쟁점매입금액에 대한 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한 것으로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부(취소)

청구법인에게 매입처별계산서합계표 미제출에 대한 가산세를 부과한 것은 청구법인의 행위에 비하여 과도한 것으로 보이므로, 처분청의 가산세 부과처분은 취소함이 타당하다고 판단한 사례임

1. 처분개요

청구법인은1991년부터 부가가치세가 면세되는 농축산물을 원재료로 매입하여 동물 및 식물성 유지를 생산하는 제조업체로서, 1997.1.1～1997.12.31 거래기간에 1,396,888,490원,1998.1.1～1998.12.31 거래기간에 5,341,159,040원합계 6,738,047,530원(이하 “쟁점매입금액”이라 한다) 상당의 원재료를 매입하고, 이에 대한 의제매입세액공제신청을 하여 의제매입세액을 공제받았다.처분청은 국세청의 전산자료인 1997～1999년 거래기간 계산서합계표제출일람표상 청구법인이 제출한 매입처별계산서합계표상의 금액과 거래상대방이 제출한 매출처별계산서합계표상의 금액이 상호 불부합하는 사실에 근거하여 청구법인이 쟁점매입금액에 상당하는 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한 것으로 보아쟁점매입금액의 1%에 해당하는 금액을 가산세로 하여 2001.10.17청구법인에게 1997사업연도 법인세 13,968,880원, 1998사업연도 법인세 53,411,590원을 결정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2001.12.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 1991년부터 현재까지 원재료를 구입하고 매입계산서를 교부받아 매분기 부가가치세신고시 매입계산서를 합계하여 의제매입세액공제신청을 하고, 매년 2기 부가가치세확정신고시에는 매분기의 매입계산서를 합계하여 매입처별계산서합계표를 제출하고 있음에도 불구하고, 1999년 거래기간에는 소명자료에 의하여 매입처별계산서합계표를 제출한 사실이 인정된다고 하여 과세에서 제외하고, 1997～1998년 거래기간에는 매입처별계산서합계표를 미제출하였다 하여 이 건 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 과세전적부심사청구시 제출한 매입처별계산서합계표를 보면 청구법인의 대표자가 OOO으로 되어 있으나, 청구법인의 대표자 변경사항을 국세청 전산자료로 조회한 바, 2000.4.20 청구법인의 대표자가 OOO에서 OOO으로, 2000.6.8 OOO에서 OOO으로 변경되었음이 확인되므로 대표자가 상이하여 그 당시의 매입처별계산서합계표 사본이라고 인정하기 어려우므로, 매입처별계산서합계표 미제출 가산세를 부과한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입금액에 대한 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한 것으로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)법인세법 제41조【가산세】

⑭ 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산하여 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하며,부가가치세법 제22조제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분은 그러하지 아니하다.

1. 제66조 제1항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

2. 제66조 제2항의 규정에 의하여 매출·매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

(2) 같은 법 제66조 【계산서 작성·교부 등】

② 법인은 제1항의 규정에 의하여 교부하였거나 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 매출·매입처별계산서합계표 라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 부가가치세법에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 계산서 등을작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

(3) 같은 법 시행령 제130조 【매출 매입처별계산서합계표의 제출】

① 법 제66조 제2항에서 대통령령이 정하는 기한 이라 함은 매년 1월 31일을 말한다.

② 법인은 총리령이 정하는 매출 매입처별계산서합계표를 제1항에 규정한 기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(4)부가가치세법 제17조【납부세액】

③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 면세농산물등 이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.

④ 제3항의 규정은 사업자가 제18조 및 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

(5) 같은 법 시행령 제62조 【의제매입세액계산】

③ 법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받고자 하는 사업자는 법 제17조 제4항의 규정에 따라 매입처별계산서합계표 또는소득세법 제163조또는법인세법 제66조의 규정에 의하여 교부받는 영수증(제조업을 영위하는 사업자가 농 어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 총리령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류)을 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계

이 건 관련 과세자료와 청구법인이 제시한 증빙 등에 의하여 다음 사실을 알 수 있다.

(1) 청구법인은 1991년부터 부가가치세가 면세되는 농축산물을 매입하여동물 및 식물성 유지를 생산하는 제조업체로 매분기별 부가가치세신고시 쟁점매입금액과 관련하여 의제매입세액공제신고서를 작성하여 제출하고 의제매입세액을 공제받은 사실이 관련 과세자료에 의하여 확인된다(다툼이 없는 사실).

