사업양도 세금계산서의 매입세액은 공제되나?

양도인은 양수인과 영업양수도 계약을 체결하고 해당 사업을 포괄적으로 양도하였다. 사업양도에 해당하지만 세금계산서를 발급하고 세액을 신고·납부한 뒤 수정세금계산서는 발급하지 않았다. 거래대금은 거래종결일 이후 정산되었다.

양도인이 양수인과 영업양수도 계약을 체결하고 해당사업을 양수인에게 포괄양도 함에 있어 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 해당함에도 세금계산서를 발급하고 세액을 신고・납부한 후 수정세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 양수인은 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

○○사업을 영위하는 자가(이하“양도인”이라 함) 해당 사업을 포괄적으로 승계하는 자(이하“양수인”이라 함)와 영업양수도 계약을 체결하고 양도인이 해당사업을 양수인에게 포괄적으로 양도(이하“포괄양도”라 함)함에 있어 해당 포괄양도가 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 해당함에도 양도인이 양수인에게 세금계산서를 발급하고 해당 세액을 모두 신고․납부한 후 그 재화의 공급에 대하여 수정세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 양수인은 부가가치세법 제39조제1항제3호에 따라 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다. 또한, 영업양수도 계약에 따라 양도인과 양수인이 거래대금을 거래종결일 이후 정산하면서 양도인이 양수인에게 거래대금의 증가분에 대하여 같은 법 제32조 및 같은 법 시행령 제70조제1항제3호에 따라 수정세금계산서를 발급하는 경우 양수인은 이와 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

질의

재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 세금계산서가 발급된 경우와 거래종결일 이후 거래대금 증가분이 정산된 경우의 매입세액 공제 여부.

회답

양도인이 양수인에게 세금계산서를 발급하고 해당 세액을 모두 신고․납부한 후 수정세금계산서를 발급하지 아니하는 경우, 양수인은 부가가치세법 제39조제1항제3호에 따라 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있습니다.

또한 거래대금 증가분에 대하여 같은 법 제32조 및 같은 법 시행령 제70조제1항제3호에 따라 수정세금계산서를 발급하는 경우에도 양수인은 관련 매입세액을 공제할 수 있습니다.

국세청 법령해석 법규부가2013-470 (2013.11.08 회신), "사업양도 세금계산서의 매입세액은 공제되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000152153/