공익법인의 5% 초과 주식 취득은 과세되나?

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 2곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

1. 문구 변경회신 당시 시행본 2010.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

   상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제2호: 회신 당시 3개 문장·단위에서 현재 4개로 바뀌었다(수정 1개 · 신설 1개).

   무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

   종전: 삭제·수정 대상

   2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다.

   현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

   2. 출연받은 재산, 제3호에 따른 운용소득 및 제4호에 따른 매각대금을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조제3항제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 "출연"은 "취득"으로 본다)와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다.

   회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
2. 문구 변경회신 당시 시행본 2010.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

   상속세 및 증여세법 제49조 제1항: 회신 당시 3개 문장·단위에서 현재 3개로 바뀌었다(수정 1개).

   무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

   종전: 삭제·수정 대상

   ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적에 사용한 실적과 그 밖에 그 공익법인등의 공익 기여도 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다.

   현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

   ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 제48조제11항 각 호의 요건을 충족하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다.

   회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.