연구원 사택 아파트를 양도하면 법인세가 과세되는가?

국세청 공식 회신문서번호 서면인터넷방문상담2팀-991회신일 2006.05.30세목 법인세회신 후 개정

1. 질문연구원 사택 아파트를 양도하면 법인세가 과세되는가?2. 공식 회신국세청 · 2006.05.303. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문3개 근거 링크

한 줄 답 · 국세청 회신 2006.05.30

국민주택규모 이하 주택은 부가가치세가 면제되고, 고유목적사업에 직접 사용한 아파트의 처분수입에는 법인세가 과세되지 않는다.

비영리 연구원이 종업원 사택으로 사용한 아파트를 양도할 때의 세금 과세 여부를 물었다. 국민주택규모 이하 주택은 부가가치세가 면제되고, 고유목적사업에 직접 사용한 아파트의 처분수입에는 법인세가 과세되지 않는다. 사택 등을 임원과 사용인에게 제공한 기간이 10년 이상이면 특정 토지등 양도소득 과세 규정도 적용되지 않는다.

근거 조문 법인세법 제3조제2항제5호 법인세법 시행령 제92의2조제2항 법인세법 제55의2조제1항제2호

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

사실관계

○○연구원은 아파트를 취득하여 종업원의 거주용도로 사용하다가 양도하였다. 해당 연구원은 「과학기술분야정부출연연구기관등의설립․운영및육성에관한법률」에 따라 설립되었다.

질의요지

○○연구원이 아파트를 취득하여 종업원 거주용도로 사용하던 중 양도하는 경우, 당해 아파트는 연구원의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 그 처분으로 인한 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 아니함

본문(원문)

조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호 및 같은법 시행령 제106조 제4항 제1호의 규정에 의한 국민주택규모 이하의 주택은 부가가치세가 면제되는 것이며,

「과학기술분야정부출연연구기관등의설립․운영및육성에관한법률」에 의하여 설립된 ○○연구원이 아파트를 취득하여 종업원의 거주용도로 사용하던 중 양도하는 경우, 당해 아파트는 동 연구원의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 이의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 「법인세법」 제3조 제2항 제5호에 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니며

아울러, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원 (소액주주인 임원 포함) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택에 대해서는 법인세법 시행령 제92조의 2 제2항의 규정에 의하여 「법인세법」제55조의 2 제1항 제2호가 적용되지 않습니다.

정제 정리

질의

○○연구원이 취득하여 종업원의 거주용도로 사용하던 아파트를 양도하는 경우 부가가치세와 법인세가 과세되는지 여부.

회답

「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호 및 같은법 시행령 제106조 제4항 제1호의 규정에 의한 국민주택규모 이하의 주택은 부가가치세가 면제되는 것입니다.

아울러, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주인 임원 포함) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택에 대해서는 법인세법 시행령 제92조의 2 제2항의 규정에 의하여 「법인세법」제55조의 2 제1항 제2호가 적용되지 않습니다.

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

법인세법 제3조제2항제5호 (납세의무자) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
법인세법 시행령 제92의2조제2항 (토지등양도소득에 대한 과세특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
법인세법 제55의2조제1항제2호 (토지등 양도소득에 대한 과세특례) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담2팀-991 (2006.05.30 회신), "연구원 사택 아파트를 양도하면 법인세가 과세되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000025685/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000025685)
원 제목: 비영리내국법인의 고정자산 처분시 법인세 과세여부
공개 등급: 공개 후보 · 검색 색인 대상
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-09