(합동)조세심판결정에 따라 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 환급한 처분청의 결정이 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

국세부과제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 규정으로 국세징수권 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없어 그 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸하여 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없는 점, 이 건 관련 선심판결정은 당해 과세기간에 과세매출이 없어 불공제한 매입세액을 공통매입세액으로 보아 과세 및 면세사업 관련 예정공급가액의 비율로 안분하여 결정 또는 경정하라는 것으로 후발적 경정청구의 사유인 ‘그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 영향을 미치는 것’이 아닌 점 등에 비추어이 건 경정청구는 후발적 경정청구 사유가 아닌 것으로 보아 이를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 가축의 분뇨를 처리하여 퇴비와 액비를 제조·판매하는 것을 목적으로 하여2009.1.2. 설립된 법인으로, 가축분뇨의 수거.처리.공동자원화 시설(이하 “쟁점시설”이라 한다)의 설치 및 시험가동 등에 관하여 2009년 제1기～2013년 제1기 과세기간 중 매입세액 OOO원을 환급받는 것으로 하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청이 2013년 6월 청구법인을 면세사업자로 보아 기환급받은 세액을 수정신고하도록 권고함에 따라 환급받은 세액 OOO원을 면세사업 관련 매입세액으로 불공제하여 2013.8.22. 2009년 제1기～2013년 제1기 과세기간 중 수정신고를 하였다.

나. 청구법인은 2013.12.16. 쟁점시설이 퇴비와 액비를 농민에게 공급하기 위한 생산시설이므로 과세대상으로 보아 2011년 제2기～2013년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 경정청구를 하였으나, 처분청이 2013.12.26. 이를 거부함에 따라 2014.5.12. 심판청구를 제기하자 이에 대하여 우리 원이 해당 과세기간의 매입세액을 공통매입세액으로보아 과세 및 면세 사업 관련 예정공급가액 비율로 안분계산하도록 결정(조심 2014전2735, 2015.5.18.)하여 2015.5.27. 2011년 제2기～2013년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 환급받았다.

다. 청구법인은 2015.7.15. 심판청구를 제기하지 아니한 2009년 제1기 및 제2기 과세기간의 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)도 공통매입세액으로 예정공급가액 비율로 안분계산하여 부가가치세 2009년 OOO원을 환급할 것을 경정청구하였으나, 처분청은 2015.9.10. 「국세기본법」제45조의2 에 따른 후발적 경정사유에 해당하지 아니한다고 보아 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인에 대한 선심판례(조심 2014전2735, 2015.5.18.)는 쟁점시설의 준공 및 운영과 관련된 매입세액이 공통매입세액에 해당되므로 예정공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 경정하는 것이 타당하다고 판단하여 처분청이 이에 따라 2011년 제2기～2013년 제1기 부가가치세를 경정하여 환급하였다. 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호는 후발적 경정청구의 사유 중 하나로 ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’를 열거하고 있으므로, 처분청의 결정.경정을 직접 원인으로 하여 다른 과세기간의 과세표준 및 세액이 후발적으로 과다하게 된 경우 후발적 경정청구가 인정되는 것인데, 위 선심판례에 따른 처분청의 2011년 제2기～2013년 제1기 부가가치세 환급결정은 이 건 2009년 제1기～2009년 제2기 부가가치세가 과다하게 된 직접 원인이 되므로 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 따라서 청구법인이 위 심판결정서를 수령하여 「국세기본법」제45조의2 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 내인 2015.7.15. 경정청구를 하여 기간을 준수하였음에도 처분청이 후발적 경정청구 사유를 충족하지 못한다고 보아 같은 법 제45조의2 제1항에 규정된 일반적 경정청구기간(3년)을 적용하여 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 이 건 2009년 제1기～2009년 제2기 과세기간의 쟁점시설에 대한 쟁점매입세액은 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 규정된 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나, 위 심판결정은 당해 과세기간(2011년 제2기～2013년 제1기)에 과세매출이 없어 불공제한 매입세액을 공통매입세액으로 보아 과세 및 면세 사업 관련 예정공급가액의 비율로 안분하라는 것으로, 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 영향을 미치는 것이 아니다. 따라서 쟁점매입세액에 대한 경정청구는 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하고 경정청구 당시 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 일반적 청구기간이 경과하여 부적법하므로 이를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세심판결정에 따라 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 환급한 처분청의 결정이 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO에서 가축의 분뇨를 처리하여 퇴비와 액비를 제조 및 판매하는 것을 목적으로 하여 2009.1.2. 설립되었다.

