안분계산된 공통매입세액의 적정성 여부(기각)

처분청에서 쟁점공통매입세액에 대하여 쟁점건물의 건축허가서 및 임대차계약서에 의하여 과세면적과 면세면적을 구분하고, 동 면적비율에 의하여 쟁점공통매입세액을 안분계산한 후, 면세면적에 관련된 공통매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분은 정당함

1. 사실 및 처분개요청구법인은 서울특별시 성북구 OO동 OO에 본점을 둔 비영리법인으로서, 경기도 부천시 원미구 OO동 OOO외 12필지상에 소재하는 OOO대학교부속 OO병원내에 OOO관 건물(지하 2층, 지상 5층, 9,536.9㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다) 증축공사를 1997.5.13 착공한 후, 1998.12.31 사업자등록을 하고, 1999년 1기 부가가치세 예정신고시 쟁점건물 신축중 교부 받은 세금계산서상의 매입세액 268,704,650원을 환급세액으로 신고하였다.처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사시, 위 환급세액신고액중 매입세액 131,999,990원과 관련된 세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라 하여 동 매입세액을 불공제하고, 나머지 매입세액 136,704,660원(이하 “쟁점공통매입세액”이라 한다)은 과세사업과 면세사업에 관련된 공통매입세액으로 보고, 쟁점공통매입세액을 쟁점건물의 과세사업면적(임대면적)과 면세사업면적(장례식장 면적)으로 안분계산하여, 면세사업면적에 관련한 68,461,630원을 불공제한 후, 1999.5.28 청구법인에 1999년 1기 예정 부가가치세 25,544,590원을 환급결정하였다.청구법인은 이에 불복하여 1999.6.17 심사청구를 거쳐 1999.OO.21 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장청구법인은 쟁점건물의 지상 2층 일부와 3층～5층은 학교법인 OOO대학교부속 OO병원에 임대계약을 체결하였으며, 지하 1층, 지상 1층 및 2층 일부에는 면세사업인 장례식장 사업과 과세사업인 식당, 장의용품매장, 매점, 자동판매기 사업을 겸용해서 사용할 예정이었고, 또한 1999.7.1 이후 실지로 사용중인 바, 쟁점건물의 임대사업과 임대외 사업은 그 사용면적이 명백히 확인되므로 사용면적에 따라 공통매입세액을 안분계산하면 임대사업은 52.58%, 임대외 사업은 47.42%로 배분되고, 임대외 사업에 안분 된 공통매입세액은 사업계획서상의 과세사업(식당, 장의용품매장, 자동판매기)과 면세사업(장례식장)의 예정공급가액의 비율에 따라서 배분하면 과세사업은 80.52%, 면세사업은 19.48%로 배분되어 공통매입세액 안분비율은 과세사업 90.76%, 면세사업 9.24%로 계산되므로, 위 안분비율에 따라 쟁점공통매입세액을 안분하여 매입세액을 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견청구법인은 지하 1층, 지상 1층 및 2층 일부를 과세사업으로 사용할 예정면적이라고 주장하고 있으나, 건축허가서상 지하 1층 및 지상 1층은 영안실, 2층은 연구실 및 검진센타인 사실이 확인되며, 또한 식당, 커피숍 등으로 건축허가가 변경된 사실이 확인되지 아니하므로, 이에 해당하는 면적은 면세사업인 장의사업과 관련된 예정사용면적으로 보는 것이 타당하고, 쟁점공통매입세액의 안분계산에 있어서, 청구법인이 건물준공후 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에, 총사용면적에 대한 과세사업의 면적비율에 의하여 공통매입세액을 정산함은 별론으로 하더라도, 처분청에서 건축허가서 및 청구법인의 임대차계약서 등에 의하여 쟁점공통매입세액을 안분계산한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리법인인 청구법인이 쟁점건물을 신축하면서 교부 받은 세금계산서의 매입세액중 공통매입세액을 쟁점건물의 과세사업면적(임대면적)과 면세사업면적(장례식장 면적)으로 안분계산하여 면세사업관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조【납부세액】제2항에서「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액」이라고 규정하고 있으며,같은 법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항에서「사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.면세사업에 관련된 매입세액=공통매입세액×(면세공급가액 / 총공급가액)」이라고 규정하고 있고,제4항에서「제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. (생략)

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율」이라고 규정하고 있다.같은 법 시행령 제61조의2【공통매입세액의 정산】에서「사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다」고 규정하고 있다(각호 생략).

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1997.4.23 쟁점건물 증축공사의 건축허가를 받아 1997.5.13 착공한 후, 1998.12.31 사업자등록을 하고, 1999.1기 부가가치세 신고시 교부 받은 세금계산서의 매입세액을 환급세액으로 신고한 사실이 건축허가서, 사업자등록증 및 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 청구법인이 신고한 매입세액중 일부 매입세액(131,999,990원)관련 세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라 하여 동 매입세액의 공제를 부인하고, 나머지 매입세액 136,704,660원(쟁점공통매입세액)을 공통매입세액으로 보고, 아래 표에서 보는 바와 같이 쟁점건물의 건축허가서와 1998.11.30 청구외 학교법인 OOO학원과 체결한 임대차계약서에 의하여 과세면적(4,761.2㎡)과 면세면적(4,775.7㎡)으로 구분하고, 쟁점공통매입세액을 위 면적비율로 안분계산하여 면세사업면적에 관련된 매입세액(68,461,630원)을 불공제하여 과세하였음이 쟁점건물의 건축허가서, 임대차계약서 및 결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.쟁점건물의 과세면적 및 면세면적 구분 내역(㎡)

구 분

총면적

건축허가서상 용도

과세면적

(임대면적)

면세면적

(장례식장)

지하1층

1,739.3

영안실

-

1,739.3

1층

1,661.3

〃

-

1,661.3

2층

1,378.5

검진센타, 연구실

315

1,063.5

3층

1,378.5

연구실

1,378.5

-

4층

1,378.5

사무실

1,378.5

-

5층

1,378.5

강당, 사무실

1,378.5

-

소계

8,914.6

4,450.5

4,464.1

지하2층

(공용면적)

622.3

기계, 전기실

3OO.7

311.6

합계

9,536.9

4,761.2

4,775.7

(3) 청구법인은 처분청이 면세면적으로 본 쟁점건물의 장례식장 면적에 과세사업인 식당, 장의용품 매장, 매점 등이 포함되어 사용할 예정이었으며, 쟁점건물의 임대면적과 비임대면적은 그 면적이 확인되므로 위 면적비례로 안분한 후, 비임대면적은 사업계획서상 공급가액이 확인되므로 동 공급가액 비율로 안분계산하여 과세사업(임대사업 및 식당, 장의용품 매장, 매점 등)과 면세사업(장례식장)을 구분하여야 한다고 주장하면서, 이사회 회의록 및 그 첨부물인 사업계획서, 건물사용계획서 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.청구법인은 1997.3.3 이사회에서 수입사업을 운영할 것을 결의하고, 쟁점건물의 사용계획과 사업계획을 수립한 바 있으므로 동 계획에 따라 쟁점공통매입세액을 안분계산하여야 한다고 주장하고 있는 바, 동 사업계획서에 의하면 쟁점건물의 사업수입계획이 아래 표와 같이 되어 있으나, 청구법인은 처분청의 부가가치세 환급 현지확인 조사시 위 증빙을 제시하지 아니하다가 이 건 심판청구에 이르러 제시하여, 위 증빙을 신빙성 있는 것으로 받아들이기 어려울 뿐만 아니라,쟁점건물의 사업수입계획(백만원)

과세사업

면세사업

합계

임대수입

상품매출

식당수입

소계

영안실 수입

1,200

2,760

960

4,920

900

5,820

부가가치세법시행령 제61조에 의하면, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 부가가치세 신고시 예정공급가액비율 또는 예정사용면적비율 등에 의하여 안분계산하여 신고하도록 규정하고 있으나, 청구법인은 1999.1기 부가가치세 신고시 쟁점공통매입세액을 매입세액공제액으로 신고하였을 뿐 위 비율 등에 의하여 안분계산하여 신고한 사실이 없었던 점으로 미루어 볼 때, 당초 쟁점건물의 사용계획이나 사업계획이 위와 같이 수립되어 있었다는 청구법인의 주장은 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

따라서 처분청에서 쟁점공통매입세액에 대하여 쟁점건물의 건축허가서 및 임대차계약서에 의하여 과세면적과 면세면적을 구분하고, 동 면적비율에 의하여 쟁점공통매입세액을 안분계산한 후, 면세면적에 관련된 공통매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제 81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.