의제 매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여 의제매입세액을 공제할 수 있는지의 여부(취소)

단서규정은 모법인 부가가치세법 및 동시행령에 위반되는 무효의 규정이므로 의제매입세액 공제를 함이 타당함

1. 사실 청구법인은 부가가치세를 면세로 공급받은 옥수수를 원재료로 하여 부가가치세가 과세되는 고량주를 제조하는 사업자로서 88년 제1기 과세기간중에 공급받은 옥수수매입가액 191,100,000원에 대한 의제매입세액 9,100,000원을 매출세액에서 추가공제하여 88.12.2 수정신고한데 대하여 처분청이 89.1.10자로 의제매입세액을 공제배제하고 환급을 거부한 처분에 대하여, 청구법인은 이에 불복하여 89.1.18 심사청구를 거쳐 89.4.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 부가가치세법 제17조 제3항 및 동법시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 및 가공한 재화가 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있고, 그 계산방법만을 재무부령에 위임하고 있으므로 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정이 모법의 위임범위를 벗어나 의제매입세액 공제대상을 제한한 것은 무효의 규정이므로 처분청에 88.12.2자로 88년제1기분 부가가치세를 수정신고(88.12.2)하여 환급신청한 의제매입세액 9,100,000원을 환급거부한 처분은 부당하니 취소하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물, 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다”라고 규정하고 있고, 부가가치세 시행령 제62조 제1항에 “법제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항은 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다. 다만, 별표3 의제 매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있고, 별표3 제1호에서 주세법의 규정에 의한 주류는 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화로 규정하고 있으므로 처분청이 전시 법조에 의거 청구법인이 공급받아 고량주의 제조에 사용된 옥수수에 대하여 의제매입세액공제를 배제한 당초처분은 아무런 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구는 부가가치세법 시행규칙 “별표3”에 규정한 “의제 매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업”에 대하여 의제매입세액을 공제할 수 있는지의 여부를 가리는데 그 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

88년 제1기분 부가가치세 수정신고 경위를 보면, 청구법인은 88.12.2자로 88년 제1기 해당 의제매입세액 9,100,000원을 매출세액에서 추가공제 하여 국세기본법 제45조 규정에 의한 수정신고를 적법하게 하였으나, 청구법인이 영위하는 사업이 의제매입세액 공제대상의 제조업에 해당하지 아니한다 하여 89.1.10자로 처분청은 이를 거부하였음이 처분청이 당심판소에 제출한 부가가치세 과세표준 수정신고서등 관련서류에 의하여 확인되고 있고, 의제매입세액 공제대상의 농산물을 청구법인이 구입한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없음을 알 수 있다. 먼저, 이 건 과세당시의 관련규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”라고 소위 의제매입세액공제를 규정하였고, 이 제3항의 규정에 따라 동법시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인 동법 시행규칙 제19조 제1항에서는 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다”고 한 다음, 단서에서 “다만, 별표3 의제매입세액 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다.

살피건대, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 문언으로 볼 때, 그 단서의 취지는 별표3에 게기된 제조업에 대하여는 같은항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바, 이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다. 그러나 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액공제 자체를 불가능하게 하고 있음은 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니할 수 없다. 왜냐하면, 부가가치세법 제17조 제3항이 “.... 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”고 하고, 동시행령 제62조 제1항이 “.... 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 ... 농산물... 의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 하고 있는 바, 부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액계산방법만을 시행령에 위임하였고, 동시행령 제62조 1항도 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 공제율을 정하도록 하였음에도 동법 시행규칙 제19조 제1항 본문에서 부가가치세법시행령 제62조 제1항의 규정을 위임받아 그 율을 105분의 5로 정하면서 그 단서에서 별표3에서 정한 제조업에 대하여는 이를 적용할 수 없도록 규정함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으나, 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동시행령에 위반되는 무효의 규정이라 아니할 수 없기 때문이다.

또한, 전시 국세청장 의견에서 위 단서의 규정은 공제율을 영(0)으로 정한 것이라 하나 동 단서규정의 표현문구로 볼 때 공제율을 영(0)으로 정한 것으로 인정되지 아니하며 가사 그렇다고 하더라도 결국은 의제매입세액공제를 불가능하게 하는 것이 되어 결론이 달라질 수 없다 할 것이다. (대법원 전원합의부 판결 86누 734, 87.12.22, 국세심판소 합동회의 88중 32, 88.4.4동지) 따라서, 처분청이 청구법인에게 88년 제1기분 해당 의제매입세액 9,100,000원을 환급거부한 처분은 위법부당한 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.