합병 사료회사의 공급과 공제한도는 어떻게 보나?

과·면세 겸업자인 가축계열화사업자가 두 사료회사를 흡수합병한 뒤 사업자단위과세를 적용받는다. 사료회사는 가축계열화사업자와 외부에 사료를 공급하며, 가축계열화사업자는 위탁사육농가와 계약사육농가에 사료 등을 제공한다.

사업자단위과세사업자가 과세사업장인 사료회사에서 생산한 사료를 축산업을 주업으로 하는 가축계열화사업자에게 공급하는 경우 해당 사료의 공급은 자가공급에 해당하는 것이며, 의제매입세액 한도액 계산 시 면세 농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준은 사료회사의 과세표준임

과․면세 겸업사업자인 가축계열화사업자가 “2개의 사료회사”(이하 “사료회사”라 함)를 흡수합병 후 사업자단위과세사업자 적용을 받는 경우로서

(질의1) 사료회사가 가축계열화사업자에게 공급하는 사료는「부가가치세법」제10조제1항에 따라 재화의 공급에 해당하는 것이며 「조세특례제한법」제105조제1항제5호에 따라 영세율 적용 대상으로「부가가치세법 시행령」제71조제1항제3호에 따라 세금계산서 발급이 면제되는 것임. 또한, 가축계열화사업자가 위탁사육농가에 제공하는 사료 등은 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것이나, 계약사육농가에 공급하는 사료 및 병아리 등은 재화의 공급에 해당하므로 사료에 대해서는 영세율 세금계산서를 발급하고 병아리 등에 대해서는 계산서를 발급하는 것임

(질의1-1) 사업자단위과세사업자를 포기하고 사업장별로 신고․납부하는 경우 사료회사가 가축계열화사업자에게 공급하는 사료는「부가가치세법」제9조에 따른 재화의 공급에 해당하므로 영세율 세금계산서를 발급하여야 하는 것이며, 가축계열화사업자와 위탁사육농가 및 계약사육농가 간의 (세금)계산서 발급은 (질의1)과 같음

(질의2) 사료회사의 의제매입세액 공제 한도액 계산 시, 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준은 사료회사가 외부에 판매한 사료의 공급가액과 가축계열화사업자에게 공급한 사료의 시가를 합한 금액으로 하는 것임

질의

1. 사업자단위과세 적용 시 사료회사와 가축계열화사업자 및 사육농가 사이의 사료 등 공급과 증빙 발급.

1-1. 사업자단위과세를 포기한 경우의 처리.

2. 사료회사의 의제매입세액 공제 한도액 계산방법.

회답

1. 사료회사가 가축계열화사업자에게 공급하는 사료는「부가가치세법」제10조제1항에 따른 재화의 공급이며, 「조세특례제한법」제105조제1항제5호에 따른 영세율 적용 대상으로서「부가가치세법 시행령」제71조제1항제3호에 따라 세금계산서 발급이 면제됩니다.

가축계열화사업자가 위탁사육농가에 제공하는 사료 등은 재화의 공급에 해당하지 않습니다. 계약사육농가에 공급하는 사료와 병아리 등은 재화의 공급에 해당하므로 사료에는 영세율 세금계산서를, 병아리 등에는 계산서를 발급합니다.

1-1. 사업자단위과세를 포기하고 사업장별로 신고·납부하면 사료회사가 가축계열화사업자에게 공급하는 사료는「부가가치세법」제9조에 따른 재화의 공급이므로 영세율 세금계산서를 발급해야 합니다. 가축계열화사업자와 농가 사이의 발급은 질의 1과 같습니다.

2. 사료회사의 의제매입세액 공제 한도액 계산 시 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준은 외부에 판매한 사료의 공급가액과 가축계열화사업자에게 공급한 사료의 시가를 합한 금액입니다.

국세청 법령해석 법규부가2014-287 (2014.08.26 회신), "합병 사료회사의 공급과 공제한도는 어떻게 보나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000153809/