조세특례제한법 제99조의 3 에 의해 양도소득세가 감면되는 신축주택에 해당되는지 여부(취소)

종전 소득세법 제89조 제3호 및 같은법 시행령 제156조 에 규정된 고급주택에 해당되지 아니하므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항 및 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의해 양도소득세를 감면하는 것이 타당함

1. 처분개요

청구인은조세특례제한법 제99조의 3제1항 제2호 의한신축주택에해당하여 양도소득세 감면대상인 서울특별시 OOOOOOOOOOOO OO OOOOOO OOOO OOOOO(전용면적 111.32㎡이하 “쟁점주택”이라 한다)를 보유하고 있는 상태에서 2005.4.4. 서울특별시 OOO OOO OOOOOOO OOOOOOO OOOOO(전용면적 84.85㎡, 이하 “양도주택”이라 한다)를 양도하고 1세대2주택에 해당한다 하여 양도소득세 4,527,420원을 신고·납부하였다.청구인은 2005.9.15. 쟁점주택이조세특례제한법 제99조의 3제1항제2호 의한 신축주택에 해당하여 양도소득세 감면 대상 주택에 해당되므로 양도주택이 1세대1주택 비과세 대상임을 이유로 경정청구를 한데 대하여, 처분청은 쟁점주택이 고가주택에 해당하여 양도소득세 감면대상이 아니라고 하여 2005.10.29. 경정청구 거부처분을 하였다.청구인은 이에 불복하여 2006.1.5. 이 건 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조세특례제한법 제99조의3제1항은 2001.5.23.～2003.6.30.기간 중 취득한 신축주택을 양도소득세 감면대상으로 규정하면서, 단서에 당해 신축주택이 개정전소득세법 제89조제3호의 규정에 의한 고급주택에 해당하는 경우 감면을 배제하고, 개정조세특례제한법 제99조의3 제1항 단서는 2003.1.1.이후 양도분에 대하여 개정소득세법 제89조제3호의 규정에의한 고가주택을 감면대상으로 제외하도록 하였으나, 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 당해 신축주택이 2003.1.1. 이전에 착공되어 2003.6.30. 이전에 사용승인을받은 경우에는조세특례제한법 제99조의3제1항의 개정규정에불구하고 개정전조세특례제한법 제99조의3제1항을 적용 하는 경과규정을두었는 바,쟁점주택은 2000.3.15. 착공하여2003.5.10. 사용승인을 받았고, 전용면적이 111.32㎡이므로 개정전소득세법 제89조제3호 및같은법시행령 제156조제1항의 규정에 의한 고급주택 기준(149㎡)에 미달하므로 개정전 조세특례제한법 제99조의3제1항을 적용하여 양도소득세 감면 대상주택에 해당하므로 1세대1주택 판정시 소유주택수에 포함되지 않으므로 당초처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점주택은 2003.5.10. 사용승인을 받은 주택으로 조세특례제한법부칙(OOOOOOOOOOO OO OOOOOO) 제29조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치) 제2항의 규정이 적용되는 것으로써, 제1항과 달리 고급주택 적용 기준에 관한 규정이 없으므로 양도당시의 소득세법시행령 제156조 규정에 의해 고가주택 여부를 판단하는 것이고, 양도주택 양도당시소득세법 제114조제5항의 규정에 의한 가액이6억원을 초과하는 쟁점주택은조세특례제한법 제99조의3규정이 적용되지 않으므로 청구인은 양도주택 양도당시 1세대2주택자에 해당하는 바, 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 양도주택 양도당시, 소유하고 있던 쟁점주택이조세특례제한법 제99조의 3에 의해 양도소득세가 감면되는 신축주택에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 종전조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은신축주택②소득세법 제89조제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의규정을적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택 으로 보지 아니한다.

(2) 개정조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세 대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 개정 조세특례제한법 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

(4) 개정 조세특례제한법 부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 ②제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(5) 종전소득세법 제89조【비과세양도소득】다음 각호의소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는소득

(6) 개정소득세법 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(7) 종전소득세법 시행령 제156조【고급주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로서 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원 이상일 것

(8) 개정소득세법 시행령 제156조【고가주택의 범위】

① 법제89조제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 2005.4.4. 양도주택을 양도하고 양도소득세 4,527,420원을 신고납부한 후, 2005.9.15. 쟁점주택은조세특례제한법 제99조의 3과 2002.12.11 부칙 제29조에 의하여 1세대 1주택 비과세 양도소득 판정시 소유주택으로 보지 않는다고 경정청구를 한데 대하여, 처분청은 2005.10.29. 양도주택 양도당시 쟁점주택이 6억원이 초과하여 고가주택에 해당하므로조세특례제한법 제99조의 3의 신축주택으로 볼 수 없다는 사유로 청구인의 경정청구를 거부처분 하였다.

(2) 청구인은 1993.3.8. 서울특별시 OOO OOO OOOO OOOOO OOO OOOO를 취득하여 OO아파트재건축조합에 가입하였고, 동 재건축조합은 1999.6.3. OO구청으로부터 재건축사업계획승인을 받아 2000.3.15. 착공하여 2003.5.10. 사용승인을 받았으며, 전용면적 111.32㎡인 쟁점주택을 분양받은 사실이 쟁점주택 등기부등본·건축물대장·조합원분담금납부계약서 등으로 의하여 확인되고, 양도주택은 1997.3.5. 취득하여 거주하다가 2005.4.4. 청구외 조OO에게 223,000 천원에 양도하였음이 매매계약서 등으로 확인된다.

(3) 종전조세특례제한법 제99조의 3제1항은 2001.5.23.∼2003.6.30. 기간 중 취득한 신축주택을 양도소득세의 감면대상으로 규정하면서, 단서에서 당해 신축주택이 종전 소득세법제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택에 해당할 경우 감면을 배제하였고, 개정조세특례제한법 제99조의 3제1항 단서는 2003.1.1.이후 양도분에 대하여 개정소득세법 제89조제3호의 규정에 의한 고가주택을 감면대상에서 제외하였으나, 같은법부칙 제29조 제2항은 당해 신축주택이개정 소득세법 시행일인2003.1.1.이전에 착공하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에는 종전조세특례제한법 제99조의 3제1항을 적용하는 경과규정을 두었으므로 2000.3.15. 착공하여 2003.5.10. 사용 승인을 받은 쟁점주택의 양도소득에 대하여는 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의해 종전 조세특례제한법제99조의 3 제1항을 적용함이 타당하다. 개정 소득세법제89조 제3호 및같은법시행령 제156조에서는 전용면적이 149㎡이상이고 실거래가액이 6억원을 초과하는 경우 고급주택으로 보도록규제하고 있다가 2003.1.1.이후 양도하는 분부터 면적에관계없이 실거래가액이 6억원을 초과하는 경우 고가주택으로 보도록개정되었는 바, 청구인은 쟁점주택이개정소득세법 제89조제3호 및같은법시행령 제156조제1항의규정에 의해 고가 주택에 해당되나, 전용면적이111.32㎡로149㎡에 미달하여 종전소득세법 제89조제3호 및 같은법시행령제156조제1항의 규정에 의한 고급주택에는 해당되지 아니한다.

(4) 위의 내용을 종합하여 보면, 쟁점주택은 2000.3.16. 재건축공사에 착공하여2003.5.10. 사용승인을 받은 신축주택 이고, 종전소득세법 제89조제3호 및같은법 시행령 제156조에 규정된 고급주택에 해당되지 아니하므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항 및 종전조세특례제한법 제99조의 3제1항의 규정에 의해 양도소득세를 감면하는 것이 타당하다. 그러하다면, 쟁점주택은 종전조세특례제한법 제99조의 3제2항의 규정에 의해 1세대1주택에 대한 비과세 적용시 소유주택으로 보지 아니하므로 양도주택이 1세대1주택에 해당된다 할 것이어서청구인이 양도주택 양도당시 1세대2주택에 해당 한다 하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으 므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.