GovBrief 국세자주 묻는 질문법인세

합병 이월과세 요건을 잃으면 누가 수정신고하나?

국세청 공식 회신문서번호 법인46012-2266회신일 세목 법인세회신 후 개정
1. 질문합병 이월과세 요건을 잃으면 누가 수정신고하나?2. 공식 회신국세청 · 1999.06.163. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문3개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

피합병법인이 수정신고하거나 그 납세지 관할세무서장이 특별부가세를 경정한다.

합병 후 승계사업을 계속하지 않아 특별부가세 이월과세 요건을 잃은 경우의 처리를 묻는 사안이다. 피합병법인이 수정신고하거나 그 납세지 관할세무서장이 특별부가세를 경정한다. 가산세가 적용되지만 법정신고기한 후 6월 이내 수정신고하면 일정 요건에서 과소신고가산세의 50%를 경감한다.

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 3곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 3 · 문구 동일 0
  1. 조문 이동·변경회신 당시 시행본 1999.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제44조 제1항: 제44조에서 제50조로 이동하고 회신 당시 4개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개 · 삭제 3개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(大統領令이 정하는 資産에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 대통령령으로 정하는 사업을 하는 내국법인이 2년 이상 그 사업에 직접 사용하던 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 특수관계인 외의 다른 내국법인이 2년 이상 그 사업에 직접 사용하던 동일한 종류의 사업용자산(이하 이 조에서 "교환취득자산"이라 한다)과 교환(대통령령으로 정하는 여러 법인 간의 교환을 포함한다)하는 경우 그 교환취득자산의 가액 중 교환으로 발생한 사업용자산의 양도차익 상당액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

  2. 문구 변경회신 당시 시행본 1999.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제45조: 회신 당시 8개 문장·단위에서 현재 11개로 바뀌었다(수정 8개 · 신설 3개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조제1호의 규정에 의한 결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

  3. 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 1999.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제76조 제1항 제2호: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    2.제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액 가.그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 號에서 "不當過少申告金額"이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다. 나.가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(不當過少申告金額에 대하여는 100分의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    해당 문구 없음

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

법인이 합병으로 소유권이 이전된 부동산에 특별부가세 이월과세를 적용하였다. 합병법인은 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속 영위하지 않았다.

질의요지

합병으로 소유권이전된 부동산에 특별부가세 이월과세를 적용한 후, 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도종료일까지 피합병법인의 승계받은 사업을 계속하여 영위하지 아니하여 법인세법 제44조 제1항 각호의 요건에 해당하지 아니하게 된 경우, 이월과세된 특별부가세에 대하여 합병으로 인하여 소멸된 피합병법인이 수정신고하거나 피합병법인의 납세지관할세무서장이 특별부가세를 경정하는 것임.

본문(원문)

법인이 합병으로 인하여 소유권 이전된 부동산에 대한 특별부가세를 이월과세 적용한 후, 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속하여 영위하지 아니함으로써 법인세법 제44조 제1항 각호의 요건에 해당하지 아니하게 된 경우,

이월과세된 당해 특별부가세에 대하여는 합병으로 인하여 소멸된 피합병법인이 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 수정신고하거나 피합병법인의 납세지 관할세무서장이 특별부가세를 경정하는 것입니다.

이 경우 법인세법 제76조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 가산세를 적용하는 것이나, 수정신고서를 법정신고기한 경과후 6월 이내에 제출한 법인에 대하여는 과소신고가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감(경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우 제외)하는 것입니다.

정제 정리

질의

합병법인이 승계사업을 계속하지 않아 이월과세 요건을 충족하지 못하게 된 경우 특별부가세의 신고·경정 및 가산세 처리.

회답

1. 이월과세된 특별부가세는 합병으로 소멸된 피합병법인이 국세기본법 제45조에 따라 수정신고하거나 피합병법인의 납세지 관할세무서장이 경정한다.

2. 법인세법 제76조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 가산세를 적용한다.

3. 수정신고서를 법정신고기한 경과 후 6월 이내에 제출한 법인은 과소신고가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우는 제외한다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 법인46012-2266 (<time datetime="1999-06-16">1999.06.16</time> 회신), "합병 이월과세 요건을 잃으면 누가 수정신고하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000059623/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000059623)
원 제목
사업용 고정자산에 대한 이월과세 적용과 관련한 특별부가세 과세여부
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap