부동산등기특별조치법에 의한 등기라도 잔금청산일이 불분명하고 잔금지급약정일이 확인안되므로 그 등기접수일을 취득시기로 함(경정)

특조법에 의해 소유권이전등기한 재산의 취득시기는 대금청산일ㆍ잔급지급약정일ㆍ등기접수일순이므로 토지의 취득시기는 등기접수일로 보아야 함에도 불구하고 의제취득시기를 적용함은 부당함

1. 처분 개요

청구인은 강원도 홍천군 남면 OO리 O OOOO 임야 143,901㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(법률 제3094호 78.3.1, 이하 “특조법”이라 한다)에 의하여 83.4.22 청구인 앞으로 소유권 이전등기를 하였다가 96.4.13 청구외 OOO외 1인에게 양도하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일인 83.4.22이라 하여 96.6.27 자산양도차익 예정신고를 한데 대하여 그 등기원인일이 68.4.7이라 하여 취득시기를 소득세법 부칙 제16조의 규정에 의한 의제취득일인 77.1.1로 하고 취득 및 양도가액을 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하여 산출한 96년도 귀속 양도소득세 8,040,960원을 97.1.16 청구인에게 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.2.28 심사청구를 거쳐 97.4.17 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 96.4.13 쟁점부동산을 양도한 후 96.6.27 양도소득세 예정신고시 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일인 83.4.22로 하고 기준시가에 의한 양도차익을 계산하여 양도소득세를 예정신고납부하였으나, 처분청이 그 취득시기를 소득세법 부칙 제16조의 규정에 의한 의제취득일인 77.1.1로 보아 양도소득세를 추가로 부과한 처분은 위법 부당하다.

나. 국세청장 의견 청구인이 96.6.27 양도소득세 예정신고시 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일인 83.4.22로 보아 양도차익을 계산하여 신고하였으나, 쟁점토지는 특조법에 의하여 68.4.7 매매를 원인으로 소유권을 이전 등기한 것으로 그 실제취득일은 등기원인일인 68.4.7로 보아야 하고 소득세법 부칙 제16조의 규정에 의하여 쟁점토지의 취득시기는 의제취득일인 77.1.1이므로, 처분청이 이에 근거하여 기준시가에 의한 양도차익을 계산하여 청구인에게 양도소득세를 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

특조법에 의하여 소유권 이전 등기한 쟁점토지의 실지취득일을 그 등기원인일인 68.4.7로 하여 의제취득시기인 77.1.1을 취득시기로 하여야 할지 등기접수일을 취득시기로 하여야 할지를 가리는데 있다.

나. 관계법령 소득세법 제27조 에 의하면 「자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다」라고 규정하고, 같은 법 시행령 제53조의 제1항에는 「법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날로 한다」라고 하면서 제1호에서는 「대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다」라고 규정하고 있으며, 같은 법 부칙(’74.12.31 법률 제2705호) 제16조(’88.12.26 개정)에서 「제23조에 규정하는 자산중 토지·건물로서 ’76.12.31 이전에 취득한 것은 ’77.1.1에 취득한 것으로 본다」고 규정하고 있는 한편, 소득세법령의 본문이나 부칙에서 특조법에 의거 등기한 부동산의 취득시기 또는 양도시기와 관련하여 달리 별도의 규정을 두고 있지 아니하다. 특조법(부동산소유권이전등기등에 관한 특별조치법, ’77.12.31 제정)은 제1조(목적)에서 「이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기함을 목적으로 한다」고 규정하고 있고, 제2조(적용범위)에서 이 법은 이 법 시행일 현재 토지대장 또는 임야대장에 등재되어 있지 아니한 토지와 건축물대장에 등재되어 있지 아니한 건물로서 「1974.12.31 이전에 매매·증여·교환등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 적용한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계를 본다. 가) 쟁점토지는 특조법에 의하여 68.4.7 매매를 등기원인으로 83.4.22 청구인 앞으로 소유권이전등기(취득등기)되었음이 등기부등본상 확인된다. 나) 청구인은 쟁점토지를 96.4.13 양도한 후 그 취득시기를 83.4.22 양도시기를 96.4.13로 하고 기준시가에 의하여 양도차익을 계산, 양도소득세를 96.6.27 예정 신고한 사실이 동 신고 관련기록에 의하여 확인된다. 다) 쟁점토지의 경우 청구인이 이를 취득함에 있어서 그 취득대금이 청산된 사실이나 또는 그외 어느 날에 청산되었는지가 객관적인 자료에 의하여 확인되지 아니하며, 또 매매계약서의 제출이 없어 잔금지급약정일도 확인되지 아니한다.

