련하여 시공사로부터 세금계산서를 발급받은 경우, 국토청은 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위 내에서 같은 법 시행령 제69조제3항에 따라 한수원에 세금계산서를 발급할 수 있는 것입니다.

2. 이 경우 국토청이 시공사로부터 발급받은 세금계산서상 매입세액은 같은 법 시행령 제46조에서 열거한 과세사업과 관련된 매입세액이 아니므로 공제하는 매입세액에 해당하지 않는 것이나, 국토청이 같은 법 시행령 제69조제3항에 따라 세금계산서를 발급하고 부가가치세 과세표준 신고를 한 경우에는 발급한 세금계산서에 해당하는 매입세액은 공제할 수 있는 것입니다.

3. 또한, 한수원이 새로운 도로건설과 관련하여 국토청으로부터 발급받은 세금계산서상 매입세액은 자기사업과 관련이 있는 것으로 보아 같은 법 제38조제1항에 따라 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다. 다만, 해당 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하는 경우에는 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 자기의 매출세액에서 공제할 수 없는 것입니다.

질의

새로운 도로를 건설하여 국가에 무상 귀속시키고 구 도로를 사업부지로 사용하는 경우의 부가가치세 과세, 세금계산서 발급 및 매입세액 공제 여부.

회답

1. 한수원이 전원개발사업 부지 내 구 도로를 대체할 새로운 도로를 건설하여 국가에 무상 귀속시키는 경우 「부가가치세법」제4조 및 같은 법 시행령 제18조제1항제3호에 따라 부가가치세가 과세됨. 업무 위수탁협약에 따라 국토청의 책임하에 시공사를 선정하고 공사업무를 수행하며 사업비를 한수원이 부담하는 경우, 국토청이 시공사로부터 세금계산서를 발급받았다면 그 공급가액의 범위 내에서 같은 법 시행령 제69조제3항에 따라 한수원에 세금계산서를 발급할 수 있음.

2. 국토청이 시공사로부터 발급받은 세금계산서상 매입세액은 같은 법 시행령 제46조에서 열거한 과세사업 관련 매입세액이 아니므로 공제 대상이 아님. 다만, 국토청이 같은 법 시행령 제69조제3항에 따라 세금계산서를 발급하고 부가가치세 과세표준 신고를 한 경우에는 발급한 세금계산서에 해당하는 매입세액을 공제할 수 있음.

3. 한수원이 국토청으로부터 발급받은 세금계산서상 매입세액은 자기사업과 관련이 있는 것으로 보아 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있음. 다만, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액이면 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 공제할 수 없음.

국세청 법령해석 사전-2019-법령해석부가-0126 (2019.04.18 회신), "대체도로 기부채납의 세금계산서와 매입세액은 어떻게 처리하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000374707/