산학협력단의 보건사업 위탁운영은 면세인가?

국세청 공식 회신문서번호 서면-2014-부가-21598회신일 2015.04.19세목 부가가치세회신 후 개정 보관 문서

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1. 질문산학협력단의 보건사업 위탁운영은 면세인가?2. 공식 회신국세청 · 2015.04.193. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문4개 근거 링크

한 줄 답 · 국세청 회신 2015.04.19

원칙적으로 면세대상이 아니나, 고유 사업목적으로 수행하고 실비를 받는 경우에는 면제된다.

산학협력단이 보건의료사업을 위탁운영하고 사업비를 받을 때 부가가치세 면제 여부를 묻는다. 원칙적으로 면세대상이 아니나, 고유 사업목적으로 수행하고 실비를 받는 경우에는 면제된다. 고유 사업목적 해당 여부와 실비 해당 여부는 구체적인 사실에 따라 판단한다.

근거 조문 부가가치세법 제26조제1항제18호 부가가치세법 제45조제1호 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조 지역보건법 제9조

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 부가가치세법(2026.01.02 시행), 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률(2025.06.21 시행), 지역보건법(2025.06.21 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 3곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 3 · 문구 동일 1 · 비교 불가 1

문구 변경회신 당시 시행본 2014.07.01 → 현재 시행본 2025.06.21
산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조: 회신 당시 7개 문장·단위에서 현재 7개로 바뀌었다(수정 1개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
⑤ 산학협력단이 해산하는 경우 남은 재산은 해당 학교의 설립ㆍ경영자에게 귀속한다. 이 경우 학교법인에 귀속하는 남은 재산은 「사립학교법」 제29조제2항에 따른 교비회계에 편입한다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
⑤ 산학협력단이 해산하는 경우 남은 재산은 해당 학교의 설립ㆍ경영자에게 귀속한다. 이 경우 학교법인에 귀속하는 남은 재산은 「사립학교법」 제29조제2항에 따른 교비회계에 편입한다. 다만, 제2조제2호다목에 따른 외국교육기관의 경우 「사립학교법」 제29조제2항에 따른 교비회계에 상응하는 회계에 편입한다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 2010.03.19 → 현재 시행본 2025.03.21
지역보건법 제9조: 회신 당시 제목은 ‘보건소의 업무’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘지역보건의료계획 시행 결과의 평가’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
제9조(보건소의 업무) 보건소는 당해 지방자치단체의 관할구역안에서 행하여지는 다음 각호의 사항을 관장한다. 1. 국민건강증진ㆍ보건교육ㆍ구강건강 및 영양개선사업 2. 전염병의 예방ㆍ관리 및 진료 3. 모자보건 및 가족계획사업 4. 노인보건사업 5. 공중위생 및 식품위생 6. 의료인 및 의료기관에 대한 지도등에 관한 사항 7. 의료기사ㆍ의무기록사 및 안경사에 대한 지도등에 관한 사항 8. 응급의료에 관한 사항 9. 농어촌등보건의료를위한특별조치법에 의한 공중보건의사ㆍ보건진료원 및 보건진료소에 대한 지도등에 관한 사항 10. 약사에 관한 사항과 마약ㆍ향정신성의약품의 관리에 관한 사항 11. 정신보건에 관한 사항 12. 가정ㆍ사회복지시설등을 방문하여 행하는 보건의료사업 13. 지역주민에 대한 진료, 건강진단 및 만성퇴행성질환등의 질병관리에 관한…
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
제9조(지역보건의료계획 시행 결과의 평가) ① 제8조제1항에 따라 지역보건의료계획을 시행한 때에는 보건복지부장관은 특별자치시ㆍ특별자치도 또는 시ㆍ도의 지역보건의료계획의 시행결과를, 시ㆍ도지사는 시ㆍ군ㆍ구(특별자치시ㆍ특별자치도는 제외한다)의 지역보건의료계획의 시행 결과를 대통령령으로 정하는 바에 따라 각각 평가할 수 있다. ② 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 필요한 경우 제1항에 따른 평가 결과를 제24조에 따른 비용의 보조에 반영할 수 있다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
문구 변경회신 당시 시행본 2015.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
부가가치세법 제26조: 회신 당시 25개 문장·단위에서 현재 27개로 바뀌었다(수정 4개 · 신설 2개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상
5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)
5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액(치료ㆍ예방ㆍ진단 목적으로 조제한 동물의 혈액을 포함한다)
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
문구 동일회신 당시 시행본 2015.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
부가가치세법 제26조 제1항 제18호: 회신 당시와 2026.09.10 현재 문구가 같다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
비교 불가회신 당시 시행본 2015.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
부가가치세법 제45조 제1호: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.
회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

산학협력단이 보건소로부터 가정·사회복지시설 등을 방문하여 행하는 보건의료사업을 위탁받았다. 산학협력단은 해당 사업을 운영하고 사업비를 받는다.

질의요지

산학협력단이 자기 고유의 사업목적을 위하여 해당 사업을 수행하고 실비를 받는 경우에는「부가가치세법」제26조제1항제18호 및 같은 법 시행령 제45조제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 해당사업이 산학협력단 고유의 사업목적에 해당되는지 여부와 실비에 해당되는지 여부는 사실판단할 사항임

본문(원문)

귀 질의의 경우 기존해석사례(법규부가2014-220, 2014.08.06)를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

○ 법규부가2014-220, 2014.08.06

「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제25조에 따른 산학협력단이 보건소로부터「지역보건법」제9조에 따른 가정・사회복지시설 등을 방문하여 행하는 보건의료사업을 위탁받아 운영하고 사업비를 받는 것은「부가가치세법」제26조에 따른 면세대상에 해당하지 아니하는 것입니다.

다만, 산학협력단이 자기 고유의 사업목적을 위하여 해당 사업을 수행하고 실비를 받는 경우에는「부가가치세법」제26조제1항제18호 및 같은 법 시행령 제45조제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 해당사업이 산학협력단 고유의 사업목적에 해당되는지 여부와 실비에 해당되는지 여부는 사실판단할 사항입니다.

정제 정리

질의

산학협력단이 보건의료사업을 위탁받아 운영하고 사업비를 받는 경우 부가가치세 과세 여부.

회답

○ 법규부가2014-220, 2014.08.06

「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제25조에 따른 산학협력단이 보건소로부터 「지역보건법」제9조에 따른 보건의료사업을 위탁받아 운영하고 사업비를 받는 것은 「부가가치세법」제26조에 따른 면세대상에 해당하지 아니함.

다만, 산학협력단이 자기 고유의 사업목적을 위하여 해당 사업을 수행하고 실비를 받는 경우에는 「부가가치세법」제26조제1항제18호 및 같은 법 시행령 제45조제1호에 따라 부가가치세가 면제되며, 고유 사업목적 및 실비 해당 여부는 사실판단할 사항임.

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

부가가치세법 제26조제1항제18호 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
부가가치세법 제45조제1호 (대손세액의 공제특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조 (산학협력단의 설립ㆍ운영) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
지역보건법 제9조 (지역보건의료계획 시행 결과의 평가) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
부가가치세법 제26조 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석

원문이 참조한 다른 해석

법규부가2014-220 방문건강사업 대행 용역은 부가가치세가 면제되나?

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면-2014-부가-21598 (<time datetime="2015-04-19">2015.04.19</time> 회신), "산학협력단의 보건사업 위탁운영은 면세인가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000175214/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000175214)
원 제목: 정신건강증진센터 위탁운영시 부가가치세 과세 여부
공개 등급: 보관(중복·본문 짧음) · 검색 색인 제외
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-10