과세유형전환(일반과세자→과세특례자) 통지없이 재고납부세액을 계산하고 부가가치세를 과세한 처분의 당부(기각)

과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였으므로 쟁점건물의 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 제2기 부가가치세 납부세액에 가산하여 과세한 처분은 적법

1. 처분개요

청구인은 93.4.29 부동산임대업(일반과세자)으로 사업자등록을 하고 대전광역시 대덕구 OO동 OOOOOOO 소재 대지 801.2㎡ 지상에 지하1층· 지상4층 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 93.12.7 준공하여 93.12월부터 부동산임대용역을 제공하고 93년 제2기 쟁점건물의 임대수입금액을 397,054원으로 신고하였다.처분청은 「청구인의 93년 제2기 부가가치세신고 과세표준에 대한 1역년 공급대가 환산금액이부가가치세법 시행령 제74조(과세특례의 범위) 제1항 제1호에서 규정한 금액(3,600만원)에 미달되고, 청구인이부가가치세법 제30조(과세특례의 포기) 제2항에 따른 과세특례포기의 신고를 법정기한(94.6.20)내에 하지 아니하여, 청구인의 경우 과세유형전환에 관한 통지없이 자동적으로 94.7.1 일반사업자에서 과세특례자로 과세유형이 전환되었으나 청구인은부가가치세법 시행령 제74조의 3(과세특례자의 과세표준 및 세액의 계산) 제3항 및 같은 법 시행규칙 제23조의 3(과세특례전환시의 세액계산 특례)의 규정에 따른 재고납부세액을 신고하지 아니하였다」는 대전지방국세청의 감사지적에 따라 청구인이 신고·납부하지 아니한 쟁점건물의 신축과 관련하여 환급된 부가가치세중 36,939,454원을 재고납부세액으로 보아 95.12.16 청구인에게 94년 제2기분 부가가치세 40,633,390원을 경정고지하였다가 동 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구인의 주장을 받아들여 96.5.31 결정취소하였으며, 이후 위의 결정취소가 부당하다는 대전지방국세청의 감사지적에 따라 96.12.16 청구인에게 94년 제2기분 부가가치세 36,939,440원을 재경정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 97.2.6 심사청구를 거쳐 97.4.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장과세유형을 전환할때는부가가치세법 시행령 제74조의 2(과세특례 및 일반과세의 적용시기) 제2항의 규정에 따라 소관세무서장이 변경되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하고, 과세기간 개시전일까지 정정된 사업자등록증을 교부하여야 함에도 처분청은 변경통지나 사업자등록증의 교부등을 하지 않았으며, 청구인을 일반과세자로 보아 예정고지세액으로 94년 10월에 77,310원, 95년 4월에 1,183,410원, 95년 10월에 1,184,670원을 고지하였고, 청구인은 그 세금을 성실히 납부하였다. 한편, 청구인의 실질적인 임대시기는 94년 제1기로서 94년 제1기 과세표준 7,028,838원과 제2기 과세표준 12,511,359원을 신고납부하였으며, 이 과세표준이 특례과세표준에 해당되어 95.6.9 특례포기신고서를 제출하였다.

따라서부가가치세법 시행규칙 제23조의 3제4항 내지 제6항을 살펴볼 때 소관세무서장은 재고납부세액의 신고가 없더라도 전환일로부터 90일내에 이를 조사결정하여 통지하여야 함에도 이러한 조치를 하지 않았으며,국세기본법 제15조에서도 세무공무원은 신의에 따라 그 직무를 이행하도록 규정하고 있는 바, 처분청은 청구인을 93.7.29 및 94.7.27 일반과세자로 검인하여 주었고, 96.6월 주소변경 사업자등록정정신청시에도 아무런 변동없이 사업자등록증을 일반과세자로 교부하였을 뿐 아니라부가가치세법 시행령 제74조제4항에서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 자는 특례적용이 배제된다고 규정하였고, 국세청고시에서도 당시 직할시지역의 200평이상의 건물임대업은 과세특례배제 기준으로 고시하였으므로 청구인을 일반과세자로 적용하다가 과세특례자로 간주하여 재고납부세액을 고지함은 신의성실의 원칙에 위반하는 위법한 업무처리라고 할 것(국심 95전29, 95.5.24 참고)으로 청구인이 일반과세자로서 아무런 의심없이 부가가치세를 신고납부한 것을 2년반이 경과한 후에 과세특례자로 간주하여 납세자에게 불리한 세금을 고지함은국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙을 위반한 처사로 사료된다.

3. 국세청장 의견부가가치세법상 과세특례는 1역년의 공급대가가 3,600만원에 미달되는 다음해의 제2과세기간부터 적용하도록 되어있고, 이 경우 과세특례가 적용된다는 사실의 통지없이도 과세특례를 적용하도록 규정하고 있다.쟁점건물은 93.12.7 준공되었고, 93.12월경부터 임대사업을 개시하였으며, 청구인의 임대사업에 대한 93년의 공급대가가 3,600만원에 미달하였고, 청구인이 과세특례포기신고서를 제출하지 않은 것에 대하여는 청구인과 처분청과의 다툼이 없으므로 청구인은 과세특례자로 전환되어야 할 것이고 청구인이 과세특례자로 전환되는 시기는 94.7.1부터이다.