(2) 살피건대 첫째, 특조법(’77.12.31 제정)은 그 제1조 및 제3조에 의하면 74.12.31 이전에 매매·증여·교환등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산을 그 대상으로 하여 간이한 절차에 의거 등기부를 정리할 수 있도록 한 간이절차법에 불과하므로 특조법에 의한 소유권이전등기가 있었다 하더라도 동법에 의하여 소유권이전등기가 된 법률행위는 언제나 74.12.31 이전에 이루어진 것이 라고 보아야 하는 것은 아니라 할 것이고 (대법원 83누283 증여세 등 부과처분 취소, 93.12.13 같은 취지) 둘째, 자산의 양도차익을 계산함에 있어 당해 자산의 취득시기와 양도시기는 다같이 그 양도당시의 규정에 따라 판단하는 것인데, 쟁점부동산의 양도당시 시행된 소득세법 제27조 및 같은 법 시행령 제53조 제1항 제1호에 의하면 당해 부동산의 취득시기 또는 양도시기는 대금을 청산한 날로 하게 되어 있고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일.

다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 하게 되어 있는 한편, 등기원인일로 한다거나 특조법에 의하여 등기된 부동산의 경우와 관련하여 달리 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 특조법에 의하여 등기된 부동산의 경우라 하더라도 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는 소득세법령상의 규정에 의할 수밖에 없다 하겠으며 셋째, 특조법에 의하여 68.4.7 매매를 등기원인으로 83.4.22 청구인 앞으로 소유권이전등기한 쟁점부동산의 경우 74.12.31이전에 취득한 것으로 일응 추정은 되지만 위 “첫째”에서 본 바와 같이 그 취득 법률행위가 언제나 74.12.31이전에 이루어진 것이라고 볼 것은 아니고, 부동산 등기부에 기재된 등기원인일에 잔금청산이 있었다고 볼 근거가 없으며, 또 달리 객관적인 자료에 의하여 그 취득시의 잔금청산일이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 매매계약서의 제출이 없어 잔금지급약정일도 확인되지 않는 한편, 등기부에 기재된 등기접수일은 83.4.22로 확인되는 바, 이상 내용을 종합하여 볼 때, 특조법에 의한 등기에 있어서 등기부에 기재된 등기원인의 경우 용이한 절차에 의한 등기부정리 목적상 당사자간에 효력이 있음은 별론으로 하고, 자산의 양도차익 계산 목적상 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는 소득세법 제27조 및 같은 법 시행령 제53조 제1항 제1호의 규정에 따라야 할 것으로 쟁점부동산의 취득시기는 그 등기부에 기재된 등기접수일인 83.4.22로 봄이 적법한 것으로 인정된다.

(국심95부2028, 95.9.2 같은 취지, 국세청 예규 재산46014-3993, ’93.11.10 및 재산01254-3299, 88.11.14 참조) 그렇다면 쟁점토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기는 83.4.22이고, 따라서 76.12.31 이전에 취득한 것이 아니므로 소득세법 부칙(’74.12.31 법률 제2705호) 제16조(88.12.26 개정)의 적용대상이 아닌 바, 이와 달리 처분청이 동 부칙을 적용함으로써 쟁점토지의 취득시기를 77.1.1로 의제하여 양도차익을 계산, 본건 과세하였음은 부당한 반면, 쟁점토지의 취득시기를 83.4.22로 하여 본건 처분에 대한 경정을 구하는 청구주장은 이유 있는 것으로 판단된다.

(3) 따라서 이건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.