양도가액을 실지거래가액으로 할 것인지, 기준시가로 할 것인지 여부(취소)

양도당시의 실지거래가액만이 밝혀 졌을 뿐 그 취득시가가 불분명한 경우에 해당하므로 양도가액과 취득가액 모두를 기준시가에 의하는 것이 타당함

1. 사실청구법인은 경기도 부천시 남구 OO동 OOOO에 소재하는 학교법인으로서 부천시 OO동 OOOOO에 소재하는 4필지의 교사부지 29,701평방미터(8,984.5평)를 58.9.9 및 62.6.13 에 취득하여 88.10.29 청구외 법인 주식회사 OO주택에 2,875,056,800원에 양도하고, 취득가액은 75.1.1 (의제취득일) 현재의 기준시가로, 양도가액은 양도당시의 기준시가로 양도차익을 계산하여 특별부가세분 법인세는 학교기본재산의 양도로 인한 감면신청을 하고 동 방위세 2,696,160원은 89.5.29 자진신고 납부하였고, 처분청은 이 건 토지의 양도당시 실지거래가액이 확인되므로 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가로, 양도가액은 실지거래가액으로 양도차익을 결정하여 90.1.3 이 건 방위세 167,705,450원을 고지처분하였으며, 청구법인은 위 처분에 불복하여 90.2.19 심사청구를 거쳐 90.5.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

2.

청구주장이 건 관계법령을 보면,법인세법 제59조의 2제3항에서 양도차익은 양도가액에서 취득가액을 공제한 금액으로 하되 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있으며,동법 시행령 제124조의 2제6항에서는 위의 기준시가는소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을 뿐 법인세법과 그 시행령의 어디에도소득세법 시행령 제170조제4항 제1·2호의 거래유형에 따른 양도차익 계산방법을 규정한소득세법 시행령 제170조제1항의 단서와 같은조항이나 소득세법 시행령의 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 법인세 특별부가세의 양도차익 계산방법을 규정한 위 법인세법 및 동 시행령의 해석 적용에 있어서 비록 그 거래유형이소득세법 제170조제4항 제1·2호의 그것과 유사하다고 하더라도 조세법률주의의 원칙상소득세법 시행령 제170조제1항의 단서를 준용하거나 이를 유추적용할 수 없는 것이며, 전시법인세법 제59조의 2제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다고(86누071, 87.10.26 대법원 판결)하는 바,이 건과같이 74.12.31 이전에 취득하고 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 경우에는 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가(16,150,713원)를 적용하고 양도가액 역시 88.10.29 현재의 기준시가(68,234,100원)를 적용하여 법인세 특별부가세 과세표준을 계산하여야 한다는 것이 대법원 판례 및 심판례의 한결같은 견해으므로 처분청이 이 건 실지양도가액에 의하여 결정한 당초처분은 법인세법 조항을

확대해석하여 부과한 부당한 처분으로 이는 취소되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견법인세법 제59조의 2제3항의 규정을 보면, 장부의 기장의무가 있는 법인의 특별부가세 과세표준은 원칙적으로 실지거래가액에 의하여 계산하는 것이라 할 것이므로 이 건과 같이 74.12.31 이전에 취득하여 88.10.29 양도한 토지의 취득 및 양도당시의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 양도가액은 실지거래가액으로, 그 취득가액은 법인세법 시행령 부칙 제7조의 규정에 의거 75.1.1 현재의 기준시가로 계산함이 타당하고 이를 달리하는 청구주장은 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점이 건은 학교법인이 74.12.31 이전에 취득한 부동산을 88.10.29 양도한데 대한 특별부가세 과세표준의 계산에 있어서 취득가액을 75.1.1(의제취득일) 현재의 기준시가로 할 경우 양도가액을 실지거래가액으로 할 것인지, 기준시가로 할 것인지 여부를 가리는 데 다툼이 있다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건의 처분경위과 청구주장을 살펴보면, 청구법인은 74.12.31 이전 취득한 토지를 88.10.29 에 일괄양도하고 법인세 특별부가세분 방위세를 신고납부 하였으나 처분청은 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가에 의하고, 양도가액은 실지거래가액으로 하여 양도차익을 결정하여 고지처분하였고, 청구법인은 법인세법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호 개정) 제7조의 규정에 의하여 75.1.1 현재의 기준시가를 취득가액으로 할 것이며, 이 경우의 취득가액은법인세법 제59조의 2제3항 단서 규정의 불분명한 가액에 해당하므로 이 건 양도가액도 기준시가에 의한 금액으로 하여 특별부가세분 방위세를 경정하여야 한다고 주장하고 있다.

이 경우 양도차익계산에 대한 관계법령규정을 보면,법인세법 제59조의 2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서동법 시행령 제124조의 2제6항에서는 “법 제 59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 74.12.31 이전에 취득한 것은 75.1.1 에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 동법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31 까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정함으로써 74.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있다.

그렇다면 이 건 청구법인의 양도차익을 계산함에 있어서 전시한 법인세법 시행령 부칙 제7조의 규정에 의거 75.1.1 현재의 기준시가를 취득가액으로 적용함에는 다툼이 없고, 이때 75.1.1 현재의 기준시가를 적용하는 것은 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 경우 즉, 취득가액이 불분명한 경우를 의미하는 것이라고 볼 수 있으며, 전시한법인세법 제59조의 2제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두가액중 어느한쪽이 불분명한 경우도 포함된다고 보는 것이 대법원판례나 최근의 심판결정례의 견해이며(동지 대법원 86누201, 88.11.22 및 국심 89서2263, 90.2.28등), 한편소득세법 시행령 제170조제1항 단서에서는 양도가액 또는 취득가액중 어느하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른하나는 동령 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가(환산가액)에 의하여 결정하도록 규정하고 있으나 이 건 양도당시(88년)의 법인세법과 그 시행령에는 어느조항에도소득세법 시행령 제170조제4항 제1,2호의 거래(국가·지방자치단체와의 거래, 부동산투기거래) 유형에 따른 양도차익계산방법을 규정한동법 시행령 제170조제1항 단서와 같은(환산가액 적용) 조항이나 또는 같은 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 법인세 특별부가세의 양도차익계산방법을 규정한 전시 법인세법 및 그 시행령의 해석적용에 있어서는 비록 그 거래유형이 위소득세법 시행령 제170조제4항 제1,2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 위소득세법 시행령 제170조제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다(동지 대법원

88누6269, 88.12.13 및 국심 88서1359, 89.2.3 등). 그러므로 이 건의 경우 양도당시의 실지거래가액만이 밝혀 졌을 뿐 그 취득가액인 75.1.1 현재의 시가가 불분명한 경우에 해당하므로 양도가액과 취득가액 모두를 전시한법인세법 시행령 제124조의 2제6항 및소득세법 시행령 제115조제1항 제1호의 규정에 의하여 산정한 기준시가에 의하여야 한다는 것이 전시한 관계법령 및 판례등의 취지에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다(동지 대법원 86누671, 87.10.26 및 국심 88전1653, 89.3.22등).

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.