따라서 청구인이 94.6.20까지 과세특례포기신고를 하지 않았으므로 처분청이 94.7.1자로 과세특례자로 전환시켜 재고납부세액을 추징한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 하겠으며, 일반사업자에서 과세특례자로 전환되는 경우에는 유형전환통지에 대한 규정이 강제되어 있지 아니하므로 세법에 명백히 위배되어 부가가치세를 과세하여야 하는 이 건의 경우에는 납세자에게 이익을 침해하는 결과를 초래하였다고 볼 수는 없다 할 것인 바, 신의성실의 원칙을 적용하기는 어렵다 할 것으로부가가치세법 제28조는 부가가치세신고의 오류나 탈루등이 있는 경우에는 부가가치세를 경정할 수 있도록 규정하고 있으므로 신의성실의 원칙에 의하여 부가가치세를 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 국세청고시 제93-21호에 의하여 사업자등록시 과세특례가 배제되는 지역에서 1역년 공급대가 환산금액이 3,600만원 미만인 부동산임대업자(일반과세자)가 과세특례포기신고를 하지 아니한 경우 처분청의 과세유형전환(일반과세자→과세특례자) 통지없이 과세특례유형을 적용하여 재고납부세액을 계산하고 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령구 부가가치세법(93.12.31 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) 제25조(과세특례) 제1항은 “직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과·징수한다(단서 생략)”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(93.12.31 대통령령 제14081호로 개정되기 전의 것) 제74조의 2(과세특례 및 일반과세의 적용시기) 제1항은 단서규정에서 과세특례적용시기를 「신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다」고 규정하고 있다.한편, 위 시행령 제74조의 2 제2항은 “제1항의 경우에 당해 사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시전일까지 교부하여야 한다”라고 규정하고 있으며, 제3항은 “제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 93.4.29 부동산임대업 사업자등록을 한 후 93.12.7 쟁점건물을 준공하였으며 93년 제2기 과세표준을 397,054원으로 부가가치세를 신고하였고 청구인이 신고한 과세표준에 의하여 환산한 1역년의 공급대가가 4,764,659원으로서 3,600만원에 미달하는 것에 대하여는 처분청과 청구인 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 사업개시일 이후 일반과세자로 부가가치세를 신고하여 온 것에 대하여 처분청에서도 이를 인정하여 왔음에도 처분청이 과세유형전환에 대한 아무런 통지도 없이 과세특례자로 유형전환하여 쟁점건물에 대한 재고납부세액을 계산하여 이를 납부세액에 가산하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 전시한부가가치세법 시행령 제74조의 2(과세특례 및 일반과세의 적용시기) 제3항에 일반과세자로부터 과세특례자로 과세유형이 전환되는 사업자에 대하여는 그 통지에 관계없이 과세특례규정을 적용하도록 규정하고 있어, 일반과세자로부터 과세특례자로 과세유형전환시의 통지규정과 사업자등록증의 정정교부규정은 그 통지여부 및 그 정정교부여부가 각각 과세유형전환의 효력에 영향을 미치는 강행규정이라고는 판단되지 않으며(국심 92중189, 92.4.11 도 같은 뜻임), 일반과세자로 사업자등록을 하였으나 전시한부가가치세법 제25조(과세특례)에서 규정한 과세특례의 기준에 해당되는 개인사업자가 된 경우에 일반과세자로 적용받기를 원하는 때에는 같은 법 제30조(과세특례의 포기) 제2항 및 같은 법 시행령 제78조(과세특례의 포기) 제1항의 규정에 의하여 과세특례포기신고서를 소관세무서장에게 제출하여야 하며, 설사 청구인이 일반과세자로 사업자등록의 검열을 받은 사실이 있다 하더라도 위 포기신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당연히 과세특례규정을 적용받는 사업자로 과세유형이 전환된다고 보아야 할 것이다.(국심 91서2187, 92.1.23도 같은 뜻임)

(3) 아울러 청구인은 쟁점건물이 국세청장이 정한 과세특례배제기준(국세청고시 제93-21호, 93.7.1)에 해당되므로 1역년의 공급대가가 3,600만원에 미달된다 하여 과세특례자로 유형전환한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 동 과세특례배제기준은 전시한부가가치세법 제74조(과세특례의 범위) 제4항의 규정에 의하여 신규로 사업자등록신청을 하는 사업자에 한하여 과세특례적용을 배제하기 위한 것이지 청구인의 경우와 같이 사업개시후 1역년의 공급대가가 3,600만원에 미달하여 과세특례자로 유형전환되는 경우에는 적용되지 않는 규정이라 할 것이다.(국심 96중3605, 97.2.1도 같은 뜻임)

(4) 청구인은 처분청의 사업자등록증 검열 및 예정고지 그리고 청구인이 사업개시후 계속하여 일반사업자로 부가가치세를 신고납부하였음을 근거로 신의성실원칙을 내세워 처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인은 사업개시후 96년까지 1역년의 부가가치세신고 과세표준이부가가치세법 시행령 제74조(과세특례의 범위) 제1항 제1호에서 규정한 금액(3,600만원)에 계속 미달하고 있어 부가가치세 매입세액을 공제받을 수 있는 일반과세자로서의 요건을 사실상 갖추지 못한 자에 해당한다 할 것이고 청구인도 이러한 사실을 알고 있어 청구인에게 그 귀책사유가 없다고 할 수 없으므로 신의성실의 원칙에 대한 청구주장은 이유없고 따라서 처분청에서 재고납부세액을 계산하여 부가가치세를 과세함은 정당하다 할 것이다.

(5) 위 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구인이 신고한 93년 제2기 부가가치세 과세표준에 의하여 환산한 1역년 공급대가가 3,600만원에 미달되고 청구인이 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였으므로 처분청이부가가치세법 시행령 제74조의 2제1항에서 규정한 시기인 94년 제2기부터 청구인을 과세특례자로 유형전환하여 청구인이 이미 공제받은 쟁점건물의 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 이를 청구인의 94년 제2기 부가가치세 납부세액에 가산하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.(국심 96경3245, 96.12.31 및 국심 96중 3605, 97.2.1도 같은 뜻임)라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.