가공매입에 따른 매입세액불공제 여부(경정)

세금계산서 불부합자료 중 공급자가 매출신고누락한 금액을 가공매입으로 보아 과세하였으나 공급자 관할세무서장이 거래상대방에게 과세한 금액과 거래상대방이 신고한 사실이 확인되는 금액을 실거래로 인정한 사례

1. 사실 처분청은 경기도 연천군 OO면 OO리 OOOOO에서 건축폐자재를 수집운반 및 중간처리하는 업체인 청구법인이 1997.7.31부터 1998.12.31까지 OO중기외 6개업체로부터 수취한 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”)의 공급가액 59,870,000원에 대하여 이를 가공거래(이하 “쟁점거래”라 한다)로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여, 2000.9.15 청구법인에게 부가가치세 1997.2기분 2,453,100원 및 1998.2기분 5,330,000원의 합계 7,783,000원과 1997사업년도분법인세 11,374,020원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.12.4 이의신청을 거쳐 2001.6.5 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

건축폐기물을 운반하는 중기사업자들은 정상거래에 따른 세금계산서를 발급하고도 조세부담이 적다는 이유로 신고를 하지 않고 추후에 과세결정을 받은 예가 많으며, 쟁점거래중 1997.7.31 OO중기에 지급한 6,520,000원은 후에 관할세무서에서 OO중기가 매출누락 한 것으로 보아 과세하였고, 1998.9.30 OO중기에 지급한 10,000,000원도 OO중기가 1998.2기 부가가치세 신고시 동 금액을 포함하여 정상매출 신고하였음이 확인되는 등 청구법인과 거래한 중기사업자들이 매입세금계산서만 교부하는 자료상이 아닌데도 매입세액을 불공제하고 손금불산입하여 이건 부가가치세와 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

처분청의 청구법인에 대한 법인세 정기조사시 세금계산서 불부합 과세자료는 402건 1,901,669천원이었으며 청구법인의 자료소명 등으로 대부분 사실거래로 확인되었으며, 쟁점매입세금계산서의 공급가액은 최종적으로 가공거래로 확정된 것으로 정상거래의 입증책임은 청구법인에게 있으며, 당초 거래의 정당성을 입증할 만한 객관적인 자료의 제시도 없이 단순히 거래상대방을 조사하지 않고 청구법인에게 과세하였다는 주장은 이유가 없으므로 당초처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단 가. 쟁점 쟁점거래가 가공거래인지 아니면 실지거래인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령 이건 과세요건 성립당시의 부가가치세법 제17조 【납부세액】에 의하면 “

① 생략

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 생략 1의

2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 같은법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 같은법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 생략

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 생략

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우.”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단 청구법인에 대한 처분청의 법인세 정기조사시 발생된 세금계산서 불부합자료는 402건(공급가액 1,901,669천원)이었으나 청구법인의 증빙제시 및 소명으로 대부분 사실거래로 확인되었고, 그중 OO중기(대표 OOO)등 7건(공급가액 59,870천원)이 공급자가 매출신고를 하지 않는 등 불부합자료로 최종 확정되었음이 처분청의 조사자료의 내용으로 확인된다. 이에 대하여 청구법인은 거래한 중기사업자들이 세금계산서만 교부하는 자료상이 아닌데도 가공거래로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 이건 과세처분함은 부당하다는 주장인바, 이에 대하여 살펴본다.

(1) 쟁점거래중 1997.7.31 청구법인이 OO중기(사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO, 1997.9.8 폐업)에 지급한 운반비 6,520,000원은 관할세무서인 OO세무서에 확인(2001.8.8)한 결과 1997.2기분으로 OO중기의 대표 청구외 OOO에게 과세한 사실이 확인되어 청구법인과 OO중기의 거래는 사실거래로 확인된다.

(2) 또한, 쟁점거래중 1998.9.30 청구법인이 OO중기(사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO, 20000.5.7 OO건설기계로 상호변경)에 지급한 운반비 10,000,000원은 OO중기 대표 청구외 OOO이 1998.2기 부가가치세 확정신고한 사실이 1999.1.25 관할 세무서인 OOO세무서에 제출한 부가가치세 확정신고서로 확인되며, OOO세무서에서도 OO중기 대표 청구외 OOO이 1998.2기에 청구법인과 거래한 공급가액 10,000,000원을 확정신고한 사실이 있음을 확인(2001.8.7)하고 있는 점으로 보아 이는 사실거래로 확인된다.

(3) 쟁점거래중 OO중기등 나머지 5개업체와의 거래(공급가액 43,350,000원)에 대하여는 청구법인과 사실거래를 입증할 만한 운반비용역계약서, 거래대금 수수관계, 부가가치세 신고내역 등의 증거자료가 없어 사실거래 여부를 확인하기 어렵다. 이상의 사실관계를 종합해 보면, 쟁점거래중 OO중기와 OO중기의 거래는 사실거래로 확인되므로 이를 매입세액공제 및 손OO입하여 세액을 경정하고 OO중기등 5개업체와의 거래는 객관적인 증빙으로 사실확인이 되지 않으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.