(2) 청구법인이 이 건 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세의 경정청구에 대한 거부처분에 불복하기까지의 경위는 다음과 같이 나타난다. (가) 청구법인은 2009년 제1기～2013년 제1기 부가가치세 중 쟁점시설의 설치 및 시험가동 등과 관련한 매입세액 OOO원을 환급받는 것으로 하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 2013년 6월 청구법인에게 가축분뇨의 수거비용 및 퇴비·액비의 판매수입 내역을 제출하도록 한 후 청구법인을 면세사업자로 보아 기환급받은 세액을 수정신고하도록 권고하였다. (나) 청구법인은 2013.8.22. 신고한 과세매출을 면세매출로 정정하여 기환급받은 세액 OOO원을 면세사업 관련 매입세액으로 불공제하여 2009년 제1기～2013년 제1기 부가가치세 OOO원을 납부하겠다는 수정신고를 하였으나, 2013.12.16. 쟁점시설은 단순히 가축분뇨를 처리하기 위한 것이 아니라 퇴비와 액비를 농민에게 공급하기 위한 생산시설이므로 과세대상으로 보아 2011년 제2기～2013년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 환급할 것을 경정청구하자 처분청은 이를 거부하였다. (다) 청구법인은 2014.5.12. 처분청의 위 경정거부처분에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 이에 대하여 2015.5.18. 쟁점시설의 준공 및 운영과 관련된 매입세액을 공통매입세액으로 보아 과세 및 면세 사업 관련 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 세액을 경정하도록 결정(조심 2014전2735, 2015.5.18.)하였으며, 청구법인은 이에 따라 2015.5.27. OOO원을 환급받았다.

(라) 청구법인이 심판청구를 제기하지 아니한 2009년 제1기～2011년 제1기 부가가치세에 대하여 2015.6.25. 처분청에 고충을 신청하자 처분청은 2015.7.9. 2010년 제1기～2011년 제1기 부가가치세 합계 OOO원은 환급하였으나, 2009년 제1기～2009년 제2기 부가가치세는 국세부과제척기간의 경과를 이유로 거부하였다. (마) 청구법인이 2009년 제1기～2009년 제2기 부가가치세에 대하여 2015.7.15. 이 건 경정청구를 제기하자, 처분청은 이를 거부하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세에 대한 이 건 경정청구는 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나, 국세부과제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 규정으로 국세징수권 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없어 그 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸하여 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없는 점, 후발적 경정청구 사유를 규정한 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호는 납세자가 적법하게 신고하였으나 그 귀속시기 등을 잘못 판단한 경우 처분청이 법원의 판결 등에 기인하여 올바른 귀속시기를 결정 또는 경정하는 것을 뜻하고 이 건은 매입세액이 과세사업에 관련한 것인지 여부가 문제될 뿐 귀속시기의 오류가 있었다고 보기 어려운 점, 2011년 제2기～2013년 제1기 과세기간에 대한 선심판결정(조심 2014전2735, 2015.5.18.)은 당해 과세기간에 과세매출이 없어 불공제한 매입세액을 공통매입세액으로 보아 과세 및 면세사업 관련 예정공급가액의 비율로 안분하여 결정 또는 경정하라는 것으로 후발적 경정청구의 사유인 ‘그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 영향을 미치는 것’이 아닌 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.