(2) 이 건 관련 국세청의 과세전적부심사결정 내용과 이에 대한 청구법인의 주장을 종합해 보면, 과세전적부심사결정에서는 기각결정의 근거로서 우선 청구법인이 증빙자료로 제출한 매입처별계산서합계표상 청구법인의 대표자가 OOO으로 되어 있으나, 국세청의 전산조회자료에 의하면 2000.4.20 청구법인의 대표자가 OOO에서 OOO으로, 2000.6.8 OOO에서 OOO으로 변경되어 있어 대표자가 상이하여 청구법인이 증빙자료로 제출한 매입처별계산서합계표가 신빙성이 없다고 본 반면, 청구법인은 과세전적부심사청구시 제출한 1997～1998년 거래기간의 매입처별계산서합계표는 청구법인의 컴퓨터에 저장되어 있고, 대표자를 변경입력한 이후에 1997～1998년 거래기간의 자료를 출력하면 변경된 대표자로 자동출력되며, 이 과정에서 그 당시의 대표자를 확인하지 아니하여 인쇄당시의 대표자가 기재된 매입처별계산서합계표를 제출한 것이며, 이 건 심판청구시에는 당초 보관되어 있던 1997～1998년 거래기간의 부가가치세신고서와 매입처별계산서합계표를 복사하여 제출한 것이라고 주장하고 있다.

(3) 청구법인이 부가가치세신고시 제출한 의제매입세액공제신고서의 내용을 보면, 거래상대방인 공급자의 성명, 사업자등록번호, 공급받은 날짜, 품명, 수량, 매입가격, 공급자가 기재되어 있고, 이는 법인이 매년 1월 31일까지 과세관청에 제출토록 되어 있는 계산서합계표상의 기재항목과 거의 동일한 내용으로 되어 있으며, 동 신고서상의 거래금액 및 내역은 쟁점매입금액과 일치하고 있음이 관련자료에 의하여 확인된다.

라. 판단

법인세법 제66조및 같은 법 시행령 제130조의 규정에 의하면, 법인이 재화 또는 용역을 공급받는 경우 거래상대방으로부터 교부받은 계산서의 매입처별계산서합계표를 매년 1월 31일까지 납세지 관할세무서에 제출토록 의무화하고 있고, 또한,부가가치세법 제17조제3항 및 같은 법 시행령 제62조 제3항에서는 의제매입세액의 공제를 받고자 하는 사업자는 매입처별계산서합계표 또는소득세법 제163조또는법인세법 제66조의 규정에 의하여 교부받는 영수증(제조업을 영위하는 사업자가 농 어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 총리령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류)을 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있는 바,

(1) 청구법인이 쟁점매입금액 관련 매입처별계산서합계표를 납세지 관할세무서에 제출하였는지 여부에 대해서는 처분청에서 청구법인에게국세기본법 제85조의 4의 규정에 의한 서류접수증을 교부한 사실이 없어 알 수 없으나, 청구법인은 1997～1998년 거래기간 중 매분기별로 부가가치세신고시마다 부가가치세법의 규정에 따라 쟁점매입금액과 관련하여 관할세무서에 의제매입세액공제신청서를 작성·제출하여 관련 매입세액을 공제받은 사실이 확인되고, 동 의제매입세액공제신청서 상에 기재된 거래상대방의 사업자등록번호, 거래금액 등 주요 기재사항은 매입처별계산서합계표에 포함되어야할 기재사항과 거의 일치하고 있는 점, 법인이 부가가치세 과세거래와 관련하여 부가가치세신고시 매입처별세금계산서합계표를 제출한 경우에는 별도의 매입처별계산서합계표를 작성·제출하지 않도록 하고 있는법인세법 제66조제3항의 취지 등을 감안하면 과세관청이 과세표준 양성화를 위해 매년 1월 1일부터 1월 31일까지 매입처별계산서합계표를제출토록 한 소기의 목적은 달성된 것으로 볼 수 있으므로 청구법인이 처분청에 대하여 납세자로서의 최소한의 의무를 이행한 것으로 보여진다.

(2)세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무위반자에게 부과되는 가산세제도의 취지에 비추어 보면, 처분청에서 쟁점매입금액에 관한 매입처별계산서합계표의 접수증 교부여부를 확인해 줄 수 없는 상황하에서 처분청이 청구법인에게 매입처별계산서합계표 미제출에 대한 가산세를 부과한 것은 청구법인의 행위에 비하여 과도한 것으로 보이므로, 처분청의 이 건 가산세 부과처분은 취소함이 타당하다고 판단된다(국심 2001전3145, 2002.1.31, 국심 2001서2281, 2001.11.23, 같은 뜻임).

마. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.