통합으로 받은 주식을 팔면 이월과세가 배제되나?

국세청 공식 회신문서번호 법인세과-1216회신일 2009.11.05세목 양도소득세회신 후 개정 보관 문서

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한 줄 답 · 국세청 회신 2009.11.05

주식을 처분해도 이월과세 적용은 배제되지 않으며 고정자산 양도 시 법인세로 납부한다.

중소기업 통합으로 취득한 주식을 처분하면 양도소득세 이월과세가 배제되는지 묻는다. 주식을 처분해도 이월과세 적용은 배제되지 않으며 고정자산 양도 시 법인세로 납부한다. 특수관계자 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 줄인 경우 부당행위계산부인이 별도 적용될 수 있다.

근거 조문 조세특례제한법 제31조 법인세법 시행령 제87조 법인세법 제52조

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

질의요지

중소기업간 통합에 따라 양도한 사업용 고정자산에 대한 이월과세액은 통합법인이 당해 사업용 고정자산을 양도하는 경우 법인세로 납부하는 것이므로 내국인이 중소기업통합방식을 통하여 취득한 지분을 전부 또는 일부 양도한 경우에도 이월과세를 배제하지 아니함.

본문(원문)

거주자가 「조세특례제한법」제31조의 규정을 갖추어 중소기업인 법인과 통합함에 따라 양도한 사업용 고정자산에 대해 이월과세를 적용받던 중 당해 거주자가 통합에 의해 취득한 주식을 처분한 경우에는 동 이월과세적용을 배제하지 아니하고 통합법인이 당해 사업용 고정자산을 양도하는 날이 속하는 사업연도에 대한 법인세 신고시 당초의 이월과세액을 법인세로 납부하는 것입니다.

다만, 「법인세법시행령」제87조의 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 「법인세법」제52조의 부당행위계산부인규정을 별도로 적용할 수 있는 것입니다.

정제 정리

질의

중소기업 간 통합으로 취득한 주식을 처분한 경우 양도소득세 이월과세 적용이 배제되는지.

회답

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

조세특례제한법 제31조 (중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
법인세법 시행령 제87조 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 법인세과-1216 (2009.11.05 회신), "통합으로 받은 주식을 팔면 이월과세가 배제되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000137046/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000137046)
원 제목: 중소기업간 통합으로 취득한 주식의 처분시 양도소득세 이월과세 적용배제 여부
공개 등급: 보관(중복·본문 짧음) · 검색 색인 제외
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-09